一、MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用（论文文献综述）
臧帆,秦松,马丞博,李文军,林剑[1]（2020）在《藻类特有的捕光色素蛋白——藻红蛋白的结构、功能及应用》文中提出藻胆蛋白（phycobiliprotein, PBP）是红藻、蓝藻和部分隐藻中特有的捕光色素蛋白.自PBP被发现以来,科学家们对其结构、功能及应用进行了深入的研究.藻红蛋白（phycoerythrin, PE）是PBP的一种,由α,β和γ三种亚基组成.其中γ亚基具有连接和稳定的作用,使PE能够以稳定的（αβ）6γ的形式存在. PE可以共价连接藻红胆素和藻尿胆素等色基,对短波长的蓝、绿光具有较强的吸收效率,使红藻和蓝藻能够在深水弱蓝、绿光环境中高效地捕获和传递光能.高纯度的PE与生物素、单克隆抗体等蛋白结合稳定,可以作为荧光免疫等技术中的荧光探针;同时, PE具有抗氧化及抗炎活性,对阿尔茨海默病、肝肾毒、糖尿病等疾病具有一定缓解作用.本文主要对PE的结构、制备及光学活性和生物活性方面的应用进行了综述,并对PE的应用进行了展望,为我国海洋藻类的高值化加工和应用提供参考.
关月[2]（2018）在《基于聚集诱导发光特性的上转换荧光聚合物纳米粒子的合成及其在光动力治疗中的应用》文中认为光动力治疗是一种在光照下产生活性氧进行非侵入性治疗的手段,然而活性氧的扩散距离有限、寿命短,这大大限制了其生物医学中的应用。因此,把光敏剂运输到特定的位点对提高光动力治疗效果尤为重要。我们可以在光敏剂中引入线粒体靶向基团,使光敏剂在线粒体产生活性氧,引起线粒体损坏,从而导致细胞凋亡,提高光动力治疗效果。聚集诱导发光（aggregation-induced emission,AIE）是指在聚集态或固态下表现出优异的荧光发射特性,其典型特点是能够解决传统荧光分子的聚集诱导淬灭（aggregation-caused quenching,ACQ）问题,因此吸引了越来越多研究者的关注。AIE分子（AIE luminogens,AIEgens）在溶液中几乎不发光,但在聚集状态,由于分子内的旋转受限和非辐射能量耗散的抑制,使得荧光强度大大提高。近年来,AIE分子在生物成像领域发挥着至关重要的作用。同时,一些AIE分子在特定波长的光照下,能够产生活性氧,用于光动力治疗。因此,具有聚集诱导发光特性的荧光分子在荧光生物成像以及光动力治疗方面具有广阔的应用前景。在本课题中,我们合成了一种近红外激光驱动的荧光聚合物包覆的上转换纳米粒子。进一步研究表明,这种纳米粒子能够靶向线粒体,同时,在980 nm激光的照射下能够进行上转换荧光成像。随后,进一步检测到纳米粒子在黑暗中具有良好的生物相容性,但在980 nm激光激发下产生具有细胞毒性的活性氧,导致癌细胞死亡,细胞存活率只有10%。值得注意的是,该纳米粒子能够特异性地靶向线粒体,然后在特定的位置产生活性氧,引起线粒体的崩溃和细胞凋亡,并且pH响应的PEG层能够提高纳米粒子的抗蛋白吸附能力,延长其在血液中的循环时间,极大地增强了光动力治疗的效果。这种纳米粒子的AIE特性、亚细胞靶向递送特性和近红外光激发特性等优势有利于优化治疗效果,为其在生物医学领域的应用提供了新的机遇。
韩万春[3]（2017）在《人类瓣状核酸内切酶FEN1底物识别及甲基化调控的机制研究》文中进行了进一步梳理人类瓣状核酸内切酶1（Flap endonuclease 1,FEN1）属于结构特异性核酸酶,具有5’分枝核酸内切酶（FEN）,5’核酸外切酶（EXO）和缺口核酸内切酶（GEN）活性,是一类非常保守的蛋白酶。在人类细胞中,FEN1蛋白介导了基因组复制中冈崎片段的成熟,同时也参与了损伤DNA碱基切除修复途径,对于维持细胞基因组稳定性至关重要。由于FEN1具有剪切DNA的活性,因而该核酸酶在细胞中的定位、表达和活性需要被精准的调控,其功能的缺陷将造成DNA复制和修复的异常,进而导致癌症等疾病的发生。目前的研究表明,对于FEN1蛋白的调控至少包括2个层面,即其本身的底物识别机制以及蛋白质翻译后修饰（Post-translational modifications,PTMs）的调控。FEN1蛋白在体外具有比较弱的核酸外切酶活性,然而其在细胞中行使功能主要依赖于核酸内切酶活性。生化实验研究表明底物双分枝DNA（double flap DNA）是FEN1蛋白的最适底物,除了能够高效的识别5’分枝双链DNA之外,3’分枝DNA则能够大大的增强其核酸内切酶活性。关于FEN1蛋白具体的底物识别切割过程,目前主要有两种不同的观点:第一种观点认为FEN1蛋白首先识别5’分枝DNA,然后沿着单链DNA滑动至双链部分后行使酶切功能（tracking model）;另一种观点则认为在FEN1蛋白结合双链DNA之后,5’分枝DNA才进入活性中心被切割（threadingmodel）。尽管这两种模型都有一定的证据支持,但目前仍然缺乏直观的证据。另外一方面,翻译后修饰对FEN1蛋白活性的调控是目前研究的热点。细胞内FEN1蛋白具有甲基化、磷酸化、泛素化等多种PTMs类型。体内外研究表明FEN1蛋白的细胞定位和活性受其甲基化和磷酸化修饰的严格调控。192位点精氨酸的甲基化修饰能够增强FEN1蛋白与PCNA、WRN等支架蛋白的互作,为其细胞定位和招募所必须。187位点的磷酸化修饰则能够使FEN1蛋白从复制叉解离,并激活后续的多聚泛素化降解。有意思的是这两种修饰类型并非孤立,甲基化修饰极大的抑制了 FEN1蛋白的磷酸化修饰水平,但具体的机制目前仍不清楚。本论文利用分子生物学、生物化学以及结构生物学方法,研究FEN1蛋白的调控机制。通过使用野生型、活性位点突变（D181A,能够结合但不能酶切底物）和模拟持续甲基化的FEN1蛋白（R192F）,筛选不同的底物双分枝DNA进行共结晶,成功解析了人类FEN1-DNA的二元复合物的晶体结构。同时结合体外酶动力学和western blot实验,阐明了其底物识别和甲基化调控的机制。具体结果如下:1.成功表达、纯化了全长和截短的人类FEN1蛋白并得到了 FEN1-DNA复合体的晶体（1.9-2.3A）;使用分子置换法完成了结构的解析。2.分子结构显示野生型的FEN1蛋白由于并未结合底物DNA（apo结构）,其参与底物结合的蛋白质区域在晶体内为无序状态,这与已发表的FEN1蛋白结构一致。活性中心的两个催化金属镁离子分别与保守的酸性氨基酸和水分子结合,表明其为一个双金属离子催化的核酸酶。3.在活性位点突变（D181A）的FEN1-DNA复合体结构中首次观察到了完整的5’分枝DNA（pre-cleavage complex）,表明FEN1蛋白行使酶切功能首先需要识别双链DNA,为“threading”型提供了直接的结构生物学证据。同时47位点的精氨酸不仅维持了“螺旋门””（helical gateway）的稳定,还参与了 5’分枝DNA的结合。4.模拟持续甲基化（R192F）的FEN1-DNA复合体具有与野生型几乎完全相同的分子构象和活性中心（productcomplex）,表明FEN1蛋白在细胞内的甲基化并不影响其生化活性,与体外的酶动力学实验结果一致。192位点的突变使下游重要的DNA结合元件β-pin由loop区域变成了 α-螺旋,进而影响了其与磷酸激酶的互作,揭示了甲基化修饰抑制FEN1磷酸化水平的分子机制。
刘闯[4]（2017）在《合浦珠母贝基质蛋白和粘附蛋白的组学及其功能研究》文中研究指明生物矿化现象在生物学、化学、材料学、地质学、医学领域都有一定的研究。其过程涉及到无机离子和有机大分子的相互作用,需要多学科的研究。蛋白质作为参与矿化过程的重要大分子,是理解生物矿化的重要基础。以贝壳作为生物矿化的模型,对参与贝壳形成的基质蛋白进行分析,有助于更好地了解生物矿化的机理。生物粘附现象也广泛存在于自然界中,贝类通过足丝粘附在海水中的固体表面进行附着生活。因此,研究足丝粘附蛋白不仅有利于帮助阐述不同的粘附机理,也会更详尽地揭示贝类是如何通过粘附蛋白进行可逆的粘附。第一部分的研究中,首先利用蛋白质组学的方法,鉴定了72种贝壳基质蛋白;其中36种在棱柱层中,19种在珍珠层中,17种基质蛋白在珍珠层和棱柱层中都存在。通过对基质蛋白结构域的分析,推测它们除了可以控制碳酸钙的结晶过程外,也有可能参与了细胞外微环境的调控和细胞与细胞外基质之间的交流。该部分研究加深了大家对珍珠贝贝壳基质蛋白以及贝壳矿化传统模型“几丁质-丝蛋白-酸性基质蛋白”的了解。在获得贝壳基质蛋白组分后,利用异硫氰酸荧光素标记,探索它们对碳酸钙晶体生长的调控作用;并通过激光共聚焦显微镜观察体外合成碳酸钙晶体中的荧光信号。发现了棱柱层蛋白和珍珠层蛋白在晶体中拥有不同的定位和不均匀性。这种不均匀的分布模式可能与生物矿物特殊的机械性能密切相关,也对新型生物复合材料的合成有一定的启发作用。另一部分研究中,结合蛋白组学、转录组学、分子生物学和材料学,系统地研究了合浦珠母贝足丝的微观结构、无机离子组成、足丝蛋白构成及其可能的功能,揭示了无机离子和足丝蛋白对生物粘附过程的重要作用;推测Ca2+和TSP-1containing蛋白的相互作用对足丝延伸性能的发挥有显着影响。利用蛋白组学研究了合浦珠母贝足丝蛋白的种类,包括其末端以及粘附斑的蛋白构成,揭示了足丝蛋白组成的复杂性。为了研究足丝粘附蛋白是如何形成的以及它们最终形成的具有多级结构的足丝纤维,需要探索金属离子和足蛋白之间的相互作用。结果表明10mM Ca2+可诱导足蛋白和足丝蛋白在体外的自组装过程。本部分研究为理解足丝的形成机理以及足蛋白的自组装过程提供了更深层的理论基础,也为新型生物材料的研发和应用提供了新的思考方向。
陈杭[5]（2013）在《人源可溶性环氧化物水解酶与抑制剂相互作用的分子动力学模拟研究》文中研究说明蛋白质-配体相互作用几乎是生物体或细胞内一切生化过程的基础,在所有生命过程中起着重要的作用。深入地了解蛋白质与生物学相关的配体或小分子抑制剂之间的相互作用,将对分子识别和药物分子的设计产生深刻的影响。本论文应用分子对接和分子动力学模拟方法,研究了人源可溶性环氧化物水解酶结合酰胺类和脲类抑制剂的相互作用情况。（1）基于苯并恶唑的酰胺类抑制剂结合人源可溶性环氧化物水解酶的分子对接和分子动力学模拟研究。可溶性环氧化物水解酶已成为治疗人类多种疾病的新靶点。采用分子对接和分子动力学模拟相结合的方法研究了抑制剂抑制人源可溶性环氧化物水解活性的作用机理。通过分子对接、动力学模拟、结合自由能计算和能量分解等分析方法研究六个基于苯并恶唑的酰胺类抑制剂与sEH的结合特征。基于分子力学-广义波恩/面积区域计算和正则模分析结果表明计算获得的这些抑制剂结合自由能排序与实验测量的生物活性数据IC50值排序相吻合,具有很好的相关性,相关系数为0.88。在所有组成结合自由能的能量项中,范德华相互作用能对结合能的贡献最大；熵对体系结合自由能的贡献也不可忽略。通过对接和结合自由能确定了抑制剂的合理结合模式。自由能分解结果表明在所有残基中（?）rp334残基对体系的结合贡献最大,这些抑制剂的结合强度与氢键没有直接的关系,结合强度由结合口袋中多个残基共同决定,主要是范德华相互作用的结果。（2）含哌嗪环的金刚烷1,3-二取代脲类抑制剂结合人源可溶性环氧化物水解酶的分子动力学模拟研究。采用分子对接、动力学模拟、结合自由能计算和自由能分解分析研究了一系列基于金刚烷基1,3-二取代脲类抑制剂结合sEH蛋白酶的结合模式和抑制机理。根据结合亲和力分析,确定了抑制剂的最佳结合模式。结合自由能计算表明总结合自由能与实验IC50有很好的相关性,相关系数达到0.99。在结合能的各能量项中,范德华作用对结合自由能贡献最大。详细讨论了抑制剂与活性口袋上残基之间的相互作用方式和氢键的形成情况。结合自由能分解,发现在所有模拟体系中残基Asp333和残基Trp334贡献的结合自由能最大。此外,质子化残基Hip523对抑制剂的空间取向起到了决定作用。
相芬芬[6]（2012）在《βB2-晶体蛋白调控雄性小鼠生殖功能的机制研究》文中指出近年来中国内地育龄夫妇不孕不育症发病呈上升趋势。美国流行病学调查显示，育龄夫妇不孕不育患病率约为10-12%，发展中国家育龄期夫妇中约达10-15%，其中男性因素造成的不育占30%。这不仅严重困扰育龄夫妇及其家庭的和谐生活，也给国家和社会带来沉重的负担。但是，不孕不育的发生病因复杂，其发病机理目前尚不明确。因此，深入研究不孕不育的发生、发展机制，探索预防和治疗不孕不育的新途径，不仅具有重要的科学价值，而且具有潜在的临床应用前景和社会效益。本课题组实验发现βB2-晶体蛋白（Crybb2）基因敲除（Knock out，KO或Crybb2-/-）的雄性小鼠生殖能力明显下降，其影响后果远远超出了一种非生殖功能相关基因被敲除后的结果，推测βB2-晶体蛋白有可能是一种重要的、尚未被报道的生殖功能相关的调控基因。由此引出的问题是：该蛋白通过何种机制对雄性小鼠的生殖功能起到调控作用？主要的影响因素有哪些？促进βB2-晶体蛋白体内表达能否有助于改善生殖功能等，即为本课题的研究目的。晶体蛋白是哺乳动物晶状体细胞质中主要的结构蛋白，根据其在电场中的迁移能力要分为α、β、γ三大类。目前对于α晶体蛋白的特性及生物学作用机理已有较深入的研究，其中最重要一点是α晶体蛋白可以通过与错误折叠或变性的蛋白质结合发挥分子伴娘功能，从而阻止其非特异性聚集，维持晶状体的透明性；然而对β族晶体蛋白的生物学特性及其功能还所知较少，在β族晶体蛋白中，βB2-晶体蛋白含量最高，而且它的水溶性成分呈反常年龄依赖性增高，其正常结构及其水溶性成分水平对维持晶状体的高折射系数和透明至关重要。前期研究表明，βB2-晶体蛋白的结构和功能均极为特殊，除了高表达于晶状体内、对维持晶状体的透明等正常生物学特性至关重要外，在晶状体外的多个组织器官如睾丸、脑、视网膜等也存在较高水平的表达，并发挥着重要的生物学功能。新近研究表明，βB2-晶体蛋白基因突变小鼠的生殖功能发生显着下降，然而具体机制不明。本课题组在前期研究βB2-晶体蛋白在晶状体混浊发生发展中的作用及功能时，成功构建了βB2-晶体蛋白基因敲除小鼠模型，在研究及饲养小鼠过程中发现，对比正常野生型（Wild type，WT）小鼠，该基因敲除的雄性小鼠生殖功能明显下降。为探讨其原因，本课题拟在前期研究基础上，进一步观察并研究βB2-晶体蛋白基因敲除后对雄性小鼠生殖功能的影响，深入探讨βB2-晶体蛋白调控雄性生殖的作用机制，以期对临床探究不育症的发病机理提供新的思路和途径。研究目的：观察βB2-晶体蛋白基因敲除后雄性小鼠生殖功能的改变，分析βB2-晶体蛋白在维持雄性小鼠正常生殖功能方面的作用，重点探讨βB2-晶体蛋白调控雄性小鼠生殖功能的机制所在，以期对临床不育病人发病机理的研究提供新的思路和实验数据。研究方法：1. βB2-晶体蛋白基因敲除小鼠模型的建立及鉴定实验前，剪取鼠尾末端组织，抽提基因组DNA，通过PCR扩增技术及琼脂糖凝胶电泳分析方法对实验小鼠的基因型进行鉴定。取小鼠眼晶状体进行匀浆离心后取上清液，通过Western blot技术对晶体蛋白的表达进行鉴定。2.明确βB2-晶体蛋白在小鼠睾丸组织内的表达分别采用Real time PCR和Western blot方法验证βB2-晶体蛋白在正常野生型小鼠的睾丸内存在表达，而在基因敲除小鼠的睾丸内不存在表达；进一步采用免疫荧光组织化学染色方法明确βB2-晶体蛋白在正常小鼠睾丸组织内的定位。3.观察βB2-晶体蛋白基因敲除对雄性小鼠生殖功能的影响分别将性成熟（8周龄）的正常野生型雌性小鼠与正常野生型雄性小鼠、基因敲除型雄性小鼠配对，各5对并分笼饲养，观察一段时间内两者生产窝数及每窝产仔数等的差别；计数基因敲除小鼠的精子数目及精子活性；连续观察雄性小鼠出生后数周内睾丸组织发育情况，同时病理HE染色分析睾丸组织病理学的改变。4.睾丸组织生殖细胞增殖和凋亡检测分别采用BrdU增殖检测、TUNEL原位凋亡及流式细胞术检测凋亡等的方法，检测βB2-晶体蛋白基因敲除后小鼠睾丸组织内生殖细胞增殖、凋亡等的改变，分析精子计数减少的可能原因。5.生殖及凋亡相关蛋白的检测采用Real time PCR和Western blot方法检测CaMKIV、Crem、Tsg23、Cklfsf2b、Bax以及Bcl-2等与生殖和增殖、凋亡等相关的基因及其蛋白在KO小鼠睾丸组织内表达量的改变。6.小鼠血清睾酮含量检测酶联免疫吸附法（ELISA）分别检测正常野生型及βB2-晶体蛋白基因敲除型小鼠血清睾酮含量，分析是否由于睾酮含量的改变引起雄性小鼠精子计数等生殖功能的改变。实验结果：1.实验小鼠基因型及蛋白鉴定结果经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析，成功检测了实验小鼠的两种基因型，纯合的KO小鼠和纯合的WT小鼠。经Western blot鉴定，纯合小鼠晶体蛋白未检测到βB2-晶体蛋白的表达，野生型小鼠晶体蛋白在分子量23KD处检测到该蛋白的表达。2. βB2-晶体蛋白在睾丸组织中的表达Real time PCR及Western blot方法分别检测到βB2-晶体蛋白基因及其蛋白在野生型小鼠睾丸组织内的表达，而在KO小鼠睾丸内检测不到βB2-晶体蛋白的表达；免疫荧光组织化学染色结果进一步显示βB2-晶体蛋白主要定位于小鼠睾丸组织的精原细胞内。3. βB2-晶体蛋白基因敲除对雄性小鼠生殖功能的影响相同生产周期内，相对正常野生型配对小鼠，与KO雄鼠配对的雌性小鼠生产窝数及每窝的生仔数均明显减少，性成熟的KO雄性小鼠精子计数减少，KO小鼠4周龄时睾丸组织明显增生，而睾丸生精小管变细、并且稀疏。4.睾丸生殖细胞增殖、凋亡均显着增加BrdU增殖和TUNEL原位凋亡及流式细胞凋亡检测结果显示，相对正常小鼠，基因敲除小鼠的睾丸组织内精原细胞的增殖和凋亡显着增加。5.小鼠睾丸组织内相关蛋白表达量的改变采用Real time PCR和Western blot方法检测了小鼠睾丸内CaMKIV、Crem、Tsg23、Cklfsf2b、Bax和Bcl-2等生精和增殖、凋亡等相关蛋白的表达，结果显示KO小鼠睾丸内CaMKIV和Bcl-2的mRNA及蛋白水平均显着降低；Bax的蛋白表达量增加，mRNA表达呈现增多趋势，但不具有统计学意义；Crem、Tsg23及Cklfsf2b等表达量未见明显改变。6. KO小鼠血清睾酮含量降低ELISA方法检测结果显示，相对正常野生型小鼠，基因敲除小鼠的血清睾酮含量明显降低。实验结论：1． βB2-晶体蛋白在晶状体外组织-睾丸内也存在较高水平的表达。2． βB2-晶体蛋白基因敲除后雄性小鼠生殖功能显着下降。3. βB2-晶体蛋白基因敲除后，小鼠睾丸内CaMKIV表达量显着降低，进而导致其下游蛋白Bcl-2表达减少，引起了睾丸精原细胞的过度增殖和凋亡，生殖细胞增殖和凋亡的紊乱使得小鼠生精功能发生障碍；同时该基因敲除也使血清睾酮含量明显降低，使小鼠生殖系统受损、精子发生障碍。
张天晓[7]（2004）在《MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用》文中研究说明
二、MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用（论文提纲范文）
（1）藻类特有的捕光色素蛋白——藻红蛋白的结构、功能及应用（论文提纲范文）
| 1 藻红蛋白的结构与功能 |
| 2 藻红蛋白的规模制备 |
| 3 藻红蛋白的应用 |
| 3.1 光学活性 |
| 3.1.1 荧光探针 |
| 3.1.2 用于光动力治疗 |
| 3.2 生物活性 |
| 3.2.1 抗氧化性 |
| 3.2.2 抗炎活性 |
| 4 展望 |
（2）基于聚集诱导发光特性的上转换荧光聚合物纳米粒子的合成及其在光动力治疗中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 聚集诱导发光 |
| 1.2 聚集诱导发光机理 |
| 1.3 具有聚集诱导发光特性的分子 |
| 1.3.1 AIE小分子 |
| 1.3.2 AIE大分子 |
| 1.3.3 非常规AIE分子 |
| 1.3.4 ACQ分子转换成的AIE分子 |
| 1.4 聚集诱导发光技术的应用 |
| 1.4.1 AIE纳米粒子在细菌传感和成像方面的应用 |
| 1.4.2 AIE纳米粒子在细胞器成像方面的应用 |
| 1.4.3 AIE纳米粒子在光动力治疗方面的应用 |
| 1.5 课题的提出 |
| 第二章 近红外激光驱动的荧光聚合物的制备及其在生物成像中的应用 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 实验仪器及设备 |
| 2.2.2 实验药品及材料 |
| 2.2.3 AIE单体(AIEM)的合成 |
| 2.2.4 AIE聚合物的合成 |
| 2.2.5 上转换纳米粒子(UCNP)的合成 |
| 2.2.6 样品的制备 |
| 2.2.7 纳米粒子的粒径分布与形貌测定 |
| 2.2.8 纳米粒子电势的测定 |
| 2.2.9 纳米粒子在不同pH值下的水解情况 |
| 2.2.10 抗蛋白吸附 |
| 2.2.11 细胞培养与成像 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 核磁表征 |
| 2.3.2 聚合物包覆的上转换纳米粒子的性质表征 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 近红外激光驱动的线粒体靶向荧光聚合物在光动力治疗中的应用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 实验仪器及设备 |
| 3.2.2 实验药品及材料 |
| 3.2.3 不同含水量f_w的AIEM溶液的制备 |
| 3.2.4 UCNP@PAIE-TPP-PEG纳米粒子的活性氧检测 |
| 3.2.5 细胞内活性氧检测 |
| 3.2.6 MTT细胞毒性实验 |
| 3.2.7 PI细胞毒性实验 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 AIEM单体与聚合物包覆的上转换纳米粒子的性质表征 |
| 3.3.2 聚合物包覆的上转换纳米粒子光动力治疗效果的表征 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 发表论文和科研情况说明 |
| 致谢 |
（3）人类瓣状核酸内切酶FEN1底物识别及甲基化调控的机制研究（论文提纲范文）
| 项目资助 |
| ACKNOWLEDGEMENTS |
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要缩略词 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 FEN1的功能研究 |
| 1.1.1 FEN1在DNA复制中的作用 |
| 1.1.2 FEN1在DNA损伤修复中的作用 |
| 1.1.3 FEN1与肿瘤的发生发展 |
| 1.2 FEN1的生化活性研究 |
| 1.2.1 FEN1的核酸酶活性研究 |
| 1.2.2 FEN1的互作蛋白研究 |
| 1.3 FEN1的结构生物学研究 |
| 1.3.1 人类FEN1的结构特征 |
| 1.3.2 FEN1的底物识别机制研究 |
| 1.4 蛋白质的翻译后修饰 |
| 1.4.1 翻译后修饰的类型 |
| 1.4.2 FEN1的翻译后修饰研究 |
| 1.5 FEN1的应用 |
| 1.6 本章小结 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验仪器 |
| 2.1.2 化学试剂 |
| 2.1.3 菌株、酶、标准品以及试剂盒 |
| 2.1.4 常用纯化色谱柱 |
| 2.1.5 常用晶体筛选试剂盒 |
| 2.1.6 fen1的克隆与DNA的合成 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 双分枝DNA的制备 |
| 2.2.2 分子生物实验 |
| 2.2.3 酶动力学实验 |
| 2.2.4 蛋白质-DNA的共结晶 |
| 2.2.5 Western-blot检测目的蛋白 |
| 3 DNA的制备、FEN1的纯化及生化活性分析 |
| 3.1 结晶用DNA的制备及纯化 |
| 3.2 FEN1蛋白的纯化 |
| 3.2.1 FEN1蛋白的表达 |
| 3.2.2 FEN1蛋白的可溶性 |
| 3.2.3 FEN1蛋白的纯化 |
| 3.3 FEN1蛋白的生化活性 |
| 3.4 本章讨论 |
| 4 晶体制备及结构解析 |
| 4.1 共结晶底物双分枝DNA的优化 |
| 4.2 晶体的生长 |
| 4.3 本章讨论 |
| 5 FEN1-DNA复合体的结构 |
| 5.1 FEN1蛋白的总体结构 |
| 5.2 5’分枝DNA的构象 |
| 5.3 活性中心和催化机制 |
| 5.4 甲基化修饰的调控机制 |
| 5.5 本章讨论 |
| 6 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 博士期间发表的论文 |
（4）合浦珠母贝基质蛋白和粘附蛋白的组学及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 生物矿化 |
| 1.1.1 生物矿化的定义 |
| 1.1.2 双壳类生物矿化 |
| 1.2 生物矿化相关蛋白 |
| 1.2.1 生物矿化蛋白的种类及其作用 |
| 1.2.2 生物矿化蛋白的组学研究 |
| 1.3 生物矿化蛋白在生物矿物或者晶体中的分布 |
| 1.4 生物粘附 |
| 1.4.1 生物粘附蛋白 |
| 1.5 足丝蛋白的研究 |
| 1.5.1 贻贝足丝黏附蛋白的功能研究 |
| 1.5.2 足丝黏附蛋白的蛋白组学研究 |
| 1.5.3 生物粘附材料的应用研究 |
| 1.6 研究的目的和意义 |
| 1.7 论文各部分的主要内容 |
| 第2章 实验材料与方法 |
| 2.1 合浦珠母贝棱柱层和珍珠层基质蛋白的提取 |
| 2.2 贝壳结构的扫描电镜观察 |
| 2.3 基质蛋白的电泳(SDS-PAGE)分析 |
| 2.4 基质蛋白的质谱(LC-MS/MS) |
| 2.5 基质蛋白的生物信息学 |
| 2.6 基质蛋白的基因在外套膜中的表达分析 |
| 2.7 基质蛋白多克隆总抗体的制备 |
| 2.8 利用Western blot检测贝壳基质蛋白在贝壳中的分布 |
| 2.9 利用免疫组化检测贝壳基质蛋白在贝壳中的分布 |
| 2.10 利用免疫组化检测贝壳基质蛋白在外套膜中的分布 |
| 2.10.1 冰冻切片的制备 |
| 2.10.2 免疫组化 |
| 2.11 利用免疫检测贝壳基质蛋白在碳酸钙晶体的表面分布 |
| 2.11.1 体外合成碳酸钙晶体 |
| 2.11.2 免疫组化 |
| 2.12 FITC和Cy5标记基质蛋白及其纯化 |
| 2.13 Raman光谱和X射线衍射(XRD) |
| 2.14 圆二色光谱(CD)检测基质蛋白 |
| 2.15 基质蛋白对结晶速率的影响实验 |
| 2.16 激光扫描共聚焦显微镜(CLSM)对晶体中蛋白分布的二维观察 |
| 2.17 激光扫描共聚焦显微镜(CLSM)对晶体中蛋白分布的三维观察 |
| 2.18 随机光学重建显微镜(STORM)对晶体中蛋白分布的高分辨率观察 |
| 2.18.1 STORM样品制备 |
| 2.18.2 显微成像数据采集 |
| 2.19 足丝的获取 |
| 2.20 足丝的冰冻切片及足丝光学显微镜的观察 |
| 2.21 NBT染色 |
| 2.22 扫描电镜观察足丝结构 |
| 2.23 EDTA处理足丝以及Ca~(2+)恢复实验 |
| 2.24 透射电镜观察足丝结构 |
| 2.25 力学性能测试 |
| 2.26 X射线光电子能谱学(XPS) |
| 2.27 电感耦合等离子体质谱(ICP-MS) |
| 2.28 傅氏转换红外线光谱分析仪(FT-IR) |
| 2.29 足丝蛋白的提取和纯化 |
| 2.30 足蛋白的提取 |
| 2.31 足RNA的提取及其cDNA反转录 |
| 2.32 RNA-seq |
| 2.33 足丝蛋白的组学(LC-MS/MS)分析 |
| 2.34 图像处理及统计分析 |
| 2.35 KCl注射诱导足蛋白的分泌 |
| 2.36 圆二色光谱检测足蛋白 |
| 2.37 金属离子诱导足蛋白沉淀的生成 |
| 2.38 透射电子显微镜观察团聚体 |
| 第3章 蛋白组学揭示基质蛋白的多样性 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 贝壳棱柱层和珍珠层的微观结构 |
| 3.3 贝壳棱柱层和珍珠层蛋白的含量 |
| 3.4 蛋白质组学揭示基质蛋白的多样性 |
| 3.5 基质蛋白存在于贝壳、外套膜和碳酸钙晶体中 |
| 3.6 基质蛋白在外套膜边缘和缘膜区的表达模式 |
| 3.7 基质蛋白在生物矿化中的功能分类 |
| 3.8 讨论与小结 |
| 第4章 贝壳基质蛋白在碳酸钙晶体中的分布形式 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 贝壳基质蛋白的二级结构 |
| 4.3 贝壳基质蛋白对晶体结晶速率的影响 |
| 4.4 贝壳基质蛋白对碳酸钙晶貌的影响 |
| 4.5 贝壳基质蛋白对碳酸钙晶型的影响 |
| 4.6 贝壳基质蛋白在碳酸钙晶体中的分布特性 |
| 4.7 贝壳基质蛋白在碳酸钙晶体中的存在形式 |
| 4.8 讨论与小结 |
| 第5章 足丝延伸和粘附性能的结构和分子基础 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 足丝的亚显微结构 |
| 5.3 足丝中的金属离子 |
| 5.3.1 EDTA对足丝金属离子含量的影响 |
| 5.3.2 金属离子对足丝蛋白构象的影响 |
| 5.4 金属离子对足丝力学性能的影响 |
| 5.5 足丝粘附蛋白种类的多样性 |
| 5.6 结合转录组学和蛋白组学分析足丝蛋白 |
| 5.6.1 足丝蛋白(末端)mRNA在足组织中的表达模式 |
| 5.6.2 足丝蛋白(粘附斑)mRNA在足组织中的表达模式 |
| 5.7 TSP-1containing蛋白在足丝延伸性能中的作用 |
| 5.8 讨论与小结 |
| 5.8.1 Ca~(2+)和TSP-1containing蛋白对合浦珠母贝延伸性能的影响 |
| 5.8.2 蛋白组学对于足丝蛋白进化的启示 |
| 第6章 Ca~(2+)介导足粘附蛋白的自组装 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 合浦珠母贝足丝的亚显微结构 |
| 6.3 KCl注射诱导的足蛋白的二级结构 |
| 6.4 金属离子诱导足蛋白沉淀的生成 |
| 6.5 金属离子诱导足丝蛋白沉淀的生成 |
| 6.6 讨论与小结 |
| 第7章 总结与展望 |
| 7.1 论文总结 |
| 7.2 论文展望 |
| 7.2.1 贝壳修复过程中蛋白质组学的研究及基质蛋白功能的进一步发掘 |
| 7.2.2 单一或多个基质蛋白在生物矿物中的分布及相互作用 |
| 7.2.3 足丝形成过程中关键粘附蛋白的作用机理 |
| 7.2.4 粘附蛋白的应用研究 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 |
（5）人源可溶性环氧化物水解酶与抑制剂相互作用的分子动力学模拟研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 蛋白质与配体相互作用 |
| 1.1.1 蛋白-配体结合的化学和热力学基础 |
| 1.1.2 实验上测量结合亲和力的方法 |
| 1.1.3 蛋白-配体相互作用类型 |
| 1.1.4 影响蛋白质-配体结合的其他因素 |
| 1.1.5 蛋白-配体相互作用的研究方法 |
| 1.2 计算机模拟概述 |
| 1.3 环氧化物水解酶的研究背景 |
| 1.3.1 sEH在哺乳动物组织中的分布情况 |
| 1.3.2 sEH分子生物学 |
| 1.3.3 环氧化物水解酶的结构及功能 |
| 1.3.4 sEH抑制剂 |
| 1.3.5 sEH抑制剂的潜在应用 |
| 1.4 本文的研究内容 |
| 第二章 理论与计算方法 |
| 2.1 分子对接 |
| 2.1.1 分子对接原理 |
| 2.1.1.1 搜索算法 |
| 2.1.1.2 打分函数 |
| 2.2 分子力场 |
| 2.2.1 波恩-奥本海默近似 |
| 2.2.2 力场势函数 |
| 2.2.3 力场参数 |
| 2.2.4 能量优化方法 |
| 2.3 统计力学 |
| 2.4 分子动力学模拟 |
| 2.4.1 分子动力学的力学的基本假设 |
| 2.4.2 运动方程积分 |
| 2.4.3 AMBER力场 |
| 2.4.4 溶剂模型 |
| 2.4.5 周期性边界条件 |
| 2.4.6 非键截断值 |
| 2.4.7 温度压力调控 |
| 第三章 基于苯并恶唑的酰胺类抑制剂结合可溶性环氧化物水解酶的分子动力学模拟研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与计算方法 |
| 3.2.1 体系的建立 |
| 3.2.2 分子对接参数设置 |
| 3.2.3 分子动力学模拟的参数设置 |
| 3.2.4 MM-GB/SA方法计算结合自由能 |
| 3.3 结果和讨论 |
| 3.3.1 分子动力学模拟 |
| 3.3.2 结合自由能计算 |
| 3.3.3 环氧化物水解酶结合抑制剂的结合模式和氢键分析 |
| 3.3.4 自由能分解分析 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 含哌嗪环的金刚烷1,3-二取代脲类抑制剂结合可溶性环氧化物水解酶的分子动力学模拟研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 配体的准备 |
| 4.2.2 受体-配体复合物3D结构的建立 |
| 4.2.3 分子动力学模拟方法 |
| 4.2.4 MM-GB/SA结合自由能计算 |
| 4.2.5 自由能分解 |
| 4.2.6 氢键分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 可溶性环氧化物水解酶的动力学模拟和相对稳定性 |
| 4.3.2 结合自由能计算 |
| 4.3.3 抑制剂结合模式以及氢键分析 |
| 4.3.4 结合自由能分解 |
| 4.4 结论 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 论文总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的科研成果 |
（6）βB2-晶体蛋白调控雄性小鼠生殖功能的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分 βB2晶体蛋白基因敲除小鼠的建立及其鉴定 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 βB2晶体蛋白基因敲除对雄性小鼠生殖功能的影响 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 βB2晶体蛋白基因敲除致雄性小鼠生殖功能降低的机制研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 学习期间发表的论文及着作 |
| 致谢 |
（7）MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用（论文提纲范文）
| 1 MAPK信号传导通路 |
| 1.1 Ras/ERK通路 |
| 1.2 JNK通路 |
| 1.3 P38通路 |
| 2 MAPK在晶体中的分布 |
| 2.1 ERK表达及活性 |
| 2.2 JNK的表达及活性 |
| 2.3 P38的表达及活性 |
| 3 MAPK在晶体中的作用 |
| 3.1 参与白内障的形成 |
| 3.2 参与晶体细胞的增值与分化 |
| 3.3 参与晶状体上皮细胞的迁移 |
| 4 研究趋势 |
四、MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用（论文参考文献）
- [1]藻类特有的捕光色素蛋白——藻红蛋白的结构、功能及应用[J]. 臧帆,秦松,马丞博,李文军,林剑. 科学通报, 2020(07)
- [2]基于聚集诱导发光特性的上转换荧光聚合物纳米粒子的合成及其在光动力治疗中的应用[D]. 关月. 天津理工大学, 2018(09)
- [3]人类瓣状核酸内切酶FEN1底物识别及甲基化调控的机制研究[D]. 韩万春. 浙江大学, 2017(12)
- [4]合浦珠母贝基质蛋白和粘附蛋白的组学及其功能研究[D]. 刘闯. 清华大学, 2017(02)
- [5]人源可溶性环氧化物水解酶与抑制剂相互作用的分子动力学模拟研究[D]. 陈杭. 中国科学技术大学, 2013(09)
- [6]βB2-晶体蛋白调控雄性小鼠生殖功能的机制研究[D]. 相芬芬. 第二军医大学, 2012(10)
- [7]MAPK信号传导通路与其在晶体中的表达和作用[J]. 张天晓. 沈阳医学院学报, 2004(04)