一、水稻4号染色体长臂74.5～78.2cM区段的基因注解以及水稻两组基因frr和trs的结构与功能研究（论文文献综述）
余敏祥[1]（2020）在《水稻抗稻瘟病基因PID3和Pi9的防御信号传导通路研究》文中指出抗病（resistance,R）基因是植物先天免疫的重要组成部分,也是作物育种中极重要的遗传资源。植物的绝大多数R基因编码NLR（nucleotide-binding,leucine-rich-repeat domain-containing）蛋白,用于感受入侵病原菌的效应因子（effector）,以引发强烈的免疫反应,从而阻止病原菌生长。R基因的免疫机理是植物生物学研究的一个重要领域,但由其引发的免疫信号传导通路长期以来缺乏一个普遍的认识。水稻（Oryza sativa）是全球主要的粮食作物之一。稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）引起的稻瘟病是水稻最严重的病害之一。水稻中迄今已克隆了20多个与稻瘟病相关的R基因,其中多数编码CNL（CC-NLR）蛋白。稻瘟病菌与水稻的相互作用为探究R基因介导的防御信号传导研究提供了很大的便利。在本论文的前期研究中,已经证实了水稻R基因PID3引发的稻瘟病抗性反应依赖于小G蛋白Os Rac1和下游b HLH（basic helix-loophelix）类转录因子RAI1（Rac immunity1）组成的信号传导链;Os Rac1及其上游鸟苷酸交换因子（guanine nucleotide exchange factor,GEF）Os SPK1在另两个R基因Pit及Pia的免疫反应中的作用也获得了验证。本研究以两个在稻瘟病抗谱上差异较大的R基因PID3和Pi9为例,分别检验Os Rac1及其上下游元件Os SPK1、RAI1在这两个R基因介导的免疫反应中的作用,探索水稻R基因下游一条保守的信号通路,同时还初步探讨了RAI1的表达调控机制,结果如下:1)本研究首先在PID3-TL转基因材料背景下使Os SPK1基因沉默,从遗传学上验证了PID3的稻瘟病抗性同样依赖于Os SPK1;通过GEF抑制剂处理共表达PID3和Os Rac1的水稻原生质体,发现受诱发的细胞死亡数量明显减少,证明Os Rac1在PID3下游的作用依赖于Os SPK1;同时,酵母双杂交（yeast two-hybridization,Y2H）实验还进一步显示PID3和Os SPK1间存在分子互作。由此本研究认为,在PID3对稻瘟病菌的免疫应答中,Os SPK1、Os Rac1和RAI1组成了一条主要的防御信号传导路径。2)鉴于PID3和Pit的相对窄谱抗性,本研究还在稻瘟病抗谱更广、同时与前二者在进化关系上距离较远的R基因Pi9上对以上信号传导元件进行验证。通过在Pi9-TL转基因材料中分别构建Os SPK1和Os Rac1的基因沉默突变,证明了这两个组分同样为Pi9的稻瘟病抗性所必需;接着,通过RNA干扰以及嵌合抑制沉默实验,证明了RAI1对Pi9稻瘟病抗性的重要性;免疫印迹分析发现,Pi9-TL相比稻瘟病易感的背景材料TP309,其体内RAI1水平在侵染前期被快速诱导,而在后期维持较高水平,表明Pi9可能通过影响RAI1的蛋白水平而发挥作用;进一步地,Y2H和双分子荧光互补试验分别证明了Pi9与RAI1在细胞核内的互作;同时,酵母自激活检测和双荧光报告基因体系分别验证了RAI1的转录激活活性。由此表明,Os SPK1、Os Rac1和RAI1分别在水稻R基因PID3和Pi9的免疫体系中具有共通性,它们可能共同构成水稻R基因介导的一条保守的信号传导途径。3)作为具有转录激活活性又是R基因介导抗性的重要调控因子,本研究还对RAI1自身如何受控进行了初步的探究。利用酵母c DNA文库在水稻中鉴定到了RAI1的一个互作子OsRPT2a（regulatory particle AAA+ATPase 2a）,它是水稻26S蛋白酶体19S调节组分上的一个亚基,Y2H试验验证了OsRPT2a的羧基末端与RAI1的互作关系;体外磷酸水平检测试验表明OsRPT2a具有一定的ATP水解酶活性;而对胞内分布的统计结果显示,OsRPT2a主要以聚集体形式分布于液泡和内质网腔中,少数在细胞核和胞质中定位,其亚细胞定位部分依赖于氨基端第二个保守的甘氨酸残基;OsRPT2a敲除突变导致水稻植株的抗病性丧失,显示该基因对植物免疫发挥正调控作用;进一步地,体内蛋白降解试验表明,OsRPT2a能够负调控RAI1在胞内的积累,而前者的ATP酶活丧失或在孵育体系中添加蛋白酶体抑制剂均能显着抑制这一调控作用,表明OsRPT2a以依赖于ATP酶活和蛋白酶体活性的方式介导RAI1的体内蛋白降解。本研究因此认为,OsRPT2a通过介导RAI1的表达调控,从而参与控制植物的抗病反应。上述结果表明了水稻NLR下游存在保守信号通路的可能,并初步验证了抗病下游元件RAI1的表达调控机制,为进一步揭示R基因介导的抗病机理提供了参考,同时对生产中的病害防治具有指导意义。
乔锋[2]（2020）在《玉米多亲本群体籽粒性状的遗传解析与育种应用》文中研究说明高产一直以来是玉米遗传改良研究者所追求的主要目标之一。籽粒产量性状是复杂的数量性状,籽粒性状可分解为粒长、粒宽、粒厚、籽粒容量等籽粒相关性状。本研究利用一个24亲本的玉米人工合成群体,采用全基因组关联分析剖析了玉米籽粒性状的遗传基础,通过籽粒QTL的一因多效性,以及与环境互作效应分析来解析其育种应用价值。主要研究结果如下:1.基于SNP（Single nucleotide polymorphism）的全基因组关联分析（即s GWAS）。基于全基因组的11.8 M SNPs（MAF≥0.02）,共检测到171个位点（记作s QTL,p<1.23E-8）影响七个籽粒性状,位点区间范围为50.0 Kb―15.5 Mb之间。单个位点的解释表型变异率的范围为0.13%―12.11%,其中表型解释率大于5%的位点总共有54个,表型解释率大于10%的位点一共有6个。不同性状的位点联合解释表型变异率的变幅在22.28%―54.63%范围之间。大部分位点加性效应较小,具有典型的数量性状微效多基因的特征。基于每个位点附近的LD情况以及基因组注释,预测的137个籽粒性状候选基因经过GO富集分析（Gene ontology）发现,这些基因主要为一些蛋白（52.55%）、酶（32.85%）、转录因子（5.84%）基因。2.基于IBD（Identity-by-descent）的全基因组关联分析（即h GWAS）。七个籽粒性状共鉴定到128个位点（记作h QTL,LRT≥6.8）。单个位点的表型解释率为1.93%―12.16%,其中解释表型变异率大于5%的位点有96个,解释表型变异率大于10%的位点有13个。位点区间大小范围从1.03 Kb到4.06 Mb,其中109个位点（85.16%）区间小于1 Mb。进一步分析发现,24个亲本分别能贡献1―11个位点的最优单倍型,其中最优单倍型来自E28、丹340两个亲本的最多。3.一个主效籽粒QTL的候选基因分析。以一个第10染色体长臂近末端（147.7―149.6 Mb）的控制每升总粒数的主效位点为例对其候选基因进行分析。该位点能同时被两种GWAS方法共同定位到。在位点区间有87个非同义突变SNP,可能导致氨基酸变化,分布在65个基因内;其中,GWAS显着且引起氨基酸变化的SNPs共有5个,共涉及4个基因;同时,利用QTL区间内的In Del进行该区间的候选基因关联分析,发现3个显着的In Dels。综合以上信息,推测基因GRMZM2G173636为该QTL的候选基因,命名为Zm ACBP6。4.QTL的一因多效分析。对于七个籽粒性状共鉴定到171个s QTL和128个h QTL,这些位点在基因组上不是均匀分布的,存在热点。利用h GWAS方法,共鉴定到26个一因多效QTL。除了第9号染色体外,一因多效QTL在其余9对染色体均有分布,其中大部分一因多效QTL（19/26）仅涉及2个籽粒性状;结合前期开花期、株型和穗部性状的QTL定位结果,发现8个多效性QTL能同时影响花期性状、穗部性状、农艺性状。从育种应用方面来讲,这些多效性QTL分为两类:i)“共赢”QTL（Win-win linkage QTL）。对育种工作有利的基因连锁在一起,能对不同性状同时改良,比如多效性QTL p QTL16和QTL p QTL17。ii)“连锁累赘”QTL（Linkage drag QTL）。对育种工作有利的基因和不利的基因连锁在一起,对这种多效性QTL的选择需要平衡考虑多个性状,比如多效性QTL p QTL1。5.QTL与环境互作。利用两种GWAS方法共定位的24个位点进行QTL与环境互作分析。以位点的加性效应在五个环境下的变异系数,来衡量该QTL与环境互作的程度。从总体来看,不同位点的基因型与环境互作程度有差异,位点的加性效应值在五个环境下变异系数在0.11—0.81之间不等。根据QTL效应变异系数（CV）,可将24个位点分为三类:i)0.50<CV<0.81时,位点与环境存在较强互作。在分子标记辅助选择或其他方式使用该类位点应用于玉米育种时可以在特定环境中使用,这样更易达到育种家的育种目标。ii)0.11<CV<0.20时,该类位点与环境互作比较微弱或基本不存在互作,该类QTL随环境变化比较小,基因型―环境互作效应小,具有环境广适型,育种家可优先使用该类位点。iii)0.20<CV<0.50时,该QTL与环境存在互作效应的大小介于第一类情况和第三类情况之间。
王萱[3]（2020）在《玉米灌浆期应答干旱的生理生化及蛋白组学研究》文中研究指明近年来在玉米干旱胁迫响应方面的研究取得了一些科学进展,但调控玉米灌浆期籽粒抗旱性的关键蛋白质/基因和蛋白质-蛋白质相互作用的整体模型仍不完整,对于玉米耐旱性机理的解答仍不完善,代谢通路的描述仍不清楚,在大田条件下的玉米灌浆期蛋白质组学研究还很少。干旱胁迫对于灌浆期玉米的危害是毁灭性的,其研究对玉米的耐旱性育种起着至关重要的作用。通过对两个耐旱性不同的自交系（耐旱自交系YE8112和敏感自交系Mo17）于灌浆期进行为期14天的干旱胁迫处理,并进行农艺性状、生理生化和综合比较蛋白质组学分析,获得了以下主要研究结果:1、与正常浇水处理相比,干旱胁迫对于两个自交系的穗行数的影响并不显着。敏感自交系Mo17的穗长显着降低,秃尖长显着增加,行粒数显着减少,而在耐旱自交系YE8112中这三种表型性状差异不显着。2、随着干旱胁迫时间的增长,两自交系的籽粒相对水含量均呈现下降趋势,且Mo17下降速度更快,下降量更多;YE8112的脯氨酸含量呈上升趋势,Mo17的脯氨酸含量先是上升,在胁迫第6天呈下降趋势;两个自交系的POD活性一直处于上升趋势,且YE8112的POD活性始终高于Mo17;两个自交系的MDA含量均呈现先上升后下降的趋势,Mo17于胁迫第9天开始下降,YE8112于胁迫第6天开始下降。3、利用同位素标记的相对和绝对定量（iTRAQ）方法,从4个试验比较组中鉴定出6617个差异丰富蛋白（DAPs）。4、通过venn图分析,从中提取出4组具有代表性的关键干旱响应蛋白,并利用生物信息学技术（GO、KEGG的功能注释及富集分析,蛋白质聚类分析,蛋白质互作分析）进行分析。YE8112特异性DAPs主要参与内质网蛋白质加工和色氨酸代谢途径,而Mo17特异性DAPs则参与淀粉蔗糖代谢和氧化磷酸化途径。5、利用差异表达极显着的蛋白和代谢通路初步的建立了玉米耐旱分子模型。本研究通过生理生化和iTRAQ分析,明确了玉米灌浆期抗旱生化指标和差异基因及其耐旱模型,为玉米抗旱遗传改良和分子育种提供了理论基础。
耿雷跃[4]（2020）在《基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘》文中指出土壤盐渍化是妨碍作物正常生长,影响作物高产稳产和种植面积扩大的重要限制性因素。种植水稻是改良和利用盐渍化土壤的经济有效途径之一,而水稻耐盐性遗传改良是在盐渍化土壤种植水稻的基础。水稻耐盐基因定位是水稻耐盐基因克隆和分子育种的必要条件,对推动水稻耐盐育种具有重要意义。本研究针对至今关于水稻耐盐QTL初步定位报道较多,而发掘耐盐基因较为困难的难题,通过水稻耐盐性梯度试验,建立耐盐性鉴定评价技术方法;以RIL群体和关联群体为研究材料,在温室和田间盐胁迫环境下开展分蘖期耐盐性的多年重复鉴定评价;利用全基因组重测序技术,通过连锁分析和全基因组关联分析分析策略,定位水稻耐盐性QTL位点;在盐胁迫和正常环境下,对RIL群体2个亲本以及耐盐显着差异家系开展RNA-seq分析,利用生物信息学方法进行水稻耐盐候选基因预测分析。其研究结论如下:1明确水稻分蘖期耐盐性鉴定的最适盐胁迫浓度为0.5%,表型调查最佳时间为盐胁迫处理4-6周后,以耐盐等级作为评价指标,可以准确鉴别水稻种质耐盐性差异。利用此鉴定方法对2886份水稻种质资源进行耐盐性鉴定,筛选出137份相对耐盐种质,为水稻耐盐遗传机理研究和新品种选育提供重要的资源支撑。2由吉冷1号×密阳23构建的RIL群体中,检测到1.81M高质量SNP标记,利用“滑动窗口”策略将上述SNP标记简化为3061个Bin标记。构建总长1408.03 cM、平均间距0.48 cM的高密度遗传图谱。该遗传图谱与水稻参考基因组具有较高的共线性,能够快速准确定位株高、生育期等高遗传力性状相关基因。基于上述RIL群体耐盐性鉴定结果,定位了12个耐盐相关QTL位点,其中6个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL。搜索稳定QTL置信区间内已克隆基因,筛选到4个已知水稻耐盐相关基因:OsNAPL6、OsRR22、ONAC106和ONAC063。3利用关联群体开发了1.31M高质量SNP标记,估计群体LD衰减距离约为475 kb,可将群体划分为2个亚群。结合群体耐盐性鉴定数据,筛选到145个水稻耐盐相关SNP标记,位于19个QTL上。其中4个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL。在稳定QTL附近,筛选到2个已经克隆水稻耐盐相关基因:OsDREB1D和OsRR22,5个未克隆渗透调节物质运输相关基因,可作为水稻耐盐候选基因。4通过水稻耐盐性差异转录组分析,筛选到515个水稻耐盐相关特异转录表达转录本,分布于480个基因上,其中有10个基因已经克隆,进一步验证了这些基因通过差异表达影响水稻盐胁迫反应。经比较转录组分析筛选出的水稻耐盐特异差异表达基因中,有20个基因位于QTL位点的置信区间内,重点关注Os02g0574100和Os11g0256300,作为影响水稻耐盐遗传调控的候选基因,有待进一步开展基因功能验证。
易强[5]（2020）在《玉米骨干亲本掖478和08-641关键区段的遗传解析》文中提出玉米是我国种植面积最大和总产量最高的粮食作物。品种改良是玉米研究的主要方向之一,其中,抗逆性提高、杂种优势的利用、骨干亲本的遗传改良在玉米品种更新换代中发挥了关键性的作用。西南地区作为玉米主生产区之一具有种植密度低,育种模式偏重“自育系×外引系”模式,育种亲本集中在08-641、18-599、S37等骨干亲本的特点。利用西南地区骨干亲本解析主要农艺性状及其杂种优势的遗传基础以及挖掘骨干亲本关键遗传区段对西南玉米育种具有重要意义。因此,本研究利用骨干亲本掖478和08-641构建一套包含301个家系的重组自交系（RIL）群体,在四个环境高低种植密度下对31个株型和产量相关性状进行鉴定;利用RIL群体构建一套包含298个F1的永久性F2（IF2）群体,与RIL群体一起在三个环境下对30个农艺性状进行表型鉴定,从而获取稳定型数量性状位点（QTL）。随后,观测这些QTL在64个选定的RIL、19个08-641衍生系和5个掖478相关系的传递和衍生情况;同时将上述自交系分别与5个测验系根据NCII设计进行测交,得到三个测验群体共计435个F1,于两个环境下对30个主要农艺性状进行表型鉴定,分析这些QTL的存在对各自性状的一般配合力（GCA）的显着水平,从而获取关键遗传区段并探讨掖478和08-641形成和改良规律。此外,构建一个近等基因系对关键区段bin2.07上控制雄花长的q TL2-3的进行验证。主要研究结果如下:1.本研究利用RIL群体构建了一个包含683个SNP标记和全长为1786.06 c M的遗传图谱。联合环境分析显示92个QTL同时在高低密度下被观测到,而70个QTL仅在高密度下被发现。这表明高密度下存在额外的遗传机制。将近70%的QTL贡献率小于5%。此外,在低密度条件下检测到50对上位性互作位点和16个与环境存在互作的位点,而在高密度下则检出16对上位性互作位点以及22个存在与环境互作的位点。这些微效互作位点受到环境和密度的极大影响。本研究发现48个影响多个性状的QTL簇。这些结果显示不同位置的同一类性状可以部分受到同一遗传区段的调节,但是这些影响垂直株型的共享区域响应高低密度的遗传机制仍然存在差异。2.利用RIL和IF2群体检测到相似的农艺性状间的相关性。显着的遗传方差和中到高的主要农艺性状遗传力表明这些性状变异主要受到基因型控制。总计525个影响30个主要农艺性状及其中亲优势（MPH）的QTL。此外,85个QTL至少在RIL、IF2与MPH中两个被发现。这表明不同遗传效应影响QTL的检测同时各个性状的遗传不是完全独立的。显性度分析表明单穗穗重、单穗籽粒重和单行籽粒数的位点超过50%以上呈超显性,而剩余性状的位点大多呈现较低的显性度。部分性状杂种优势单位点及其上位性互作的表型贡献率之和可达90%以上,表明不同性状杂种优势受不同遗传效应聚合影响。部分性状超显性的单位点在杂种优势中相较于其他遗传效应扮演着更重要的作用。QTL多效性可能也参与到调节杂种优势的遗传机制。热点区域1.08-1.11、3.07-3.09和10.04-10.07聚集了大量控制株型和产量及其中亲优势的位点。3.本研究总计发现153个稳定性QTL。结合GCA信息发现75个QTL同时显着地影响其相应性状的GCA效应。同时考虑在40%以上在骨干亲本衍生系中传递,总计鉴定了12个关键遗传区段。其中,bins 2.07-2.08和5.04-5.05是掖478株型的遗传改良的关键区段。骨干亲本掖478和08-641及其衍生系或相关系间存在的相似的表型以及高QTL传递率均表明骨干亲本掖478和08-641之间存在遗传改良上的巨大差异,且存在其他供体亲本的新等位基因的聚集。这些遗传区段聚集了各骨干亲本的耐密和杂种优势的有利等位基因,为固定杂种优势群/池以及维持杂种优势池间高杂种优势水平发挥着关键性的作用。此外,各遗传群体中到高的遗传力以及GCA相较于特殊配合力（SCA）的主导性作用则暗示着GCA可被有效地用于预测自交系和杂交种的大多数性状的表现。这些结果也表明性状本身、杂交种表现、杂种优势和性状GCA之间存在遗传机制差异。这些结果加深了对骨干亲本关键区段的认识,并为其改良骨干亲本和创制新骨干系提供了新的见解。
余世洲[6]（2020）在《普通小麦种质资源耐盐性鉴定及相关基因挖掘》文中指出气候变化和现代城市化进程使得威胁粮食生产的土壤盐渍化问题更加突出,在世界上,主要小麦生产国,如澳大利亚、俄罗斯、中国等也是世界上盐渍化土壤面积最大的国家,选育耐盐小麦品种对保证世界粮食安全具有重要意义。然而在现代小麦育种体系中,育种过程多依据在高营养和最佳田间管理条件下测得的单产相关指标来选育品种。经过数十年的现代育种选择,目前主要小麦推广品种的遗传多样性已变得较为狭窄,应对气候变化造成的环境胁迫能力十分脆弱。基于此,本研究在课题组收集的5,000余份小麦种质资源材料中,选择307份代表性材料开展了耐盐性鉴定实验,并利用关联分析、转录组、生物信息学等手段挖掘小麦耐盐相关基因。研究取得了以下结果:（1）提出了新的种子植物耐盐性鉴定方法。该方法的主要理论依据是在其它环境条件不变的情况下,环境盐度在0至1标准盐度范围内,品种的发芽率、存活率或繁殖率变化曲线受品种的耐盐能力决定。根据可直接测量性状变化曲线,借鉴积分方法,消除盐度因素的影响,得到一个与品种耐盐性成比例的一个常数,称为耐盐指数,记作。并通过实例证实了提出方法的可行性。（2）对307个小麦品种芽期耐盐性鉴定实验结果表明:各品种间耐盐性差异显着。数值范围为0.1257～0.9522,且频率分布趋于正态分布,符合关联分析的模型假设。同时不同盐浓度下,耐盐指数的相关性分析证实了选择单一盐浓度进行耐盐性鉴定存在缺陷。（3）对307份材料的基因型数据进行了群体结构分析、连锁不平衡（LD）分析,以及基因型和表型数据的关联分析。结果表明307份材料可划分为7个亚群,小麦全基因组LD衰减距离为3.2 Mb,A亚组、B亚组和D亚组的LD衰减距离分别为2.7 Mb、4.8 Mb和2.0 Mb。小麦芽期耐盐性相关的117个显着性位点(P<1×10-5)主要集中在3条染色体1A、3B和6B上,且三条染色体上候选位点数目分别为73、15和20,分别解释了8.92%、5.23%和1.98%的表型变异。三条染色体定位区间有53个基因,包含转录因子、钙调蛋白、抗氧化酶及渗透调节物质合成酶等,其中有35个基因在盐胁迫环境下,上调或者下调表达。（4）对盐敏感材料碧蚂4号和和耐盐材料小偃22的苗期转录组数据分别进行品种间、同一品种不同样品间以及不同时间处理条件下的时序转录组分析,根据本研究的筛选标准（log2（fold change）>=1.5,FDR<=0.01）,结果表明两个品种间差异表达基因数目为7,141个,但对盐胁迫处理,小偃22和碧蚂4号响应基因数目分别为366和365。推测两个品种耐盐性的差异主要由遗传决定,并且盐胁迫响应基因在两个品种间可能存在结构变异。另外,结合时序转录组数据分析结果获得了617个差异表达基因集,结合GO和KEGG分析表明,这些基因主要富集到MAPK信号传导、光合作用、植物激素信号转导等途径。（5）基于文献数据及公共生物数据库,利用生物信息学手段,筛选出植物耐盐相关的56个热点基因/蛋白,随后利用同源比对获得了4,620个小麦耐盐相关序列。并结合（3）、（4）分析结果,以Ta Sn RK2基因为例进行了全基因组家族分析,并最终确定Ta Sn RK2.29基因作为重要候选基因,以开展分子功能验证实验及进一步育种利用工作。本研究建立了小麦耐盐性鉴定方法,并通过该方法鉴定到一批小麦耐盐相关基因;分析了现代小麦育种体系下产量和耐盐性的关系以及目前国内小麦主要耐盐单倍型的来源;探讨了未来育种应用中提高耐盐性的方式。
毛方明[7]（2019）在《分子标记辅助选择创建抗褐飞虱水稻新材料》文中提出水稻作为全球的主要粮食作物之一,其生产对全球粮食安全至关重要。褐飞虱是水稻生产上极具破坏性的害虫,褐飞虱的频频爆发对水稻的产量和品质造成严重的影响。每年过度的杀虫剂使用严重破坏自然生态系统平衡,而培育抗褐飞虱水稻品种被认为是目前最为经济有效的方法之一。‘黄华占’和‘五山丝苗’是广东省农科院水稻研究所选育的优质、高产常规水稻品种,目前在湖北省推广广泛,但对褐飞虱无抗性。本研究利用杂交、回交及分子标记辅助选择方法将抗褐飞虱基因Bph14、Bph15渗入到黄华占和五山丝苗中,通过苗期褐飞虱抗性鉴定、不同环境的比产试验和稻米品质分析,创建产量、品质、生育期等与受体亲本相似,但褐飞虱抗性明显提高的新材料,为培育抗褐飞虱的常规水稻新品种提供育种基础材料。BC3F2前的所有工作由王红波完成,本人由BC3F2开始接手研究工作。主要获得以下研究结果:1.通过杂交、回交和每个世代的分子标记跟踪检测,从‘黄华占4/HB13001-14-5’的BC3F3家系中选育出携带Bph14、Bph15基因纯合的株系8个,分别编号为HB16005-1-3-49、HB16005-1-3-60、HB16005-2-6-8、HB16005-5-1-43、HB16005-5-1-80、HB16005-5-7-9、HB16005-5-7-29和HB16005-5-7-40。从‘五山丝苗4/HB13001-14-5’的BC3F3家系中选育出携带Bph14、Bph15基因纯合的株系7个,分别编号为HB16003-7-1-24、HB16003-7-1-44、HB16003-8-7-2、HB16003-8-7-14、HB16003-8-7-50、HB16003-25-8-26和HB16003-25-8-48。2.苗期褐飞虱抗性鉴定结果表明,以上15个中选株系的褐飞虱抗性平均受害等级是1.03.7,表现为高抗或抗。与受体亲本黄华占和五山丝苗受害等级7.0和8.3相比,褐飞虱抗性得到了明显的提高。3.用水稻育种SNP芯片RICE6K分析中选株系表明,所有中选株系在3号和4号染色体的Bph14、Bph15基因的插入片段为18.99Mb21.19Mb,部分株系在其他染色体上也有不同大小的供体亲本片段导入,黄华占背景的8个中选株系的背景回复率为88.23%94.52%,五山丝苗背景的6个中选株系的背景回复率为92.69%94.95%。4.用农业行业标准《NY/T1433-2014水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》的48对SSR标记对中选株系与受体亲本进行差异性分析结果表明,株系 HB16005-1-3-60、HB16005-5-1-43及HB16005-5-1-80与黄华占无标记存在差异,HB16005-1-3-49和HB16005-2-6-8分别与黄华占有1对标记的差异,HB16005-5-7-9、HB16005-5-7-29、HB16005-5-7-40与黄华占的差异均达到3对标记。在五山丝苗改良株系中,株系HB16003-8-7-50与五山丝苗无标记存在差异,HB16003-7-1-24、HB16003-7-1-44、HB16003-8-7-2、HB16003-8-7-14、HB16003-25-8-48均与五山丝苗有1对标记的差异,另外HB16003-25-8-48的结果表明种子可能混杂。通过芯片和48对SSR标记的指纹图谱分析,初步明确了原始亲本与改良株系的基因组差异。5.海南和鄂州两个地点的比产试验和稻米品质分析结果表明,部分黄华占背景的中选株系,播始历期缩短23天、植株变矮26cm、其他农艺性状、产量和稻米品质与黄华占相似,通过综合分析,初步认为HB16005-2-6-8和HB16005-5-7-40两个株系表现最好、可以替代黄华占作为抗褐飞虱新品系进一步扩大试种。多数五山丝苗背景的中选株系,与五山丝苗相比,株高和千粒重略增高,其他农艺性状、产量和稻米品质与五山丝苗相似,通过综合分析,初步认为编号为HB16003-7-1-44的株系表现最好、可以替代五山丝苗作为抗褐飞虱新品系进一步扩大试种。6.通过对中选株系测配组合的比产试验、主要农艺性状调查和稻米品质分析,筛选出华5325S/HB16005-2-6-8、华5325S/HB16003-7-1-44、华6421S/HB16005-2-6-8和华6421S/HB16003-7-1-44等4个生育期短、产量高、稻米品质优的苗头组合,建议进一步进行试制种和多点试验。
高幸幸[8]（2019）在《玉米粒重基因的精细定位及候选基因分析》文中研究说明玉米不仅是重要的粮食作物,也是主要的饲料和工业能源原料,同时也是基础生物学研究的模式作物。近100年来,玉米突变体在植物细胞、数量、表观遗传学和生化代谢、转录因子与突变及生物进化、驯化等方面的研究都起到了不可替代的作用。目前玉米基因组测序工作的完成及玉米产量、品质基因功能研究的深入,为玉米产量和品质的遗传改良提供理论基础,也为其它禾本科作物的相关研究提供了参考。本研究以课题组鉴定到的玉米粒重突变体为研究对象,进行表型鉴定及基因定位,最终为玉米籽粒产量性状的选择育种提供优异候选基因。主要结果如下:1.该玉米粒重突变体表现为籽粒明显变小,故将其命名为small kernel mutant（skm）。skm自交多代后,该突变表型仍可稳定遗传;将skm分别与B73、Mo17构建F1群体,F1代自交获得F2分离群体,发现F1果穗均为正常籽粒,F2杂合果穗中正常表型和突变表型籽粒的数量比值接近3:1,与孟德尔分离比一致,表明突变表型由隐性单基因控制。2.以B73成熟籽粒作为对照,发现skm籽粒性状表现为籽粒变小、顶端种皮皱缩,籽粒胚乳粉质较松散充实度低,胚发育不良;skm成熟籽粒的蛋白质和淀粉含量有所下降,淀粉颗粒大小、形状、排列空间均发生了改变。3.利用F2（B73×skm）群体,采用BSA对skm进行初步基因定位,将skm定位于玉米第7号染色体InDel标记IDP7741和IDP7532之间的遗传区域内（134.8-152.7 Mb）。4.构建F3（B73×skm）群体,利用MBS测序技术和PARMS基因分型技术,进一步将突变基因精细定位于SNP分子标记ZM227与ZM234间70 kb区段,在该候选区域内有5个基因。结合5个基因序列比对结果、表达量差异及基因功能,进一步筛选目的基因。
郎涛[9]（2019）在《小麦及其近缘物种串联重复序列的全基因组发掘与染色体区段鉴定》文中提出重复序列在小麦族物种基因组中占很高的比例,在普通小麦中国春基因组中含量高达85%以上,但基因组中重复序列的结构与功能研究较为薄弱。重复序列可分为串联重复（Tandem repeats,TR）和散在重复（Interspersed repeats,IR）,仅少数TR在分子标记、进化研究和细胞遗传学分析中得到应用。近年来,随着基因组测序与组装技术的提升以及成本的下降,小麦族中多个物种的基因组序列的完成,为从全基因组水平上分析小麦及其近缘物种的TR的结构与功能,以及大规模开发TR探针应用于染色体精细鉴定等提供了基础。本研究基于小麦及其近缘物种的参考基因组,结合基因组学和分子细胞遗传学手段,明确了基因组中的TR分布特征,发掘了一批新的寡核苷酸（Oligo）探针,能够在小麦染色体上产生清晰稳定的荧光原位杂交（Florescent in situ hybridization,FISH）杂交信号,并利用新探针对小麦易位染色体片段进行了精细鉴定。研究结果如下:1、基因组TR分布可视化网络服务工具的建立。针对串联重复序列家族在基因组中的物理特征,基于BLAST,我们构建了TR富集与物理分布网络服务B2DSC（http://mcgb.uestc.edu.cn/b2dsc）。B2DSC作为TR分布可视化工具,实现了基于TR设计FISH寡核苷酸探针的预评估,并对FISH杂交信号进行物理定位。同时基于FISH杂交结果,评估参考基因组局部区段重复序列的拼装质量,为细胞遗传学分析改进复杂基因组质量提供指导。2、小麦及近缘物种参考基因组的TR发掘。建立了包括小麦（AABBDD）、乌拉尔图小麦（AA）、节节麦（DD）、野生二粒小麦（AABB）和栽培大麦（HH）物种的非冗余TR（non-redundant TR,NR-TR）全基因组分布数据库（http://mcgb.uestc.edu.cn/tr）。发现小麦各染色体TR含量在2-5%之间,在A、B和D组染色体上非均匀分布,以D组染色体的TR密度最高。明确了小麦基因组中不同长度TR阵列在基因组的分布与富集特征,说明重复序列结构多样性对小麦基因组进化发挥了重要作用。3、小麦基因组TR与基因表达调控分析。发现1-10 bp TR和31-60 bp TR分别在高置信度（high confidence,HC）基因的转录起始位点（transcription start site,TSS）上下游50 bp和基因转录终止位点（transcription terminal site,TTS）下游500bp内相对较高富集。在TSS上游1 Kb内和TTS下游300 bp内出现50拷贝以上TR阵列的HC基因,常常表现为完全不表达或有中低表达。类萌发素蛋白基因家族分析,发现编码区插入了TR的基因完全不表达。对93个低拷贝TR阵列的基因分析,表现了潜在的pre-miRNA序列的存在,为开展TR对全基因组的表达调控网络研究奠定了基础。4、基于高拷贝TR的寡核苷酸原位杂交探针的发掘。在TR全基因组分析的基础上,开展TR阵列的聚类分析,从46类小麦高拷贝TR以及3类大麦TR中获得了16个新寡核苷酸探针。验证发现它们在小麦染色体上有比较清晰稳定的非变性荧光原位杂交（nondenaturing FISH,ND-FISH）杂交信号,且结合B2DSC进行的基因组物理定位,构建了一张TR探针的染色体物理定位整合图谱,大大提高了FISH鉴定小麦及其近缘属物种染色体特定区段的分辨率。5、小麦高富集的小卫星（minisatellite）序列的分布与进化研究。小麦基因组中一类44 bp的TR序列Ta-3A1,共有69,135个拷贝,总长约3.02 Mb,为拷贝数最高的小卫星序列。Ta-3A1主要富集于小麦3AL、5AL、7AS、7AL、5BL和5DS很短的区间内。序列的聚类分析与物理分布分析,结合小麦族代表性物种染色体的比较ND-FISH分析,发现Ta-3A1拷贝数和染色体位置的快速变化,与小麦族物种形成和多倍体化过程中的染色体重排事件有关。6、基于TR的寡核苷酸探针用于染色体结构变异精准鉴定。利用发掘的Oligo探针,对小麦-偃麦草导入系Z4、小麦-黑麦-偃麦草易位系品种Amigo以及“川麦62”的染色体进行了多重探针的FISH分析。准确鉴定了Z4的易位染色体（Tr-I）的易位断点,其中3A的断点确定在位于长臂的532.13 Mb区域,3DS的47 Mb区段插入到Tr-I的端部。FISH鉴定发现小麦品种Amigo具有小麦-黑麦1RS.1AL易位染色体,小麦7BS.7AS和7BL.7AL易位,还确定了Amigo的1B染色体随体区域,长穗偃麦草染色体片段约为120 Mb。利用多种TR-Oligo探针,将“川麦62”中5B-7B相互易位染色体的断点分别定位于5B的99-151 Mb和7B的310-379 Mb之间。证实多探针ND-FISH可大幅度提高小麦及近缘物种染色体区段重排的鉴定分辨率,实现小麦外源新种质的高效鉴定。综上,本研究围绕小麦及其近缘物种中的串联重复序列,开展生物信息学分析,开发了可展示全基因组TR染色体分布的在线网络服务,已成为物种基因组TR分析的共享平台。开发的新型基于TR的寡核苷酸探针,并构建染色体物理定位整合图谱,成功用于小麦外源染色体易位区段的精准鉴定,实现了分子细胞遗传学研究与基因组学新进展的紧密结合,研究结果对完善小麦基因组结构、功能与进化的理论和指导小麦分子染色体工程育种的实践都具有重要意义。
季文杰[10]（2018）在《一套籼粳交衍生重组自交系株高QTL定位及基因—环境互作的初步研究》文中进行了进一步梳理水稻是禾本科单子叶植物的模式生物,并且在世界粮食生产和亚洲居民饮食结构中占有重要地位,水稻基因组分析,基因功能解析,高产优质广适性新品种的培育,一直是植物遗传学领域的研究重点。继水稻矮化育种、三系杂交水稻育种和两系杂交水稻之后,理想株型塑造结合籼粳亚种间杂种优势利用将成为水稻产量新突破的重要途径。籼粳亚种亲缘关系较远,有着极高的产量优势潜力,但同时也存在固有的问题,如杂种F1株高偏高、生育期超亲、结实率较低、谷粒充实度较差等。突破这些限制,实现籼粳亚种间杂种优势的直接利用,不仅可以探索籼粳交杂种优势的科学问题,而且在保障国家粮食安全上有着巨大的应用价值。本研究使用籼稻（Chao2R）、粳稻（RPY）、F1杂种及其衍生的重组自交系（RILs）为材料,探讨亲本遗传距离与杂种优势之间的关系,并选抒株高性状作为重点,利用全基因组关联性分析（GWAS）等生物信息学方法,进行了 QTL定位与基因-环境互作效应分析,主要研究结果如下:1.亲本籼粳指数与F1杂种优势:母本Chao2R籼性指数Fil=1.0（典型籼稻）,父本RPY粳籼性指数Fi2=0.15（粳稻）,亲本遗传距离GD=0.85;F1株高（PH）、穗粒数（SPP）、单株产量（YPP）中亲优势（MPH）分别为15.2%、107.6%、236.5%,高亲优势（BPH）分别为12.5%、71.3%、80.4%,均达极显着水平,结实率（SRT）高亲优势（BPH）-40.0%,表现为负向超亲优势。2.两年两点株高性状表型数据:株高性状表型调查,包括2016年/2017年两年、海南陵水/湖北鄂州两点,一共四组数据,Chao2R、RPY、F1、RILs表型数据分别为（cm）:78.7、85.9、101.1、54.4-139.2,121.6、127.6、143.6、87.0-180.7,92.1、94.0、NA、65.9-157.0,120.0、126.7、NA、86.1-179.3;不同年份间各性状整体分布规律相近,不同地点,各性状基本趋势“鄂州>陵水”,应当是由于在鄂州中晚稻季种植、生育期内积温比海南早稻季高。3.测序数据与遗传图谱参数:母本Chao2R测序深度86×、基因组全长394.43Mb,父本RPY粳测序深度61×、基因组全长383.45Mb,272个RILs重测序深度3.33×、基因组均长437.54Mb;亲本间共检测到SNP标记1542481个,母本标记杂合度9.7%、父本标记杂合度2.5%;Bin图标记4758个,遗传图谱总图距2356.41cM,Bin平均图距0.50cM,12条染色体上Bin平均图距0.33-1.33cM。4.比对出4个已克隆株高相关基因在亲本间差异较大:已报道克隆株高相关基因70余个,主要集中在赤霉素（GA）、油菜素内酯（BR）、独脚金内酯（SL）激素合成与信号转导通路,选其较为重要的GA通路相关基因17个及“理想株型基因”IPA1,在粳稻Nipponbare参考基因组数据库RGAP中下载基因序列,回贴到亲本基因组进行BLAST,发现SD1、GID1、EUI、OsCPS1等基因在双亲间序列差异较大,但是否确为差异基因,还需要更多工作来验证。5.发现3个主效位点qPH-1-1、qPH-3-4、qPH-6-1:4种条件下共定位22个株高QTLs,通过遗传图谱标注发现3个区域至少在两种条件下被重复检测到,分别命名为:qPH-1-1,位于1号染色体长臂远端138.9-142.3cM,标注为LOC1;qPH-3-4,位于3号染色体长臂末端172.8-176.0cM,标注为LOC2;qPH-6-1,位于6号染色体长臂中部143.7-150.4cM,标注为LOC3。均一化LOD值分别为41.41、14.52、9.37,表型解释率（PVE）分别为 36.91%、7.97%、5.40%。6.预测 3 个基因 LOCOs01g66100、LOC Os03g63970、LOCOs06g44010:通过与已克隆株高相关基因染色体共定位及目的区段基因注释分析,预测3个主效位点候选基因分别为 LOCOsO 1 g66100（SD1）、LOCOs03g63970（GA20ox 1）、LOCOs06g44010（WRKY家族转录因子）;其他位点均只在一种条件下检测到,多数定位区域较大、注释基因繁多,有待进一步精细定位和基因功能分析验证。7.一对强效QTL互作位点:双QTL互作分析,四种条件下共发现5对互作关系,数量较少;检出了一对强互作位点,t8-11,代表4号染色体5cM（Block121939-Block121945）与 7 号染色体 35cM（Block166034-Block166067）附近位置的互作,表型解释率（PVE）达26.7%,加性互作效应非常显着。8.30%-40%的环境效应影响:环境效应分析,单位点一维扫描,发现总计28个显着受环境效应影响位点,包括QTL定位分析中发现的LOC1/2/3,环境影响导致的PVE占30%-40%,说明环境效应即使对主效基因的影响也相当大;Q-Q二维扫描,发现受环境影响互作位点近百个,网络错综复杂、效应高低不一。
二、水稻4号染色体长臂74.5～78.2cM区段的基因注解以及水稻两组基因frr和trs的结构与功能研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、水稻4号染色体长臂74.5～78.2cM区段的基因注解以及水稻两组基因frr和trs的结构与功能研究（论文提纲范文）
（1）水稻抗稻瘟病基因PID3和Pi9的防御信号传导通路研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 引言 |
| 1.1 病原菌的分类 |
| 1.2 非寄主抗性 |
| 1.3 植物免疫系统的概述 |
| 1.3.1 植物的PTI反应 |
| 1.3.2 植物的ETI反应 |
| 1.4 植物NLR蛋白 |
| 1.4.1 NLR的结构与功能特点 |
| 1.4.2 NLR对Avr的识别 |
| 1.4.3 NLR的激活调控 |
| 1.5 NLR介导的信号转导 |
| 1.5.1 NLR对转录表达的直接调控 |
| 1.5.2 NLR对转录重编程的间接控制 |
| 1.5.3 NLR信号链的保守组分 |
| 1.6 Rac/Rop蛋白在植物免疫中的研究进展 |
| 1.6.1 Rac/Rop蛋白家族与植物免疫 |
| 1.6.2 OsRac1与植物免疫 |
| 1.7 26S蛋白酶体在植物免疫中的研究进展 |
| 1.7.1 泛素-蛋白酶体系统 |
| 1.7.2 26S蛋白酶体与植物免疫 |
| 1.8 水稻抗稻瘟病的机理研究 |
| 1.8.1 稻瘟病菌的侵染过程 |
| 1.8.2 水稻抗稻瘟病基因的克隆及功能特点 |
| 1.9 本论文立题依据及研究目标 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 菌株 |
| 2.1.3 质粒 |
| 2.2 实验试剂 |
| 2.2.1 常用培养基 |
| 2.2.2 植物DNA提取液 |
| 2.2.3 酵母感受态制备与转化实验相关试剂 |
| 2.2.4 水稻原生质体感受态制备与转化实验相关试剂 |
| 2.2.5 植物蛋白提取相关试剂 |
| 2.2.6 蛋白免疫印迹实验相关试剂 |
| 2.2.7 原核诱导表达及蛋白纯化实验相关试剂 |
| 2.2.8 其他实验相关试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 基因、蛋白序列的获得与分析及系统发生树的构建 |
| 2.3.2 水稻的种植培养 |
| 2.3.3 稻瘟病菌的接种与侵染 |
| 2.3.4 DNA的提取 |
| 2.3.5 总RNA的提取和反转录 |
| 2.3.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 2.3.7 半定量PCR |
| 2.3.8 质粒的提取 |
| 2.3.9 载体的构建 |
| 2.3.10 大肠杆菌的转化 |
| 2.3.11 农杆菌的转化 |
| 2.3.12 转基因植株的构建与遗传转化 |
| 2.3.13 酵母感受态的制备与转化 |
| 2.3.14 水稻原生质体感受态的制备与转化 |
| 2.3.15 植物总蛋白的提取 |
| 2.3.16 蛋白免疫印迹 |
| 2.3.17 原核蛋白的诱导表达与纯化 |
| 2.3.18 ATPase酶活性检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 OsSPK1参与PID3介导的稻瘟病抗性反应 |
| 3.2 OsSPK1和OsRac1分别为Pi9介导的稻瘟病抗性所需 |
| 3.3 RAI1在Pi9抗病反应中的特异表达模式及与Pi9的相互作用 |
| 3.4 RAI1在Pi9介导的抗病途径中发挥重要作用 |
| 3.5 RAI1具有转录激活活性 |
| 3.6 OsRPT2与RAI1 的相互作用 |
| 3.7 OsRPT2a具有ATP水解酶活性 |
| 3.8 OsRPT2a的亚细胞定位 |
| 3.9 OsRPT2a是植物免疫所必需的 |
| 3.10 OsRPT2a介导RAI1 的蛋白降解 |
| 4 讨论 |
| 4.1 OsSPK1-OsRac1-RAI1可能作为NLR下游保守的信号通路 |
| 4.2 NLR入核结合RAI1 |
| 4.3 RAI1受OsRPT2a表达调控 |
| 4.4 OsRPT2a可能通过调控RAI1的蛋白周转进而参与植物抗病 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 后续工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（2）玉米多亲本群体籽粒性状的遗传解析与育种应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1.前言 |
| 1.1 玉米的重要性 |
| 1.2 籽粒外观性状测量方法 |
| 1.3 玉米籽粒外观性状遗传研究进展 |
| 1.4 作图群体研究进展 |
| 1.4.1 双亲群体 |
| 1.4.2 自然群体 |
| 1.4.3 多亲本群体 |
| 1.5 玉米籽粒性状突变体基因克隆研究现状 |
| 1.5.1 P型PPR蛋白基因 |
| 1.5.2 PLS型 PPR蛋白基因 |
| 1.5.3 非PPR蛋白基因 |
| 1.6 玉米籽粒性状同源克隆基因研究现状 |
| 1.7 玉米籽粒QTL的克隆进展 |
| 1.8 本研究的目的和意义 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 CUBIC群体材料田间试验 |
| 2.2.2 籽粒性状考察方法 |
| 2.2.3 CUBIC群体基因型分析,单倍型构建和群体结构分析 |
| 2.2.4 关联分析 |
| 2.2.5 每升总粒数QTL候选基因分析 |
| 2.2.6 QTL多效性分析 |
| 2.2.7 籽粒性状QTL―环境互作效应分析 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 CUBIC群体籽粒性状的表型分析 |
| 3.1.1 CUBIC群体子代及其亲本表型分析 |
| 3.1.2 CUBIC群体籽粒性状相关性分析 |
| 3.1.3 CUBIC群体子代籽粒性状广义遗传力分析 |
| 3.2 CUBIC群体全基因组关联分析 |
| 3.2.1 基于单标记SNP的全基因组关联分析 |
| 3.2.2 基于bin的全基因组关联分析 |
| 3.2.3 h GWAS定位结果的分辨率高于s GWAS定位结果的分辨率 |
| 3.2.4 两种方法共定位QTL分析 |
| 3.3 每升总粒数的第10染色体长臂端QTL候选基因分析 |
| 3.3.1 每升总粒数的第10染色体长臂端共定位QTL的特征 |
| 3.3.2 通过基因组注释推测QTL区间候选基因 |
| 3.4 QTL热点分析 |
| 3.5 QTL多效性分析 |
| 3.6 育种材料挖掘分析 |
| 3.7 籽粒性状QTL—环境互作效应分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 CUBIC群体优势 |
| 4.1.1 CUBIC群体构建 |
| 4.1.2 CUBIC群体的重组 |
| 4.2 玉米籽粒性状的遗传基础 |
| 4.3 籽粒性状QTL定位的结果与前人研究的比较 |
| 4.4 机器考种的优势 |
| 4.5 本研究的局限性与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 试验材料亲本间亲缘关系及CUBIC群体构建过程 |
| 附录2 玉米籽粒考种机考种系统原理、操作流程及数据处理 |
| 附录3 亲本及其CUBIC子代籽粒表型分布及其各试验点间相关性 |
| 附录4 基于单标记SNP和 bin的全基因组关联分析 |
| 附录5 作者简介 |
| 致谢 |
（3）玉米灌浆期应答干旱的生理生化及蛋白组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 干旱胁迫对大田作物的危害 |
| 1.2 玉米应答干旱胁迫的机理 |
| 1.2.1 表型性状 |
| 1.2.2 生理生化指标 |
| 1.2.3 响应干旱表达的基因 |
| 1.3 蛋白质组学 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 表型性状及生理指标的测定 |
| 2.3 蛋白质提取 |
| 2.4 肽段酶解与iTRAQ标记 |
| 2.5 强阳离子交换(SCX)与LC-MS/MS分析 |
| 2.6 蛋白质鉴定与定量 |
| 2.7 DAPs的功能分类、途径富集及聚类分析 |
| 2.8 RNA提取、cDNA合成及qRT-PCR分析 |
| 2.9 生理数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 玉米自交系穗部表型形态指标 |
| 3.2 自交系穗部籽粒生理生化指标测量与分析 |
| 3.3 iTRAQ法鉴定玉米籽粒灌浆蛋白 |
| 3.4 干旱响应差异丰富蛋白(DAPs)分析 |
| 3.5 响应干旱胁迫DAPs的功能注释与富集分类 |
| 3.6 蛋白质之间的相互作用分析 |
| 3.7 实时定量(qRT-PCR)分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 两个自交系对干旱胁迫的表型和生理反应的对比研究 |
| 4.2 耐旱自交系YE8112响应干旱胁迫差异蛋白的调节 |
| 4.2.1 干旱胁迫下转录延长、蛋白质转运及表观遗传调控机制 |
| 4.2.2 干旱条件下“应激反应”和“刺激反应”相关蛋白 |
| 4.2.3 干旱胁迫条件下能量代谢及次生代谢产物生物合成相关蛋白 |
| 4.2.4 干旱胁迫条件下营养库活性(NRA)相关蛋白 |
| 4.2.5 干旱胁迫条件下YE8112中DAPs最显着富集的代谢途径 |
| 4.3 敏感自交系Mo17响应干旱胁迫差异蛋白的调节 |
| 4.3.1 淀粉和蔗糖代谢相关酶在Mo17中上调最显着 |
| 4.3.2 降低线粒体氧化磷酸化对减少Mo17细胞ROS生成至关重要 |
| 4.3.3 干旱胁迫下Mo17过氧化物酶活性显着降低 |
| 4.3.4 最显着富集于敏感自交系Mo17中DAPs的代谢途径 |
| 4.4 玉米幼苗与籽粒对于干旱胁迫响应的异同 |
| 4.5 玉米籽粒抗旱性模型 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附表一 |
| 附表二 |
| 附表三 |
| 附图一 |
| 附图二 |
| 附图三 |
| 在读期间发表和投稿的的学术论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
| 附件 |
（4）基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 选题背景及意义 |
| 1.1.1 土壤盐渍化现状及应对措施 |
| 1.1.2 水稻耐盐性研究意义 |
| 1.2 水稻耐盐性研究进展 |
| 1.2.1 盐胁迫对水稻生物学影响 |
| 1.2.2 水稻耐盐性鉴定评价方法研究 |
| 1.2.3 水稻耐盐种质资源筛选与品种选育 |
| 1.2.4 水稻耐盐性基因定位 |
| 1.2.5 水稻候选基因预测 |
| 1.2.6 水稻耐盐基因克隆 |
| 1.2.7 水稻耐盐基因利用 |
| 1.3 研究目的和意义、技术路线及研究内容 |
| 1.3.1 本研究目的和意义 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 1.3.3 论文结构 |
| 第二章 水稻耐盐性鉴定评价方法及种质筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验管理 |
| 2.1.3 试验调查 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 水稻分蘖期适宜盐胁迫浓度确定 |
| 2.2.2 水稻分蘖期耐盐种质鉴定筛选 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 水稻高密遗传图谱构建及耐盐性连锁分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验设计与处理 |
| 3.1.3 SNP标记开发 |
| 3.1.4 统计与分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 遗传图谱构建 |
| 3.2.2 群体耐盐表型鉴定 |
| 3.2.3 QTL定位分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 QTL影响因素分析 |
| 3.3.2 QTL定位结果 |
| 3.3.3 候选基因预测 |
| 第四章 水稻耐盐性全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 群体耐盐等级评价 |
| 4.2.2 群体结构与亲缘关系 |
| 4.2.3 GWAS分析 |
| 4.2.4 候选基因预测 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 GWAS分析影响因素 |
| 4.3.2 GWAS分析结果 |
| 4.3.3 候选基因预测 |
| 第五章 水稻耐盐性比较转录组分析及候选基因预测 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.1.3 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 测序数据质量情况汇总 |
| 5.2.2 基因表达水平分析 |
| 5.2.3 基因差异表达分析 |
| 5.2.4 差异基因GO注释与富集分析 |
| 5.2.5 候选基因筛选 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 盐胁迫诱导特异差异表达基因 |
| 5.3.2 水稻耐盐性特异转录因子 |
| 5.3.3 水稻耐盐性渗透调节基因 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）玉米骨干亲本掖478和08-641关键区段的遗传解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 、文献综述 |
| 1.1 概述 |
| 1.2 玉米与环境、密度互作的研究进展 |
| 1.2.1 群体密度与主要农艺性状关系 |
| 1.2.2 理想株型 |
| 1.2.3 耐密性和理想株型遗传基础的研究 |
| 1.2.4 耐密性和产量相关性状的相关研究 |
| 1.3 杂种优势研究进展 |
| 1.3.1 国外育种杂种优势群和杂种优势模式的划分 |
| 1.3.2 我国杂种优势群基础和杂种优势模式 |
| 1.3.3 杂种优势的遗传假说解释 |
| 1.3.4 杂种优势的研究方法 |
| 1.3.5 玉米杂种优势的研究进展 |
| 1.4 骨干亲本的研究进展 |
| 1.4.1 我国玉米骨干自交系及其衍生系的相关研究进展 |
| 1.4.2 西南玉米生产区骨干自交系08-641 的研究进展 |
| 1.5 植物QTL定位方法与原理 |
| 1.5.1 QTL定位群体和分子标记 |
| 1.5.2 QTL作图方法 |
| 1.5.3 QTL精细定位方法 |
| 1.6 配合力测定简介 |
| 1.6.1 配合力分析设计 |
| 1.7 研究的目的意义及技术路线 |
| 1.7.1 研究的意义 |
| 1.7.2 研究的目的 |
| 1.7.3 技术路线 |
| 第二章 、多环境高低密度下玉米主要农艺性状的QTL鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 田间试验设计和性状调查 |
| 2.1.3 田间数据分析 |
| 2.1.4 遗传图谱的构建 |
| 2.1.5 QTL定位、上位性和QTL与环境互作分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 双亲和重组自交系的株型和产量相关性状的表型分析 |
| 2.2.2 多环境下RIL群体的农艺性状的联合方差分析、遗传力和相关分析 |
| 2.2.3 SNP连锁图谱的构建 |
| 2.2.4 多环境两种种植密度下RIL群体的主要农艺性状的QTL分析 |
| 2.2.5 高低密度下RIL群体的主要农艺性状的上位性互作和QTL与环境互作分析 |
| 2.2.6 株型和产量相关性状的QTL多效性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 不同密度下玉米主要农艺性状响应的遗传机制 |
| 2.3.2 上位性互作和QTL与环境互作对主要农艺性状的影响 |
| 2.3.3 QTL多效性影响骨干亲本株型的垂直分布和产量表现 |
| 第三章 、掖478×08-641 下农艺性状的杂种优势的遗传解析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 田间试验设计和性状调查 |
| 3.1.3 田间数据分析 |
| 3.1.4 遗传图谱构建和QTL作图 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 RIL群体和IF_2群体的主要农艺性状及其杂种优势的表现分析 |
| 3.2.2 IF_2群体的主要农艺性状联合方差、遗传力和相关关系分析 |
| 3.2.3 RIL群体和IF_2群体的主要农艺性状和其中亲优势的QTL定位分析和比较 |
| 3.2.4 显性和超显性效应对杂种优势的影响 |
| 3.2.5 双位点上位性效应对主要农艺性状及其杂种优势的影响 |
| 3.2.6 多效应对主要农艺性状及其杂种优势的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 不同遗传效应共同影响农艺性状及其杂种优势水平 |
| 3.3.2 QTL多效性影响性状均值及其杂种优势水平 |
| 3.3.3 耐密性与杂种优势之间的关系 |
| 第四章 、骨干亲本掖478和08-641 关键遗传区段的挖掘 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 田间试验设计和性状调查 |
| 4.1.3 田间数据分析 |
| 4.1.4 重要遗传区段的鉴定 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 RIL和IF_2群体中主要农艺性状的稳定型QTL的鉴定 |
| 4.2.2 掖478和08-641与相应的衍生系的表型表现 |
| 4.2.3 两个骨干亲本衍生系的GCA表现及其测验群体的遗传参数分析 |
| 4.2.4 骨干亲本和衍生系之间的农艺性状的QTL的传递 |
| 4.2.5 骨干亲本和它们相关衍生系间的特异遗传区段的变异和验证 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 亲本自交系本身性状、杂种优势表现、一般配合力和杂种优势之间的遗传调节 |
| 4.3.2 骨干亲本掖478和08-641的遗传改良比较 |
| 4.3.3 特异性遗传区段的潜在利用 |
| 第五章 、结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（6）普通小麦种质资源耐盐性鉴定及相关基因挖掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 盐渍土分布 |
| 1.2 盐胁迫早期理化研究 |
| 1.2.1 盐胁迫对植物的影响 |
| 1.2.2 植物耐盐生理机理 |
| 1.2.3 植物的耐盐性鉴定 |
| 1.3 植物耐盐基因的挖掘研究 |
| 1.3.1 已报道耐盐基因 |
| 1.3.2 高通量挖掘耐盐基因方法 |
| 1.4 小麦基因组及耐盐研究 |
| 1.4.1 小麦基因组测序工作 |
| 1.4.2 小麦耐盐性及耐盐基因挖掘当前进展 |
| 1.5 研究的目的和意义 |
| 1.6 研究路线 |
| 第二章 植物耐盐性鉴定方法研究 |
| 2.1 植物芽期耐盐性测定 |
| 2.1.1 耐盐性指标数理推导 |
| 2.1.2 标准盐度的确立 |
| 2.1.3 种子预处理 |
| 2.1.4 盐胁迫处理 |
| 2.1.5 实际应用验证 |
| 2.2 植物苗期及成熟期耐盐性鉴定 |
| 2.2.1 植物苗期耐盐性鉴定方法 |
| 2.2.2 植物成熟期耐盐性鉴定方法 |
| 2.3 存在的问题及思考 |
| 2.3.1 人工海水溶液标准的制定 |
| 2.3.2 耐盐性指标的选择 |
| 2.3.3 耐盐性鉴定设施建造 |
| 2.3.4 试验系统误差的控制 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 小麦种质资源芽期耐盐性鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 307份小麦种质资源基本信息 |
| 3.2.2 小麦种质资源盐胁迫环境下发芽表现 |
| 3.2.3 小麦种质资源耐盐性鉴定结果分析 |
| 3.3 小结 |
| 第四章 小麦芽期耐盐性表型与基因型关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 小麦660KSNP芯片标记基本分析 |
| 4.2.2 群体结构及进化分析 |
| 4.2.3 连锁不平衡分析 |
| 4.2.4 小麦各亚群芽期耐盐性表型分析 |
| 4.2.5 小麦材料芽期耐盐性关联分析 |
| 4.2.6 候选区段单倍型分析 |
| 4.2.7 小麦耐盐单倍型的追溯 |
| 4.3 小结 |
| 第五章 小麦苗期盐胁迫转录组测序及分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 测序数据质量基础分析 |
| 5.2.2 样品间相关分析 |
| 5.2.3 品种间总体差异基因分析 |
| 5.2.4 转录组数据时间序列分析 |
| 5.2.5 基因GO富集分析 |
| 5.2.6 基因KEGG富集分析 |
| 5.2.7 KEGG信号通路分析 |
| 5.2.8 可变剪切分析 |
| 5.3 小结 |
| 第六章 小麦耐盐相关基因生物信息学挖掘 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 小麦耐盐基因文献信息挖掘 |
| 6.2.2 小麦耐盐相关基因结果汇总 |
| 6.2.3 重要耐盐相关基因深入分析 |
| 6.3 小结 |
| 第七章 总结与展望 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）分子标记辅助选择创建抗褐飞虱水稻新材料（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 水稻褐飞虱的生物学研究进展 |
| 1.1.1 水稻褐飞虱的生物学特性及生物型研究 |
| 1.1.2 褐飞虱对水稻的危害 |
| 1.2 水稻抗褐飞虱基因的研究进展 |
| 1.2.1 抗褐飞虱水稻种质资源的筛选 |
| 1.2.2 水稻抗褐飞虱基因的定位、克隆及功能分析 |
| 1.3 水稻抗褐飞虱基因在育种中的应用 |
| 1.3.1 褐飞虱抗性基因在常规品种和恢复系中的应用 |
| 1.3.2 褐飞虱抗性基因在不育系中的应用 |
| 1.3.3 褐飞虱抗性基因在杂交稻中的应用 |
| 1.4 分子标记辅助选择在抗褐飞虱水稻育种中的应用 |
| 2 课题目的意义 |
| 3 材料和方法 |
| 3.1 水稻材料 |
| 3.1.1 供体受体材料 |
| 3.1.2 用于测配的不育系材料及对照品种 |
| 3.2 回交和分子标记辅助选择的技术路线 |
| 3.3 用于选择的分子标记、DNA提取、PCR反应体系和电泳方法 |
| 3.3.1 用于选择的分子标记 |
| 3.3.2 DNA提取 |
| 3.3.3 PCR反应体系及扩增程序 |
| 3.3.4 电泳方法 |
| 3.4 褐飞虱鉴定方法 |
| 3.5 产量测定和主要农艺性状考查方法 |
| 3.6 稻米品质分析方法 |
| 3.7 配合力分析方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 回交和分子标记辅助选择过程 |
| 3.2 BC_3F_3 家系的Bph14、Bph15 基因分子检测和单株选择 |
| 3.3 BC_3F_3 家系的苗期褐飞虱抗性表现 |
| 3.4 BC_3F_3 家系的产量和主要农艺性状表现 |
| 3.5 BC_3F_3 家系的稻米品质表现 |
| 3.6 BC_3F_3 家系决选株系的遗传背景分析 |
| 3.6.1 决选株系Bph14、Bph15 基因的再次检测 |
| 3.6.2 决选株系的遗传背景分析 |
| 3.6.3 决选株系与受体亲本间指纹图谱的差异分析 |
| 3.7 BC_3F_4 株系在海南的产量和主要农艺性状表现 |
| 3.8 BC_3F_4 株系在海南的稻米品质表现 |
| 3.9 BC_3F_5 株系的苗期褐飞虱抗性表现 |
| 3.10 BC_3F_5 株系的产量和主要农艺性状表现 |
| 3.11 BC_3F_5 株系的稻米品质表现 |
| 3.12 部分株系所配组合的的产量、稻米品质和主要农艺性状表现 |
| 3.12.1 中选株系及亲本所配组合的产量和主要农艺性状表现 |
| 3.12.2 部分中选株系及亲本所配组合的稻米品质分析结果 |
| 3.13 杂交组合各农艺性状的配合力分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 中选株系的褐飞虱抗性改良评价和探讨 |
| 4.2 本研究使所使用的褐飞虱抗性基因Bph14和Bph15 的评价和探讨 |
| 4.3 优良株系和组合评价 |
| 4.3.1 HB16005-2-6-8 |
| 4.3.2 HB16005-5-7-40 |
| 4.3.3 HB16003-7-1-44 |
| 4.3.4 华5325S/HB16005-2-6-8 |
| 4.3.5 华5325S/HB16003-7-1-44 |
| 4.3.6 华 6421S/HB16005-2-6-8 |
| 4.3.7 华 6421S/HB16003-7-1-44 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（8）玉米粒重基因的精细定位及候选基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 玉米籽粒突变体类型 |
| 1.1.1 玉米籽粒的结构 |
| 1.1.2 玉米籽粒突变体的分类 |
| 1.2 玉米粒重突变体的研究进展 |
| 1.2.1 玉米粒重与产量的关系 |
| 1.2.2 玉米粒重基因的研究进展 |
| 1.3 图位克隆方法的发展及应用 |
| 1.3.1 图位克隆技术 |
| 1.3.2 亲本选配及作图群体构建 |
| 1.3.3 目的基因初定位 |
| 1.3.4 精细定位目的基因 |
| 1.3.5 候选基因及目的基因功能验证 |
| 1.4 玉米图位克隆存在的问题及展望 |
| 1.5 选题目的及意义 |
| 第二章 实验材料与方法 |
| 2.1 技术路线 |
| 2.2 实验材料及仪器 |
| 2.2.1 玉米材料 |
| 2.2.2 试剂及溶液配方 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 玉米突变体skm的遗传分析 |
| 2.3.2 玉米突变体skm的表型鉴定 |
| 2.3.3 突变体skm初步定位 |
| 2.3.4 MBS精细定位 |
| 2.3.5 PARMS精细定位 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 玉米突变体skm的遗传分析 |
| 3.2 玉米突变体skm的表型鉴定 |
| 3.2.1 skm表型观察及统计分析 |
| 3.2.2 突变体skm粉质胚乳表型观察 |
| 3.2.3 skm突变基因对籽粒组成成分的影响分析 |
| 3.3 突变体skm的初步定位 |
| 3.3.1 筛选多态性标记 |
| 3.4 MBS精细定位结果分析 |
| 3.5 PARMS精细定位结果分析 |
| 3.5.1 分子标记引物设计 |
| 3.5.2 精细定位缩小区段 |
| 3.5.3 候选基因的预测及分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 skm表型及籽粒成分分析讨论 |
| 4.2 skm目的基因定位分析讨论 |
| 4.3 skm候选基因分析讨论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（9）小麦及其近缘物种串联重复序列的全基因组发掘与染色体区段鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 麦类植物串联重复序列研究进展 |
| 1.1.1 微卫星 |
| 1.1.2 小卫星 |
| 1.1.3 卫星DNA |
| 1.1.4 串联重复序列的FISH杂交模式 |
| 1.1.5 串联重复序列的获取 |
| 1.2 小麦及其近缘物种基因组测序研究进展 |
| 1.3 小麦及其近缘物种染色体鉴定技术研究 |
| 1.3.1 GISH |
| 1.3.2 FISH |
| 1.4 本文的主要研究内容及结构安排 |
| 第二章 全基因组BLAST结果可视化网络服务 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 ND-FISH |
| 2.2.3 相关性分析 |
| 2.2.4 数据收集 |
| 2.2.5 B2DSC服务的设计与实现 |
| 2.3 B2DSC服务的使用 |
| 2.3.1 用户界面及使用简介 |
| 2.3.2 B2DSC主页 |
| 2.3.3 B2DSC任务页 |
| 2.4 已知寡核苷酸探针的B2DSC物理定位和FISH验证 |
| 2.4.1 小麦着丝粒特异探针 |
| 2.4.2 Oligo-pSc119.2-1在小麦中国春中FISH信号的物理定位 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第三章 小麦及其近缘物种串联重复序列的全基因组发掘 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料与数据来源 |
| 3.2.2 ND-FISH |
| 3.2.3 参考基因组中TR的发掘 |
| 3.2.4 基因组非冗余TR的获取 |
| 3.2.5 相关性分析与多重比较分析 |
| 3.2.6 高度串联TR的聚类分析 |
| 3.2.7 全基因组TR的聚类分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 非冗余TR预测 |
| 3.3.2 小麦中各类TR的基因组分布 |
| 3.3.3 小麦中的高度串联TR阵列 |
| 3.3.4 小麦中新高度串联TR阵列代表性寡核苷酸探针的预测 |
| 3.3.5 小麦全基因组TR聚类分析 |
| 3.3.6 小麦近缘物种全基因组TR聚类分析 |
| 3.3.7 小麦寡核苷酸探针物理图谱集合的构建 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 基因组学与细胞遗传学结合起来分析TR |
| 3.4.2 小麦TR的全基因组聚类 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 小麦中TR与基因和miRNA的关系初探 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 数据来源 |
| 4.2.2 TR与miRNA |
| 4.2.3 系统发育分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 小麦中基因周围的TR分布 |
| 4.3.2 TSS上下游50bp存在(AG)n的小麦HC基因的分布与表达 |
| 4.3.3 小麦中距离44类高度串联TR较近的基因的表达 |
| 4.3.4 TR插入对类萌发素蛋白基因表达的影响 |
| 4.3.5 小麦中的TR与miRNA |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 小卫星Ta-3A1 的分布与进化 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 数据来源 |
| 5.2.2 实验材料 |
| 5.2.3 ND-FISH |
| 5.2.4 Ta-3A1单体序列多态性分析 |
| 5.2.5 热图绘制 |
| 5.2.6 Ta-3A1单体系统发育分析 |
| 5.2.7 序列logo图绘制 |
| 5.2.8 共线性作图 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 Ta-3A1是小麦基因组中最为富集的一类TR |
| 5.3.2 不同染色体区域Ta-3A1单体序列分析 |
| 5.3.3 Ta-3A1用于FISH分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 本章小结 |
| 第六章 新寡核苷酸探针在染色体区段鉴定中的应用 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 ND-FISH |
| 6.2.3 90K SNP分析 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 小麦-偃麦草导入系Z4易位断裂位点的精细鉴定 |
| 6.3.2 多重易位系Amigo染色体的多色原位杂交鉴定 |
| 6.3.3 小麦新品种“川麦62”易位断裂位点的鉴定 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 本章小结 |
| 第七章 总结与展望 |
| 7.1 全文总结 |
| 7.2 后续工作展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附表 |
| 第二章 |
| 第三章 |
| 第四章 |
| 附图 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 |
（10）一套籼粳交衍生重组自交系株高QTL定位及基因—环境互作的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 引言 |
| 1.1 籼-粳亚种间杂交育种的研究历程 |
| 1.1.1 籼-粳起源与分化 |
| 1.1.2 籼-粳属性鉴定方法 |
| 1.1.3 籼-粳杂交应用难点与相关研究进展 |
| 1.2 水稻株高分子机理与遗传基础研究进展 |
| 1.2.1 赤霉素(GA)通路与相关基因的克隆 |
| 1.2.2 油菜素内酯(BR)通路与相关基因的克隆 |
| 1.2.3 独脚金内酯(SL)通路与相关基因的克隆 |
| 1.2.4 其它途径基因与激素间互作网络 |
| 1.3 QTL定位理论与相关技术发展沿革 |
| 1.3.1 QTL定位与基因克隆技术发展阶段 |
| 1.3.2 分子标记法定位QTL技术流程与发展 |
| 1.3.3 基因/QTL互作与环境效应分析 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 籼-粳亲本及其衍生系的培育 |
| 2.2 亲本遗传距离与杂种优势鉴定方法 |
| 2.2.1 籼粳指数鉴定方法 |
| 2.2.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)实验步骤 |
| 2.2.3 杂种优势计算方法 |
| 2.3 株高表型调查与数据处理 |
| 2.3.1 株高调查方法 |
| 2.3.2 数据处理方法 |
| 2.4 样本采集与全基因组DNA的提取 |
| 2.5 亲本及重组自交系基因组重测序 |
| 2.5.1 测序公司及基本参数 |
| 2.5.2 测序及数据分析方法 |
| 2.6 株高等位基因在公共数据库材料中的分布分析 |
| 2.6.1 3000份水稻基因组工程(3K RGP) |
| 2.6.2 Rice Variation Map数据库(Rice VarMap,RVM) |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 亲本籼粳指数与Fi杂种优势效应分析 |
| 3.2 产量相关性状表型数据与统计分析 |
| 3.3 测序数据及遗传图谱基本参数说明 |
| 3.4 已克隆株高基因亲本间等位基因型分析 |
| 3.5 两年两点株高性状QTL定位情况分析 |
| 3.6 株高QTL定位区间候选基因筛查 |
| 3.7 QTL互作(Q-Q)与环境效应分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 硕士在读期间发表的科研成果 |
| 致谢 |
四、水稻4号染色体长臂74.5～78.2cM区段的基因注解以及水稻两组基因frr和trs的结构与功能研究（论文参考文献）
- [1]水稻抗稻瘟病基因PID3和Pi9的防御信号传导通路研究[D]. 余敏祥. 福建农林大学, 2020(06)
- [2]玉米多亲本群体籽粒性状的遗传解析与育种应用[D]. 乔锋. 华中农业大学, 2020(01)
- [3]玉米灌浆期应答干旱的生理生化及蛋白组学研究[D]. 王萱. 河北农业大学, 2020(01)
- [4]基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘[D]. 耿雷跃. 中国农业科学院, 2020
- [5]玉米骨干亲本掖478和08-641关键区段的遗传解析[D]. 易强. 四川农业大学, 2020
- [6]普通小麦种质资源耐盐性鉴定及相关基因挖掘[D]. 余世洲. 西北农林科技大学, 2020(03)
- [7]分子标记辅助选择创建抗褐飞虱水稻新材料[D]. 毛方明. 华中农业大学, 2019(02)
- [8]玉米粒重基因的精细定位及候选基因分析[D]. 高幸幸. 济南大学, 2019(01)
- [9]小麦及其近缘物种串联重复序列的全基因组发掘与染色体区段鉴定[D]. 郎涛. 电子科技大学, 2019(01)
- [10]一套籼粳交衍生重组自交系株高QTL定位及基因—环境互作的初步研究[D]. 季文杰. 武汉大学, 2018(06)