酵母二杂交技术筛选和克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因

酵母二杂交技术筛选和克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因

一、酵母双杂交技术筛选克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因(论文文献综述)

姚泽慧[1](2019)在《牛病毒性腹泻病毒NS4B蛋白与宿主互作蛋白的筛选鉴定》文中进行了进一步梳理牛病毒性腹泻-黏膜病(Bovine viral diarrhea,BVD)是由牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)感染引起的病毒性传染病,主要感染牛,表现为呼吸系统、消化系统疾病和致死性黏膜病,对世界养牛业造成极大的危害,引起国内外学者对于BVDV致病机制研究的重视。研究表明BVDV非结构蛋白(Non-structrual protein)4B在病毒复制过程中发挥重要作用,此外NS4B还具有RNA结合活性和NTP酶活性,能够诱导膜复制,参与病毒感染细胞膜的重排过程。本研究采用酵母双杂交方法,筛选出与BVDV NS4B蛋白相互作用的宿主蛋白。PCR扩增BVDV NS4B基因,将其与pGBKT7载体连接,构建诱饵质粒pGBKT7-NS4B并转入Y2H Gold酵母感受态细胞,经验证pGBKT7-NS4B诱饵质粒无自激活活性和毒性,诱饵质粒可用于后续酵母双杂交实验。提取牛肾细胞(Madin-Darby bovine kidney cells,MDBK)RNA,经LD-PCR得到ds cDNA,将其与pGADT7-Rec载体连接构建牛肾细胞cDNA文库,文库库容约为3.4×106cfu/mL,均一化程度良好,可用于酵母双杂交筛选。将pGBKT7-NS4B诱饵质粒与MDBK cDNA文库进行双杂交,初筛得到LYZ1、PSMC4、Bak1、MKRN1、TP53BP2和CKM等6种与NS4B蛋白有相互作用的宿主蛋白。从初筛蛋白中选择Bak1蛋白构建pGADT7-Rec-Bak1猎物质粒与NS4B诱饵质粒进行点对点杂交鉴定;构建pGBKT7-Bak1诱饵质粒及pGADT7-Rec-NS4B猎物质粒进行反交鉴定,鉴定结果均为阳性,证明Bak1蛋白与BVDV NS4B蛋白存在互作。从宿主细胞文库中筛选到与BVDV NS4B蛋白互作的宿主蛋白Bak1,为细胞凋亡正调节因子,表明NS4B蛋白可能参与BVDV感染细胞后诱导凋亡的过程。这为进一步阐明BVDV在宿主细胞内感染的分子机制奠定基础。

王雅雯[2](2019)在《坦布苏病毒NS3蛋白互作宿主蛋白的筛选、验证》文中研究指明NS3蛋白是坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,TMUV)非结构蛋白中的重要成员,其包含三个结构域S7、DEXDc和HELICc,每个结构域各自分别具有丝氨酸蛋白酶,核苷酸三磷酸酶和RNA解旋酶活性,其具有多种生物学功能,参与病毒生命周期调控和宿主内抗病毒免疫反应。基于酵母双杂交系统,在本研究中,先将构建好的阳性重组质粒pGBKT7-NS3转化到酵母Y2H菌株中,证明它没有自激活能力和毒性,表明诱饵酵母菌已经准备完成,可以进行后续的筛选工作。将复苏后的鸭胚成纤维细胞cDNA文库的猎物酵母菌株与诱饵酵母菌株进行杂交混合培养,得到诱饵与猎物质粒共同存在的杂合二倍体酵母细胞。杂交后在营养缺陷型培养基上进行不同强度层次的筛选,先在低筛选强度的SD/-Trp/-Leu培养皿上进行筛选,以获得较多无表型且生长状态良好的酵母菌落,一对一进行转板,用较高筛选强度的DDO/X/A培养皿筛选出蓝色阳性克隆,再一对一转板到QDO/X/A上进行高筛选力培养,挑取阳性克隆接种到QDO/X/A重复筛选,以此得到更多、更为准确且重复性更高的阳性结果。与NCBI数据库比对,提示筛选出了七种与NS3存在潜在相互作用的宿主蛋白:MGST1,ERCC4,WIF1,WDR75,ACBD3,PRDX1和RPS7。过氧化物还原酶(PRDX1),在细胞内广泛分布并高表达,对活性氧族(ROS)高度亲和,能够调控细胞内由活性氧介导的氧化应激水平,也可协同参与许多转录因子和信号因子的还原过程,因此选择最感兴趣的PRDX1进行后续的验证。使用酵母双杂交回返试验进行体内验证,分别将NS3全长和NS3自身结构域S7、DEXDc、HELICc分组与鸭源以及人源PRDX1进行回返验证试验,回返结果证明HELICc和NS3都为阳性,且人源和鸭源PRDX1在互作结果上也均显示阳性,尽管两者氨基酸同源性上存在差异,但发挥互作的位点相似,表明可以将后续研究转到HEK293细胞中进行。运用激光共聚焦显微镜定位PRDX1和HELICc蛋白,显示在胞浆内存在部分区域的共定位,进一步说明具有互作结合的可能性。借助GST pull-down技术采取进一步的体外互作验证,最终结果表明PRDX1确实与NS3的HELICc结构域发生互作。TMUV NS3的HELICc结构域涉及病毒复制中的RNA解螺旋过程,在此阶段,它需要线粒体加速合成ATP以提供大量能量,同时,其产生的大量代谢副产物游离分布在细胞胞浆内,特别是ROS,过量的ROS导致细胞内稳态失衡,从而激活ASK1来介导P38/MAPK途径诱发细胞凋亡。可以推测,HELICc结构域是否能够通过结合配偶体PRDX1来降低ROS水平,从而缓解细胞内的氧化应激水平,使病毒可以逃避宿主免疫反应。实验结果表明,HELICc蛋白在HEK293细胞内的过表达能够上调PRDX1转录水平,并下调相关通路中P38的转录水平;过表达PRDX1使P38磷酸化降低,抑制P38/MAPK通路,最终减缓细胞凋亡的发生,逃避体内抗病毒免疫反应。本研究为坦布苏病毒感染后机体相关免疫逃逸机制的探索提供了初步理论依据

张坤[3](2017)在《大麦条纹花叶病毒γb蛋白在病毒复制和运动中的新功能解析》文中研究指明病毒的基因组相对较小,蛋白编码能力有限,而病毒的侵染、复制、移动、致病等过程均需要一种或者几种病毒蛋白的直接参与。在寄主与病毒长期地共进化过程中,病毒蛋白逐渐进化出同时具有多种功能的特性,并参与病毒侵染循环的不同过程。大麦条纹花叶病毒(Barley stripe mosaic virus,BSMV)是一种ss(+)RNA病毒,基因组由α、β和γ3条RNA链组成。RNAα编码的αa蛋白具有解旋酶(HEL)和甲基转移酶(MET)结构域,是病毒的复制酶大亚基;RNAβ编码病毒的外壳蛋白CP和病毒的运动相关蛋白TGBs,RNAy编码的γa具有保守的GDD基序,是病毒的复制酶小亚基。γb是一个分子量为17 kDa的富含半胱氨酸的蛋白,具有致病决定因子、种传相关因子、本生烟上的系统运动决定因子和基因沉默抑制子等多种功能,但其与BSMV其它蛋白间的相互作用并协同调控病毒的复制和运动的研究尚未见报道。前人的研究表明,在BSMV侵染的条件下γb蛋白主要定位于细胞质中,部份能特异性的定位于叶绿体上,但是关于其叶绿体定位的生物学功能却是未知的。为此,利用瞬时表达、Pumilio为基础的ssRNA可视化定位系统、dsRNA可视化定位系统等,在激光共聚焦显微镜(CLSM)下观察到病毒的复制酶αa和γa、病毒的(+)RNA、复制过程中产生的(-)RNA及dsRNA复制中间体均能定位于叶绿体,通过实验证据明确了叶绿体是BSMV的主要复制位点。通过酵母双杂交(Y2H)、双分子荧光互补(BiFC)及免疫共沉淀(Co-IP)等技术,首次证明γb蛋白与复制酶αa在体内直接互作,yb被αa招募至病毒的复制位点,互作的关键区域分别为yb蛋白的coiled-coil区(aa 86-127)和复制酶αa的甲基转移酶结构域(aa 1-834)。通过分析γb蛋白缺失或者突变后病毒的复制积累量,以及顺式或反式表达番茄丛矮病毒(TBSV)抑制子p19均不能回补由于γb蛋白的缺失或者突变造成的BSMV复制缺陷等实验,首次发现γb蛋白具有促进病毒复制的新功能,且该功能与其基因沉默抑制子的活性关系不大;通过体外dsRNA解旋酶活性等实验证明γb蛋白促进复制酶αa的解旋酶活性,且该促进作用完全依赖于其ssRNA结合活性。γb蛋白通过与复制酶αa直接互作被招募至BSMV主要复制场所叶绿体、以及作为解旋酶增强子促进病毒复制这些新功能的发现增加了我们对病毒编码的基因沉默抑制子多功能性的进一步认识。作为在本生烟上的系统运动决定因子,γb蛋白参与BSMV运动的具体形式及其调控机制并不清楚。通过分析缺失γb蛋白的BSMV突变体在本生烟和大麦上的运动效率及其致病性,证明了BSMV在不同的寄主植物的运动中对于γb蛋白的需求是不同的,即双子叶植物本生烟需要γb参与,而单子叶植物大麦上却不需要,这可能与植物的维管束组织存在差异有关;利用Y2H及BiFC证明了 γb蛋白与病毒的运动蛋白TGB2发生互作;Co-IP实验证明了 γb蛋白是病毒核糖核蛋白(Ribonucleoprotein,RNP)运动复合物的组分;最后,通过CLSM观察发现,缺失γb蛋白的病毒突变体在本生烟上表现出胞间运动受阻的现象。这些实验初步证明了 γb蛋白能与运动蛋白TGB2于微丝或内质网上互作,并可能作为病毒RNP运动复合物的组分来促进BSMV的胞间运动。γb蛋白促进BSMV复制和运动新功能的发现有助于我们深刻理解病毒编码的基因沉默抑制子和富含半胱氨酸的小病毒蛋白的多功能性。

胡传翠,张锦前,王琦,李国力,成军,李朝品[4](2009)在《酵母双杂交技术筛选人胰腺细胞中HCV 1b NS3结合蛋白基因》文中指出目的:应用酵母双杂交技术筛选人胰腺cDNA文库中与HCV1b亚型非结构蛋白NS3相互作用的结合蛋白的编码基因,为进一步研究HCV影响糖、脂代谢机制奠定实验基础.方法:扩增人胰腺cDNA文库并纯化鉴定,纯化后的文库质粒转化酵母菌Y187;构建诱饵质粒PGBKT7-NS3并转化酵母菌AH109,在色氨酸缺陷型培养基(SD/-Trp)上筛选阳性菌落.应用酵母双杂交系统3将阳性重组AH109菌株与重组酵母菌株Y187进行配合,在四缺培养基(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)和铺有X-α-gal的四缺培养基上进行筛选,提取蓝色酵母菌落质粒,电转化大肠埃希菌DH5α后提取质粒测序,对测序结果进行序列比对和分析.结果:成功构建人胰腺cDNA文库和pGBKT7-NS3重组质粒;将pGBKT7-NS3质粒转化AH109酵母菌株后,并从人胰腺cDNA文库中筛选出11种与HCVNS3蛋白相结合的蛋白基因.结论:筛选出的与HCVNS3蛋白结合的胰腺蛋白基因中,部分与2型糖尿病、肝脏脂肪变性密切相关.

程勇前[5](2007)在《丙型肝炎病毒NS4A与钙离子信号调节亲环素配体相互作用的研究》文中提出目的:探讨丙型肝炎病毒非结构蛋白4A(HCV NS4A)与钙离子信号调节亲环素配体(CAML)的相互作用、作用位点及相互作用后对细胞基因表达的影响。方法:应用酵母双杂交技术筛选人白细胞文库中与HCV NS4A相互作用的蛋白。对克隆重复率较高的CAML基因进行克隆,并构建其酵母表达载体,在酵母细胞中与HCV NS4A进行回交验证之后,构建HCV NS4A(pCMV/Myc-NS4A)及CAML(pcDNA3.1/His-A-CAML)的真核表达载体,共转染293细胞,进行免疫共沉淀验证实验。构建CAML不同剪接体及缺失突变体的酵母表达载体,转染入酵母Y187,分别在酵母细胞中与转染了HCV NS4A酵母表达载体(pGBKT7-NS4A)的AH109进行配合,寻找HCV NS4A与CAML相互作用的具体位点。将HCV NS4A真核表达载体转染入稳定转染CAML的293细胞,利用基因芯片技术检测二者相互作用后对细胞基因表达的影响。结果:筛选出在铺有X-α-gal的四缺培养基上能够生长并变成蓝色的真阳性菌落45个,其中包括29个CAML。对CAML基因成功克隆,在酵母细胞中回交验证了HCV NS4A与CAML的相互作用。构建了HCV NS4A及CAML的真核细胞表达载体,并利用免疫共沉淀技术在293细胞中验证了两者的相互作用。包含CAML蛋白氨基末端1~57位氨基酸的CAML不同缺失突变体及剪接体的酵母表达载体转染入酵母Y187后,均可以与转染pGBKT7-NS4A的AH109成功配合。基因芯片筛选结果提示转染HCV NS4A后的稳定转染了CAML基因的293细胞中共有48种基因的表达水平上调,36种基因的表达水平下调,其中与Rho蛋白信号转导相关基因6种。结论:在293细胞中HCV NS4A与CAML存在相互作用,其相互结合的位点位于CAML蛋白亲水的氨基末端1~57位氨基酸。二者相互作用可以使细胞内的一系列基因表达发生改变,其中包括与细胞凋亡相关的Rho蛋白信号转导相关基因。HCV NS4A可能通过与CAML相互作用对Rho GTPases信号通路活性产生影响,赋予细胞对凋亡的抵抗,并可能由此而参与丙型肝炎病毒感染慢性化的机制。

韩莉[6](2007)在《酵母双杂交技术筛选与NS3TP2蛋白结合的肝细胞蛋白编码基因》文中研究表明一、背景和目的丙型肝炎病毒(HCV)属黄病毒科,可引起慢性肝炎、肝硬化及肝癌,目前世界上有1.7亿人感染,治疗上只有干扰素和利巴韦林,而且疗效有限。对于HCV分子生物学机制的阐明是进行抗病毒治疗和最终战胜丙型肝炎及相关疾病的重要前提。HCV基因组转录翻译为一条多肽前体,然后在信号肽酶和蛋白酶的作用下裂解为10个蛋白,包括Core、E1、E2、P7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A、NS5B。其中编码631个氨基酸、大小约70KD的非结构蛋白NS3是一种多功能蛋白质,具有丝氨酸蛋白酶、三磷酸核苷酸酶(NTPase)和RNA解旋酶(helicase)的功能,在HCV复制及表达产物多聚蛋白的裂解加工上起重要作用。研究表明,HCV NS3蛋白还可能通过反式激活作用调控细胞内多种病毒及细胞基因的转录,在HCV致病(癌)过程中起着重要的作用。党晓燕等利用抑制性消减杂交技术(suppression substractive hybridization)、及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆了NS3蛋白反式激活的靶基因,发现它上调的基因中除了一些已知功能的基因外还包括一些未知功能的基因。其中之一命名为NS3TP2(HCV NS3-transactivated protein 2),利用生物信息学技术确定其ORF,并对其进行克隆化研究,顺利得到了NS3TP2的基因编码序列,在GenBank中注册,注册号为AY116970。为了进一步研究NS3TP2的生物学功能我们在酵母细胞中表达了该蛋白,并利用酵母双杂交技术在肝细胞cDNA文库中筛选与其作用的蛋白质基因,以期为HCV NS3蛋白在HCV致病机制中的作用的研究提供新的线索。二、研究方法:应用酵母双杂交系统3,将多聚酶链反应(PCR)法扩增的NS3TP2基因连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化单倍体酵母细胞AH109并在其内表达,提取酵母蛋白质,进行十二烷基磺钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和Western免疫印迹分析然后与转化了人肝细胞文库质粒pACT2的单倍体酵母细胞Y187进行配合,在涂有X-α-半乳糖(X-α-gal)的营养缺陷型培养基(SD/-Trp-Leu-His-Ade)上进行双重筛选生长,提取阳性酵母克隆的质粒,转化大肠杆菌提取质粒DNA,然后将此阳性文库质粒与诱饵质粒进行回交实验进一步筛选后测序,测序结果在GenBank中进行生物信息学分析。三、结果:成功构建NS3TP2蛋白基因酵母表达载体,Western免疫印迹显示了NS3TP2蛋白在酵母细胞中表达。表达产物在胞内存在,分子量68 000 kd左右。经过回交实验后筛选出与NS3TP2结合的蛋白基因6种,其中包括空泡蛋白13同系物A(VSP13A)、脂酰辅酶A合成酶长链家族成员5(ACSL5)、线粒体基因、脂酰辅酶A结合蛋白(r-氨基丁酸受体调节因子,苯甲二氮卓结合抑制因子)、真核翻译延伸因子alpha 1、环指蛋白130。四、结论:1.成功构建了pGBKT7-NS3TP2酵母表达质粒。2.首次在酵母细胞中成功表达了pGBKT7-NS3TP2融合蛋白。3.利用酵母双杂交技术成功筛选出了在肝细胞中与HCVNS3TP2蛋白相互作用的蛋白质基因。一类是与蛋白质代谢相关的基因:空泡蛋白13同系物A、环指蛋白130、真核翻译延伸因子alpha 1。一类是与脂肪代谢相关的基因:脂酰辅酶A合成酶长链家族成员5(ACSL5)和脂酰辅酶A结合蛋白(ACBP)。4.NS3TP2作为HCV NS3反式激活的蛋白质在肝细胞的蛋白质代谢及脂肪代谢中扮演了一定的角色,尤其是在脂类代谢中,它可能介导了NS3对HCV感染的肝细胞脂类代谢的影响,在HCV感染患者脂肪肝的发生上起了一定的作用,为NS3TP2的生物学功能及HCV NS3致病机制的研究提供了新的线索。

周军[7](2007)在《酵母双杂交筛选与HCV F蛋白相互作用的基因及F蛋白的表达的研究》文中研究表明人类于1989年成功分离得到丙型肝炎病毒(HCV),HCV以其高传染性和对肝组织严重的破坏性引起了各国科学工作者的广泛关注。在他们的共同努力下,人类对HCV的生活史和基因表达产物有了比较全面的认识,为进一步揭示HCV病理学过程,寻找治疗方法和研发新药奠定了坚实的基础。然而,HCV的秘密并没有完全呈现在人们面前。2001年美国南加州大学的研究小组报道:新发现位于HCV核基因区内有一个16-17kd的F蛋白,编码该蛋白的基因与HCV核基因序列有部分重叠。该蛋白是由于核糖体移码突变产生的,并且广泛存在于HCV的多个亚型。F蛋白的确切功能尚不清楚,但有报道显示F蛋白可以下调p21的转录活性,F蛋白对人类认识HCV以及最终攻克HCV具有潜在的重要意义。HCV的F蛋白是HCV核基因(core gene)移码突变的产物。本研究采用酵母双杂交技术,筛选与F蛋白相互作用的蛋白基因,间接推测F蛋白可能具有的生物学功能。通过构建F蛋白诱饵质粒,转化酵母AH109后,与含肝脏cDNA文库质粒的酵母SFY526进行配合,在涂有X-α-gal营养缺陷型培养基(SD/-Trp-Leu-His-Ade)上筛选生长。挑选蓝色克隆提取其质粒,电转化大肠杆菌Top10后,取大肠杆菌阳性克隆进行测序,并在Gene Bank比对分析。得到5个与F蛋白特异性相互作用的基因克隆:APOH,C8B,HP,RBP4,EEF2。此外,为了了解F蛋白的表达情况,将F蛋白分别在大肠杆菌表达菌株BL21和人T293细胞进行了原核和真核表达,来初步了解F蛋白的表达情况。通过对F蛋白的基因及蛋白序列进行生物信息学分析,对其抗原表位和可能具有的二级结构进行了预测,为F蛋白进一步研究进行了有意义的探索。

陈琳[8](2006)在《丙型肝炎病毒非结构蛋白2反式调节基因NS2TP启动子结合蛋白的研究》文中研究表明丙型肝炎病毒(HCV)是引起慢性肝炎、肝硬化及肝癌的重要病原,近年来临床发现丙型肝炎的慢性化程度较其他各型病毒性肝炎更为严重。HCV表达十种蛋白质的多肽:C、E1、E2、P7、NS2、NS3、NS4a、NS4b、NS5a、NS5b,目前还发现核心蛋白C的编码基因通过移框从而编码一种新的17KD的F蛋白,这些蛋白在病毒的复制和繁殖中各有不同的功能,但有些具体功能还不清楚。 其非结构蛋白基因NS2编码的NS2蛋白具有基质金属蛋白酶活性,通过抑制细胞凋亡及抑制肝脏和非肝特异性的启动子及增强子而使病毒持续感染,本课题组张黎颖等研究HCV NS2发现其可上调下调多种肝细胞蛋白,在肿瘤的发生发展中具有重要意义,可能是丙型肝炎发生发展的分子生物学机制之一。NS2TP是本课题组在国内首次发现的具有CHCH(螺旋—卷曲)结构域的新蛋白家族成员,HCV NS2可下调其在HepG2细胞中表达水平,与细胞内外源性脂肪代谢密切相关,推测其在HCV相关肝脂肪变中有重要作用。本课题组在完成NS2TP克隆化和蛋白表达的基础上,已用酵母双杂交完成其结合蛋白的筛选,发现其与细胞信号转导通路当中的多种蛋白可发生作用以外,还确实验证其可与细胞色素P4502E1结合,在免疫调节中具有不可忽视的作用。且经过现代生物信息学技术的分析,NS2TP为分泌型蛋白,定位于胞外,易与各种药物相互作用而可作为药品或药靶。 应用噬菌体展示技术,以NS2TP启动子DNA片段作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行4轮“吸附-洗脱-扩增”富集过程,噬斑裂解液PCR扩增后,进行DNA序列分析和同源性生物信息学搜索。噬菌体经富集后,筛选出30个阳性克隆,成功构建了克隆载体。序列测定后经过同源性搜索,确定了和NS2TP启动子特异结合的肝细胞蛋白,共编码6种已知蛋白。用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到NS2TP启动子DNA结合蛋白,分析了这些蛋白的功能,为研究NS2TP的转录调节机制,系统阐述HCV NS2的致病机制提供依据。

刘妍[9](2005)在《丙型肝炎病毒非结构蛋白4A、4B与肝细胞相互作用的机制研究》文中进行了进一步梳理丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)感染不仅引起急、慢性病毒性肝炎,而且与肝纤维化和肝细胞癌的发生发展进程密切相关。病毒感染肝细胞后,病毒的核酸、蛋白与肝细胞的核酸、蛋白等生物大分子之间的相互作用是病毒致病的主要分子机制之一。HCV基因组长约9.6kb,含有一个长的开放阅读框架(ORF),编码一个约3010~3033个氨基酸残基(aa)的多蛋白前体,经宿主细胞信号肽酶和病毒蛋白酶加工成至少十种结构蛋白和非结构蛋白,C、E1、E2、p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A、NS5B。目前还发现核心蛋白C的编码基因通过移框从而编码一种新的17kD的F蛋白,这些蛋白在病毒的复制和繁殖中各有不同的功能,但某些具体机制尚不清楚。本研究以两个非结构蛋白NS4A、NS4B为研究对象,旨在探讨HCV NS4A和NS4B蛋白对肝细胞基因表达谱的调节及与肝细胞蛋白之间的相互作用,对于了解HCV NS4A、NS4B蛋白的致病机制及寻找有效防治HCV的方法具有重要意义。 为研究NS4A、NS4B蛋白的反式激活功能,我们构建了NS4A、NS4B的真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS4A和pcDNA3.1(-)-NS4B,分别将其与氯霉素乙酰转移酶报告基因表达质粒pCAT3-Promoter(含有SV40早期启动子)共转染人肝癌细胞系HepG2,用酶联免疫吸附法(ELISA)检测细胞中氯霉素乙酰转移酶(CAT)基因的表达活性;以表达质粒pcDNA3.1(-)-NS4A和pcDNA3.1(-)-NS4B转染HepG2细胞,空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,应用抑制性消减杂交技术(suppression subtractive hybridization, SSH),构建HCV NS4A、NS4B反式激活相关基因差异表达的cDNA消减文库,对筛选的克隆进行测序及同源性分析。结果发现,NS4A、NS4B能够反式激活SV40启动子的转录活性,进而促使其调控的下游CAT基因表达增强,NS4B的反式激活作用强于NS4A。消减杂交分析显示,NS4A、NS4B能够上调肝细胞中多种基因的表达,包括与细胞生长调节、细胞内信号转导、蛋白质翻译合成、肿瘤发生及物质代谢密切相关的蛋白编码基因;此外,我们还筛选到两个新基因,分别命名为NS4A反式激活

邵清,成军,白雪帆,王琳,张健,卢成哲,梁耀东,刘敏,李强[10](2004)在《酵母双杂交筛选白细胞中新基因NS3TP6结合蛋白基因》文中研究表明目的:用酵母双杂交技术筛选白细胞中与丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)反式调节靶基因编码产物NS3TP6 蛋白结合蛋白的基因. 方法:用多聚酶链反应(PCR)法扩增HCV NS3TP6蛋白基因,连接入酵母表达载体pGBKT-7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人白细胞文库质粒的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基上进行双重筛选阳性菌落,增菌后提取质粒,转化入大肠杆菌,提取质粒并测序,进行生物信息学分析. 结果:成功克隆出HCV NS3TP6蛋白基因并在酵母细胞中表达,配合后选出在四缺(SD/-Trp-Leu-Ade-His)培养基和铺有X-α-半乳糖(X-α-gal)的四缺培养基上均能生长并变成蓝色的真阳性菌落共7个,其中3个人类白细胞CD14抗原,1个人类免疫球蛋白入轻链,3个人类推定蛋白基因(AC124014,AC097504,AC023785). 结论:成功克隆出NS3TP6蛋白的结合蛋白,为进一步研究HCV的作用提供了新线索.

二、酵母双杂交技术筛选克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、酵母双杂交技术筛选克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因(论文提纲范文)

(1)牛病毒性腹泻病毒NS4B蛋白与宿主互作蛋白的筛选鉴定(论文提纲范文)

摘要
abstract
前言
第一篇 文献综述
    第一章 BVDV概述
        1.1 BVDV概述
        1.2 非结构蛋白
    第二章 酵母双杂交概述
        1.1 酵母双杂交筛选互作蛋白的原理
        1.2 酵母双杂交的优点
        1.3 酵母双杂交存在的局限性
        1.4 酵母双杂交的应用
        1.5 酵母双杂交的衍生
第二篇 研究内容
    第一章 诱饵质粒p GBKT7-NS4B的构建与鉴定
        1.1 材料与方法
        1.2 结果
        1.3 讨论
        1.4 小结
    第二章 猎物质粒pGADT7-Rec-cDNA及 cDNA文库构建
        2.1 材料与方法
        2.2 结果
        2.3 讨论
        2.4 小结
    第三章 BVDV NS4B与宿主互作蛋白的筛选及鉴定
        3.1 材料与方法
        3.2 结果
        3.3 讨论
        3.4 小结
结论
参考文献
作者简介
致谢

(2)坦布苏病毒NS3蛋白互作宿主蛋白的筛选、验证(论文提纲范文)

符号说明
中文摘要
ABSTRACT
1 前言
    1.1 坦布苏病毒感染研究进展
        1.1.1 坦布苏病毒病原学研究
        1.1.2 坦布苏病毒感染流行病学研究
        1.1.3 坦布苏病毒感染临床症状及病理变化
        1.1.4 坦布苏病毒感染防治措施
    1.2 蛋白质相互作用技术简介
        1.2.1 蛋白互作的研究意义
        1.2.2 酵母双杂交技术研究蛋白互作
        1.2.4 激光共聚焦技术在蛋白定位中的应用
        1.2.5 GST pull-down技术在蛋白互作中的应用
    1.3 本研究的目的及意义
2 材料与方法
    2.1 材料
        2.1.1 毒株、菌株、载体及细胞
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要溶液的配制
        2.1.4 主要仪器设备
    2.2 方法
        2.2.1 酵母双杂交系统互作宿主蛋白的筛选
        2.2.2 酵母双杂交回返验证
        2.2.3 GST pull-down互作体外验证
        2.2.4 激光共聚焦互作蛋白共定位
        2.2.5 荧光定量PCR和 Western blot分析P38/MAPK信号通路
3 结果
    3.1 酵母双杂交试验
        3.1.1 TMUV NS3 目的基因扩增结果
        3.1.2 诱饵质粒p GBKT7-NS3 双酶切验证结果
        3.1.3 诱饵质粒转化Y2H酵母感受态细胞结果
        3.1.4 诱饵蛋白NS3 毒性及自激活检测结果
        3.1.5 鸭胚成纤维细胞cDNA文库滴度测定结果
        3.1.6 诱饵酵母菌株与cDNA文库酵母菌株融合培养结果
        3.1.7 杂交效率计算结果
        3.1.8 阳性质粒的鉴定和分析结果
    3.2 酵母双杂交回返体内验证试验
        3.2.1 鸭源和人源PRDX1 基因扩增结果
        3.2.2 猎物质粒p GADT7-PRDX1 的双酶切鉴定结果
        3.2.3 TMUV NS3 结构域S7/DEXDc/HELICc基因扩增结果
        3.2.4 结构域诱饵质粒pGBKT7-S7/DEXDc/HELICc酶切鉴定结果
        3.2.5 猎物与诱饵质粒共转Y2H酵母回返验证结果
    3.3 GST pull-down体外验证试验
        3.3.1 NS3 结构域HELICc基因扩增结果
        3.3.2 GST标签原核表达载体pGEX-6p-1-HELICc酶切鉴定结果
        3.3.3 GST标签融合蛋白HELICc原核表达及Westen blot验证结果
        3.3.4 鸭源PRDX1 基因扩增结果
        3.3.5 GFP标签真核表达载体pEGFP-Duck PRDX1 酶切鉴定结果
        3.3.6 GFP标签融合蛋白真核表达及Western blot验证结果
        3.3.7 GST pull-down体外验证HELICc和 PRDX1 互作结果
    3.4 HELICc和 PRDX1 激光共聚焦定位试验
        3.4.1 HELICc基因扩增结果
        3.4.2 HA标签真核表达载体pCAGGS-HELICc酶切鉴定结果
        3.4.3 HA标签融合蛋白真核表达及Western blot验证结果
        3.4.4 HELICc和 PRDX1 激光共聚焦定位结果
    3.5 信号通路P38/MAPK荧光定量PCR检测
    3.6 信号通路中P38 蛋白磷酸化水平检测
4 讨论
5 结论
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表论文情况

(3)大麦条纹花叶病毒γb蛋白在病毒复制和运动中的新功能解析(论文提纲范文)

摘要
Abstract
缩略词表
第一章 文献综述
    1.1 病毒编码蛋白的相互作用及其多功能性
    1.2 正义单链RNA病毒的复制及其调控
    1.3 大麦条纹花叶病毒的研究概述
    1.4 本论文研究的目的及意义
第二章 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 试剂配制
    2.3 实验方法
第三章 多功能蛋白γb在BSMV复制中的新功能解析
    3.1 叶绿体是BSMV的主要复制场所
    3.2 γb蛋白能定位于BSMV的复制场所
    3.3 γb蛋白与BSMV的复制酶αa直接互作
    3.4 γb与αa蛋白互作的关键区域
    3.5 γb蛋白的抑制子功能对BSMV复制的影响有限
    3.6 γb蛋白显着的影响BSMV RNAα的复制水平
    3.7 γb蛋白通过直接增强αa解旋酶活性来促进BSMV的复制
    3.8 γb蛋白促进BSMV复制的工作模型
    3.9 小结与讨论
第四章多功能蛋白γb在BSMV运动中的新功能解析
    4.1 γb蛋白对于BSMV在本生烟上的系统运动是必需的
    4.2 γb蛋白对于BSMV在大麦上的系统运动不是必需的
    4.3 γb蛋白与TGB2蛋白直接互作
    4.4 γb蛋白是BSMV的RNP复合物的组分
    4.5 γb蛋白与TGB2蛋白互作区的确定
    4.6 γb蛋白的突变能减弱病毒的胞间运动
    4.7 γb蛋白组成的RNP运动复合物可能沿着微丝结构运动
    4.8 γb蛋白促进BSMV运动可能的工作模型
    4.9 小结与讨论
第五章 结论与展望
    5.1 结论
    5.2 展望
致谢
附录Ⅰ BSMV RNAβ及RNAγ-gfp转基因本生烟的培育
参考文献
附录Ⅱ 引物与质粒列表
个人简历

(4)酵母双杂交技术筛选人胰腺细胞中HCV 1b NS3结合蛋白基因(论文提纲范文)

0引言
1材料和方法
    1.1材料
    1.2方法
        1.2.1酵母胰腺cDNA文库的构建:
        1.2.2诱饵质粒的构建及鉴定:
        1.2.3诱饵与胰腺文库的酵母配合:
        1.2.4阳性质粒的分析:
2结果
    2.1酵母胰腺cDNA文库的构建
    2.2诱饵质粒的构建及鉴定
    2.3 pGBKT7-HCV
    2.4部分筛选阳性质粒的鉴定
    2.5 cDNA测序与同源性分析初步结果
3讨论

(5)丙型肝炎病毒NS4A与钙离子信号调节亲环素配体相互作用的研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
引言
第1部分 酵母双杂交技术筛选人白细胞。DNA文库中HCV N54 A结合蛋白
    1.1 前言
    1.2 实验材料
    1.3 实验方法
        1.3.1 诱饵质粒在酵母菌株 AH109中的表达
        1.3.2 诱饵与白细胞文库的酵母配合
        1.3.3 配合效率分析
        1.3.4 阳性克隆的蓝白筛选
        1.3.5 提敢酵母质粒
        1.3.6 酵母质粒 PCR
        1.3.7 酵母质粒转化大肠杆菌 DH5a及酶切鉴定
        1.3.8 根据测序结果,在 Gen Bank中进行比对分析
    1.4 实验结果
        1.4.1 pG召KT7一N54A在酵母菌株 AH109中表达
        1.4.2 配合效率分析
        1.4.3 在四缺仪一a一gal培养基上生长的真阳性菌落
        1.4.4 筛选克隆PCR扩增鉴定结果
        1.4.5 筛选克隆Bgln酶切鉴定结果
        1.4.6 cDNA测序与同源性分析结果
    1.5 讨论
第2部分 cAML塞因及其不同剪接体的克隆及生物信息学分析
    2.1 前言
    2.2 实验材料
    2.3 实验方法
        2.3.1 cAML基因克隆
        2.3.2 CAML不同剪接体的克隆
        2.3 3 克隆产物生物信息学分析
    2.4 实验结果
        2.4.1 CAML基因及其不同剪接体 PCR扩增结果
        2.4.2 CAML及其不同剪接体克隆的酶切鉴定结果
        2.4.3 测序及生物信息学分析结果
    2.5 讨论
第3部分 HCV N54 A与 CAML相互作用的证实
    3.1 前言
    3.2 实验材料
    3.3 实验方法
        3.3.1 CAML基因酵母表达载体构建
        3.3.2 pGADT7一cAML转化酵母 Y187菌株
        3.3.3 回交验证实验
        3.3.4 HCVN54A及 CAML基因真核表达载体构建
        3.3.5 免疫共沉淀实验
    3.4 实验结果
        3.4.1 构建的CAML酵母表达载体
        3.4.2 回交验证实验结果
        3.4.3 构建的HCVN54A基因真核表达载体
        3.4.4 构建的CAML基因真核表达载体
        3.4.5 免疫共沉淀及westem Blotting检测结果
    3.5 讨论
第4部分 HCV N54A与 CAML相互作用位点的确定
    4.1 前言
    4.2 实验材料
    4.3 实验方法
        4.3.1 CAML基因不同剪接体酵母表达载体构建
        4.3.2 CAML基因不同缺失突变体酵母表达载体构建
        4.3.3 转化 CAML小同剪接体及缺失哭变体酵母表达载体至酵母 Y187菌株
        4.3.4 转化 HCVN54A酵母表达载体至酵母 AH109菌株
        4.3.5 配合试验
    4.4 实验结界
        4.4.1 CAML基因不同剪接体酵母表达载体酶切鉴定结果
        4.4.2 CAML基因不同缺失突变体酵母表达载体酶切鉴定结果
        4.4.3 HCY N54 A酵母表达载体酶切鉴定结果
        4.4.4 CAML基因不同剪接体与 HCV N54 A在酵母细胞中相互配合结果
        4.4.5 CAML基因不同缺失突变体与HCV N54 A在酵母细胞中相互配合结果
    4.5 讨论
第5部分 应用基由芯片技术探讨 Hcv N54 A与cAML相互作用对细胞基因表达的影响.
    5.1 前言
    5.2 实验材料
    5.3 实验方法
        5.3.1 CA向L稳定转染细胞株的筛选及建立二
        5.3.2 PCMv胭yc一N54 A转染至pe DNA3.l爪isA一CAMIJ稳定转染细胞株
        5.3.3 细胞m RNA提取
        5.3.4 探针标记及杂交
        5.3.5 检测与分析
    5.4 实验结果
        5.4.1 总 RNA及m RNA的定性、定量分析
        5.4.2 Hc女N53蛋白上调及下调表达基因
        5.4.3 与助。蛋白信号转导相关基因
    5.5 讨论
参考文献
结论
英文缩写词表
文献综述
    第1部分 酵母欢杂交系统的原理及研究进展
        1.1 酵母双杂交系统基本原理
        1.2 酵母双杂交系统的应用
        1.3 酵母双伞交系统的优点
        1.4 酵母双杂交系统的局限性
        1.5 酵母双杂交系统的进展
        1.6 参考文献
    第2部分 钙离子信号调节亲环素配体研究进展
        2.1 CAML的生物学特性
        2.2 CAML在钙离子信号转导中的作用
        2.3 目前已鉴定的CAML相互作用蛋白
        2.4 cAML对病毒感染的意义
        2.5 参考文献
博士在读期间发表论文
致谢

(6)酵母双杂交技术筛选与NS3TP2蛋白结合的肝细胞蛋白编码基因(论文提纲范文)

中文摘要
英文摘要
论文部分 酵母双杂交技术筛选与NS3TP2蛋白结合的肝细胞蛋白编码基因
    前言
    第一部分
    第二部分
    结论
    参考文献
综述部分
    综述 丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3及其反式激活基因2的研究进展
    参考文献
附录
    缩略词表
致谢

(7)酵母双杂交筛选与HCV F蛋白相互作用的基因及F蛋白的表达的研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
1 引言
    1.1 丙型肝炎病毒的概述
        1.1.1 HCV的发现
        1.1.2 HCV生活史和基因表达产物
        1.1.3 HCV编码的关键蛋白酶
        1.1.4 HCVRNA 复制的机制
    1.2 F蛋白的概述
        1.2.1 HCV基因组中开放的读码框的发现
        1.2.2 编码框ARF的概述
        1.2.3 F蛋白的发现
        1.2.4 F蛋白的表达
    1.3 酵母双杂交系统的建立与发展
        1.3.1 酵母双杂交的原理
        1.3.2 酵母双杂交的发展
        1.3.3 酵母双杂交系统的应用
    1.4 研究内容和目标
        1.4.1 研究内容
        1.4.2 研究目标
2 对F蛋白基因突变位点的修复
    2.1 材料与方法
        2.1.1 材料与试剂
        2.1.2 实验方法
        2.1.2.1 对F蛋白基因突变位点的序列分析
        2.1.2.2 PCR 点突变实验
    2.2 结果与分析
3 F基因表达载体的构建
    3.1 材料与方法
        3.1.1 材料与试剂
        3.1.2 实验方法
    3.2 结果与分析
        3.2.1 PCR 扩增F片断
        3.2.2 双酶切鉴定结果
4 酵母双杂交系统筛选与F蛋白相互作用的基因
    4.1 材料与方法
        4.1.1 材料
        4.1.2 实验方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 Western Blot 检测PGBKT7-F在酵母中的表达结果
        4.2.2 酵母双杂交的颜色反应结果
        4.2.3 PCR 鉴定筛选基因的结果
        4.2.4 测序筛选基因
5 F蛋白原核与真核诱导表达
    5.1 材料与方法
        5.1.1 材料
        5.1.2 实验方法
    5.2 结果与分析
6 F蛋白的生物信息学抗原表位分析
    6.1 材料与方法
        6.1.1 材料
        6.1.2 实验方法
    6.2 结果分析
        6.2.1 F蛋白的抗原表位结果
        6.2.2 F蛋白二级结构预测
7 结论
8 讨论
9 展望
致谢
参考文献
附录
作者简介

(8)丙型肝炎病毒非结构蛋白2反式调节基因NS2TP启动子结合蛋白的研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
注释说明清单
引言
1 研究背景
    1.1 丙型肝炎病毒非结构蛋白2反式调节靶基因(NS2TP)的研究进展
        1.1.1 非结构蛋白NS2的结构和功能
        1.1.2 非结构蛋白NS2与HCV的致病机制
        1.1.3 非结构蛋白NS2反式调节靶基因NS2TP结构和功能
    1.2 噬菌体展示技术研究进展
        1.2.1 噬菌体展示技术的基本原理
        1.2.2 噬菌体展示载体
        1.2.3 噬菌体展示技术在抗体库构建中的应用
2 HCV-NS2TP启动子报告载体的构建及转录活性的鉴定
    2.1 材料与方法
    2.2 结果
    2.3 讨论
3 噬菌体展示技术筛选HCV NS2TP启动子DNA结合蛋白
    3.1 材料与方法
    3.2 结果
    3.3 讨论
结论
参考文献
后记或致谢
作者简介及读研期间主要科研成果
发表文章

(9)丙型肝炎病毒非结构蛋白4A、4B与肝细胞相互作用的机制研究(论文提纲范文)

英文缩略语表
中文摘要
英文摘要
前言
主要仪器设备
第一部分 HCV NS4A、NS4B蛋白反式调节肝细胞基因表达谱的研究
    第一节 HCV NS4A、NS4B真核表达载体的构建及其反式激活SV40即刻早期启动子的研究
        实验材料
        实验方法
        实验结果
        讨论
    第二节 抑制性消减杂交技术筛选HCV NS4A、NS4B蛋白反式调节基因
        实验材料
        实验方法
        实验结果
        讨论
第二部分 HCV NS4A、NS4B蛋白与肝细胞蛋白之间相互作用的研究
    第一节 HCV NS4A、NS4B酵母“饵”载体的构建及在酵母细胞中表达的研究
        实验材料
        实验方法
        实验结果
        讨论
    第二节 酵母双杂交实验筛选HCV NS4A、NS4B蛋白的肝细胞结合蛋白
        实验材料
        实验方法
        实验结果
        讨论
第三部分 HCV NS4A蛋白反式激活新基因的克隆化及在细胞内表达的研究
    第一节 HCV NS4A反式激活蛋白NS4ATP1和NS4ATP2的基因克隆化及生物信息学分析
        实验材料
        实验方法
        实验结果
        讨论
    第二节 NS4ATP1和NS4ATP2在原核大肠杆菌和真核酵母细胞中表达的研究
        实验材料
        实验方法
        实验结果
        讨论
结论及展望
参考文献
致谢
文献综述
附录 在读期间发表和撰写的论文

(10)酵母双杂交筛选白细胞中新基因NS3TP6结合蛋白基因(论文提纲范文)

0 引言
1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 方法
2 结果
3 讨论

四、酵母双杂交技术筛选克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因(论文参考文献)

  • [1]牛病毒性腹泻病毒NS4B蛋白与宿主互作蛋白的筛选鉴定[D]. 姚泽慧. 吉林农业大学, 2019(04)
  • [2]坦布苏病毒NS3蛋白互作宿主蛋白的筛选、验证[D]. 王雅雯. 山东农业大学, 2019(01)
  • [3]大麦条纹花叶病毒γb蛋白在病毒复制和运动中的新功能解析[D]. 张坤. 中国农业大学, 2017(05)
  • [4]酵母双杂交技术筛选人胰腺细胞中HCV 1b NS3结合蛋白基因[J]. 胡传翠,张锦前,王琦,李国力,成军,李朝品. 世界华人消化杂志, 2009(05)
  • [5]丙型肝炎病毒NS4A与钙离子信号调节亲环素配体相互作用的研究[D]. 程勇前. 中国人民解放军军事医学科学院, 2007(04)
  • [6]酵母双杂交技术筛选与NS3TP2蛋白结合的肝细胞蛋白编码基因[D]. 韩莉. 郑州大学, 2007(04)
  • [7]酵母双杂交筛选与HCV F蛋白相互作用的基因及F蛋白的表达的研究[D]. 周军. 内蒙古农业大学, 2007(03)
  • [8]丙型肝炎病毒非结构蛋白2反式调节基因NS2TP启动子结合蛋白的研究[D]. 陈琳. 安徽理工大学, 2006(10)
  • [9]丙型肝炎病毒非结构蛋白4A、4B与肝细胞相互作用的机制研究[D]. 刘妍. 中国人民解放军军事医学科学院, 2005(06)
  • [10]酵母双杂交筛选白细胞中新基因NS3TP6结合蛋白基因[J]. 邵清,成军,白雪帆,王琳,张健,卢成哲,梁耀东,刘敏,李强. 世界华人消化杂志, 2004(07)

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酵母二杂交技术筛选和克隆丙型肝炎病毒NS3结合蛋白基因
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