一、鹅源腺病毒基因组DNA物理图谱的构建（论文文献综述）
齐娟[1]（2014）在《“矮败鲁麦15”基因组BAC文库的构建与筛选》文中研究说明图位克隆是获得目标基因的主要方法，建立和筛选基因组文库是实现图位克隆的保障环节之一。基因组文库是将某种生物的基因组DNA打断成随机片段，然后将DNA片段组装到克隆载体上而形成的群体。细菌人工染色体具有能够承载大片段DNA、稳定性好等优点，已被广泛应用于图位克隆、物理图谱构建、比较基因组学等方面的研究。太谷核不育小麦（Triticum aestivum L.,2n=6x=42, AABBDD）是我国发现的一份珍贵的小麦材料，其不育性受小麦4D染色体短臂上的显性基因Ms2控制，在小麦轮回选择中发挥了重大作用，可用于小麦杂交制种。克隆太谷核不育基因Ms2是我国小麦工作者的夙愿。矮变1号是从小麦矮秆早中发现的一株天然突变体，它含有显性矮秆基因Rht10，现已更名为Rht-D1c。矮败小麦是由矮变一号与携带Ms2基因的不育小麦杂交形成的矮杆和败育紧密连锁的小麦材料。本研究使用的“矮败鲁麦15（LM15Ms2/Rht-D1c）”是矮败小麦和鲁麦15（轮回亲本）杂交再回交至少十五代得到的不育材料。本研究以幼嫩叶片为材料，构建了矮败鲁麦15的BAC文库，文库包含70.6万个BAC克隆，平均插入片段为124.6Kb，覆盖小麦全基因组5.5倍左右，空载率小于1.0%。在此基础上，建立了基于DNA逐级混合策略的PCR筛选体系，实现了Rht-D1c基因承载克隆的快速筛选。本研究为太谷核不育基因Ms2以及鲁麦15中其他重要基因的图位克隆奠定了基础。
赵兰[2]（2013）在《鲤遗传—物理整合图谱的构建及鲤与斑马鱼的比较作图》文中进行了进一步梳理鲤（Cyprinus carpio）在世界水产养殖上是一种重要的养殖品种，年产量已达340万吨，占所有淡水水产品的比例高达14%；鲤在我国有着悠久的养殖历史，并且还具有一定的文化意义；除此之外，鲤还可以作为观赏鱼。近年来，国内外研究者在鲤的遗传学和基因组学方面开展了广泛的研究，比如开发大量分子标记、构建低、中等密度的遗传连锁图谱、重要经济数量性状位点的定位、构建大片段基因组文库、末端测序以及构建物理图谱等。但是鲤较高密度的遗传连锁图谱、遗传—物理整合图谱构建工作还没有完成。本论文的目的就是要建立鲤较高密度的遗传连锁图谱以及遗传—物理整合图谱；另外，还通过比较基因组学手段对鲤与斑马鱼进行了比较作图，最终将鲤较高密度的遗传连锁图谱、鲤物理图谱和斑马鱼的全基因组图，三者有机的结合在了一起。通过本研究，以期丰富鲤的基因组学和比较基因组学方面的研究并且用于验证鲤全基因组测序和组装结果。具体研究结果如下：1、从鲤物理图谱中选择较大的230个重叠克隆群（contig），从每个contig的BAC末端序列里分别查找微卫星并设计微卫星引物2-3对。一共设计了629对BAC锚定（BAC-anchored）微卫星引物，其中550对引物有扩增产物；226对有效扩增的引物是多态的，并且在作图群体中进行了基因分型。2、通过将黑龙江水产研究所随机开发的664个微卫星和5000个SNP侧翼序列与鲤物理图谱上BAC末端序列数据库的比对，发现有40个微卫星以及137个SNP是属于BAC关联（BAC-associated）标记。3、一共使用了1359个标记分型结果进行遗传连锁图的连锁分析（包括新开发的226个BAC-anchored微卫星分型结果、原先开发的332个BAC-anchored微卫星分型结果、黑龙江水产研究所开发的664个微卫星分型结果和137个BAC-associated SNP分型结果），JoinMap4.0软件连锁分析后，得到的鲤遗传连锁图谱上一共有1209个标记分布于50个连锁群上。遗传连锁图谱长度为3565.9cM，每个连锁群长度范围是17.3-126.7cM，标记间平均间隔为3.077cM。4、所有的BAC-anchored及BAC-associated的标记共计有620个作为锚定点，将遗传连锁图谱与物理图谱联系在一起，达到了整合的目的。遗传—物理整合图谱上一共有463个物理图谱的contig （其中新开发微卫星标记整合了166个最大的contig）和88个物理图谱的单个克隆，共计498.75Mb的物理长度（其中新开发的微卫星标记共整合了258.28Mb），约占鲤全基因组大小的30%。5、通过Blastn比对发现，鲤遗传连锁图谱上的1209个标记中有597个标记可以定位到斑马鱼基因组（ZV9）上，并且鲤相应的两个连锁群上几乎所有的同源标记都位于斑马鱼相对应的一条染色体上，这很好的证明了鲤染色体与斑马鱼染色体2:1的比例，即鲤比斑马鱼多经历了一轮全基因组复制现象。6、通过Blastn比对发现，整合的463个物理图谱contig中有442个contig可以定位到斑马鱼相应的染色体上，这442个contig一共包含有13449个BAC末端序列，即鲤中一共有13449个BAC末端序列可以定位到斑马鱼染色体上。
陈跃[3]（2009）在《Ⅰ群禽腺病毒纤突knob区域基因序列同源性分析及病毒部分生物学特性研究》文中指出根据群特异性抗原的不同,禽腺病毒属（Fowl Adenovirus,FAV）可分为3群:Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群,其中Ⅰ群禽腺病毒来源于鸡、火鸡、鹅及其它禽类动物。尽管Ⅰ群禽腺病毒的病原性大多尚未确定,但是往往与其他病原感染后的继发感染密切相关。Ⅰ群禽腺病毒为二十面体对称,包括240个六邻体和12个五邻体。值得注意的是,Ⅰ群禽腺病毒的五邻体呈现出一种不同的形态特征,即每个五聚基体连有两个纤突。两纤突受体结合部（头部）基因序列不同,可能与受体结合相关。为了了解Ⅰ群禽腺病毒的两个纤突在病毒感染细胞过程中发挥作用的机制及功能,本研究将不同来源的Ⅰ群禽腺病毒（鸡源、鸭源、鹅源）纤突knob区域核酸序列进行了克隆、测序,并在相同来源毒株间和不同来源毒株之间进行了比较、分析。结果表明,来源相同毒株的纤突1 knob区域基因序列同源性高达100%,而不同来源毒株之间基因序列同源性很低,仅为22.6-100%。对于纤突2的knob区域基因序列,不论相同来源毒株,还是不同来源毒株之间的同源性均接近100%。由此可以推断,Ⅰ群禽腺病毒的宿主嗜性可能主要由fiber1决定,且在病毒感染宿主细胞过程中发挥主要作用。为了进一步了解Ⅰ群禽腺病毒的生物学特性,本研究选取Ⅰ群禽腺病毒江苏分离株（FAVI-JS）,PCR扩增特异性右侧末端倒置重复序列（ITR序列）,进行电子显微镜观察病毒形态、并通过血凝特性、致鸡胚肾细胞（CEK）病变、致鸡胚病变等进行研究。结果表明:FAVI-JS的右侧ITR序列PCR扩增结果呈阳性;该病毒形态呈球形、无囊膜,直径为70-80nm;不凝集鸡的红细胞;鸡胚肾细胞接种后3-5天,细胞表现出较强的聚集性并形成细胞团,有的成束状,最后脱落;9-10日龄鸡胚攻毒后4-6天,胚体死亡、发育阻滞、呈丸形、被毛稀少,头顶、四肢末端充血、出血。用FAVI-G24-YZ0605株鹅源Ⅰ群禽腺病毒静脉接种于14日龄的SPF雏鸡,分别在攻毒后每隔两天扑杀,攻毒组和对照组各2只进行检测。结果表明:攻毒后不同日龄雏鸡病变以急性坏死性肝炎为主;肝细胞可见嗜碱性、形状不规则的核内包涵体。本研究结果提示,鹅源Ⅰ群禽腺病毒FAVI-G24-YZ0605株具有一定的致病性,可引发SPF雏鸡包涵体肝炎。
孙锦[4]（2008）在《鸭腺病毒1型病毒全基因组感染性BAC克隆的构建》文中指出鸭腺病毒1型（Duck adenovirus type 1,DAV1）病毒是包含产蛋下降综合症病毒（Egg drop syndrome virus,EDSV）或类似EDSV的一种无囊膜的双股DNA禽腺病毒,属于腺胸腺病毒属（Atadenovirus）,与禽腺病毒Ⅰ群（CELO）病毒存在很小的共同抗原。选用无致病力的DAV1病毒构建的重组疫苗,既具有感染细胞谱广、不整合到染色体、可刺激机体产生强烈的粘膜免疫等优点,又避免了因CELO病毒隐性感染引起的免疫效力的干扰。但是目前对DAV1病毒的复制非必需区及外源基因插入容量的了解很少,严重阻碍了将其作为病毒载体的应用。为了方便进一步研究DAV1病毒的基因结构与功能,本文通过基因组的限制性内切酶分析以及动物实验,筛选了一株低毒力的DAV1病毒QU,利用Cre/loxP系统,通过位点特异性重组将细菌人工染色体（BAC）插入DAV1病毒QU株基因组中,构建了其感染性全基因组克隆。首先以一株来源于鹌鹑的DAV1病毒QU株为材料,提取其基因组DNA,分别用限制性内切酶BamHⅠ、EcoRⅠ、EcoRV、KpnⅠ和Eam1105Ⅰ进行消化。琼脂糖凝胶电泳显示除了EcoRⅠ,其余4种酶切产物都与已报道的DAV1病毒AV127株的全序列分析结果不同。这表明病毒QU株与鸡源DAV1病毒的基因型有较大不同。为了确定其致病性,分别用病毒QU株和鸡源DAV1病毒HS株对20日龄SPF鸡进行攻毒。4天后检测其血清生化指标的变化情况并与对照组进行比较,同时取其肝脏进行病理组织学观察。发现QU组的各项生化指标均没有明显变化,肝组织形态与对照组相同;HS组的谷草转氨酶、碱性磷酸酶、胆碱脂酶和血淀粉酶显着降低,总蛋白、白蛋白和球蛋白极显着降低,并且肝细胞大量坏死。结果表明,HS株病毒主要引起鸡肝脏和胰腺的损伤,具有较强的致病性;QU株病毒对雏鸡的生理状况几乎没有影响,毒力很弱,可以用作禽用基因疫苗或基因治疗的候选病毒载体。随后,本研究通过双酶切,将一段两端各有一个loxP位点的绿色荧光蛋白（GFP）表达盒插入到质粒pAD20与QU病毒基因组同源的序列中,构建了转移质粒载体pADloxH。采用脂质体介导法,将重组质粒pADloxH与QU株基因组共转染鸡胚成纤维细胞（CEF）,用96孔板稀释法筛选纯化表达GFP的重组病毒Vgfp。将其与Cre重组酶质粒pCre共转染CEF,筛选纯化GFP阴性的重组病毒Vlox。将病毒vlox与质粒plndigoBAC-5和pCre共转染CEF,利用X-gal筛选lacZ阳性的重组病毒Vbac。提取病毒vBAC基因组DNA,通过CaCl2法转化大肠杆菌DH10B,获得质粒pVbac。用EcoRⅠ酶切质粒pVbac和病毒QU株基因组,琼脂糖凝胶电泳检测发现酶切产物与预期结果一致,表明质粒pVbac中包含了病毒QU株的基因组。通过脂质体介导,用质粒pVbac转染CEF,观察细胞病变情况发现,转染3天后细胞出现可见病变:细胞折光性增强,出现核内包涵体,逐渐变大,最后变圆并脱落。结果显示质粒pVBAC是具有感染性的。本研究获得的DAV1病毒QU株感染性全基因组BAC克隆,使得对病毒基因组的突变分析更加方便、准确。
王小辉[5]（2008）在《Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定及其生物学特性研究》文中研究指明根据群特异性抗原的不同,禽腺病毒（Fowl Adenovirus,FAV）属可分为3群:Ⅰ群、ⅡⅡ群和Ⅲ群。其中I群禽腺病毒包括从鸡、火鸡、鹅及其它禽类分离获得的腺病毒;群禽腺病毒可引起火鸡出血性肠炎,雉鸡大理石脾病;Ⅲ群腺病毒,即与减蛋综合症（Egg Drop Syndrome EDV）有关的一类病毒。在免疫学上,Ⅰ群禽腺病毒能诱导感染鸡产生高水平的中和性循环抗体,病毒在局部黏膜系统长期复制并且持续少量排毒。本研究根据Genbank上公布的CELOV的全序列设计引物,采用PCR的方法检测了市场表象健康鸡群、鸭群和鹅群的I群禽腺病毒带毒状况,通过鸡胚接种分离了PCR阳性样本中的病毒,然后进一步通过电镜技术、形态学、病毒特性、致细胞病变、动物接种实验和序列比较等方法对分离出的I群禽腺病毒进行了部分生物学特性研究。试验结果表明,禽腺病毒在禽群中的感染率较高,鸡群的阳性率为51.4%（19/37）,鸭群的阳性率为51.7%（15/29）,鹅群的阳性率为17.3%（10/58）。病毒分离培养结果证明,该分离病毒为球行、无囊膜,直径大小为70-80nm;不具有凝集鸡红细胞的能力;在鸡胚成纤维细胞（CEF）上不引起细胞病变,在鸡胚肾细胞（CEK）上可致细胞变圆,折光性增强等病变;选取鸡源、鸭源、鹅源PCR扩增阳性的样品各3个,分别扩增ORF8和ITR并测序。与同属血清I型的鸡胚致死孤儿病毒（CELOV）,FAV-9,FAV-D和减蛋综合症病毒（EDSV）基因组的相应序列比较发现,分离病毒与I群禽腺病毒各毒株在上述两个片段上同源性为94.7%99.9%,与血清9型的ITR序列同源性相对较低,在34%左右;与EDSV的ITR序列则更低,只有20%左右。遗传进化树分析,该分离病毒与Ⅲ群EDS-76株明显属于不同的分支,而与I群禽腺病毒特别是血清I型的禽腺病毒更接近。为了了解分离病毒的病原性,作者对FAVI-G24-O605分离株进行了人工感染试验。通过大剂量皮下注射和口服两种途径接种1日龄的SPF雏鸡,每隔十天扑杀检测,结果发现,试验鸡在感染病毒后,未出现任何明显临床症状,对增重无明显影响,组织病理学观察结果表明,感染鸡和正常对照鸡无明显组织病理变化,仅部分鸡的部分脏器有轻微病变,且与对照组没有差异。对感染鸡不同时间段的排毒、带毒情况检测证明,病毒能够在试验鸡体内存在并通过泄殖腔少量排毒。研究结果证明,该分离病毒没有明显致病性。
张明明[6]（2008）在《Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定和生物学特性研究及重组禽腺病毒的构建》文中认为腺病毒最早发现于1953年,由于它们倾向于感染上皮细胞而被命名为腺病毒。腺病毒属腺病毒科（Adenoviridae）,共分为四个属即哺乳动物腺病毒属（Mastadenovirus）、禽腺病毒属（Aviadenovirus）、腺胸腺病毒属（Atadenovirus）和唾液腺病毒属（Siadenovirus）。禽腺病毒是禽类常见的病毒之一,大部分在禽体内复制却不致病,少数引起轻微的病症。对禽腺病毒的流行和变异国外有很多研究工作,国内的报道较少。腺病毒作为载体,宿主范围广,致病性低,在机体内复制不发生整合,安全性高;能在增殖和非增殖细胞中感染和表达基因;能有效进行增殖,病毒滴度高;腺病毒载体应用方便,载体疫苗可经口服途径接种。因此以腺病毒作为病毒载体具有独特的优势。许多学者在禽类腺病毒载体方面做了很多研究工作,国内研究较晚,但是所研制的基因工程疫苗离临床应用还有一定距离。目前,对禽腺病毒载体研究主要使用CMV启动子,获得了较好的表达效果,也有使用病毒自身的晚期启动子/先导序列（MLP/LS）的报道,但是尚未见到对两个启动子的重组病毒的免疫效果进行比较的报道。本研究从外表健康禽群中随机采取泄殖腔拭子,根据禽腺病毒CELOV的全序列设计引物,PCR扩增了病毒基因组右末端1.5Kbp的ITR片段。结果表明:禽腺病毒在禽群中的流行比较广泛,鸡群的阳性率为23.8%（30/126）,鸭群的阳性率为51.7%（15/29）,鹅群的阳性率为17.3%（10/58）。从鸡源、鸭源、鹅源ITR扩增阳性的样品中各选取3株,将ITR片段的PCR扩增产物克隆测序,并与CELOV、FAV-9、EDSV以及FAV-JS株的相应序列进行了比较。结果表明:本次分离的9株禽腺病毒与血清1型的代表株CELOV和我们实验室早期分离株FAV-JS株在ITR片段上的同源性最高可达99.9%,最低也为94.7%;而与D亚群的FAV-9和禽腺病毒Ⅲ群的EDSV相比较,同源性较低。在此基础上,根据已经发表的CELOV的全基因组序列设计了引物,对分离株的保守序列ORF8进行了扩增和序列测定工作,结果表明所有分离株、CELOV、FAV-9、EDSV以及FAV-JS株的ORF8片段均具有高度同源性,符合腺病毒的基因组结构特征。根据以上序列分析结果,本研究证明了这些分离到的禽腺病毒属于Ⅰ群禽腺病毒。同时,禽腺病毒在鸡群、鸭群、鹅群中非常普遍,有必要对这些病毒的生物学特性进行研究。为了更好的了解分离株的生物学特性以便探讨其作为活病毒疫苗载体的可能性,通过病毒凝集实验、电镜形态观察、细胞病变、动物攻毒实验等方法对上述疑为Ⅰ群禽腺病毒3个分离株进行了研究。电镜观察病毒粒子,结果发现病毒为球型、无囊膜,直径为70-80nm,具有腺病毒典型的二十面体结构。红细胞凝集试验证明,分离到的病毒均不能凝集鸡的红细胞,与Ⅰ群禽腺病毒的特征一致。细胞培养表明:病毒分离株不能引起鸡胚成纤维细胞（CEF）的细胞病变,而在鸡胚肾细胞（CEK）上可以产生典型的禽腺病毒的细胞病变,表现为细胞变圆,折光性增强等病变。鸡胚接种试验未见明显肉眼可见的病变,鸡胚生长发育正常,这与Ⅰ群禽腺病毒分离株CELOV的特性不完全一致。通过大剂量皮下注射和口服两种途径接种1日龄的SPF鸡,进行人工致病性试验。结果发现,试验鸡在感染病毒后,未出现任何明显临床症状。在10日龄时,皮下注射和口服攻毒的小鸡的体重都明显轻于对照组,而在20、30日龄时,各组和健康对照组之间体重没有明显差异,表明该分离株对SPF鸡的体重影响不大,呈一过性。在10日龄时,攻毒组小鸡主要免疫器官重量略低于对照组,实验后期各组免疫免疫器官的重量基本一致。组织病理学切片观察结果表明,部分脏器有轻微病变,大部分脏器基本没有病变,后期组织器官均正常。这表明该病毒对免疫器官没有明显的生长抑制和可见的病理损伤。以上体内外实验均表明病毒分离株致病性低,生物安全性高,可能是较好的禽腺病毒载体。前期研究中筛选了FAV-JS的复制非必需区,将CMV调控外源基因表达的表达盒插入的禽腺病毒FAV-JS株左右臂构建了通用转移载体pFACMV3.1。在此研究基础上,从本实验室分离的所有禽腺病毒中选择FAV-JS进行重组禽腺病毒的构建。本研究根据CELOV全基因序列设计引物,从FAVI-JS基因组中PCR扩增出腺病毒的主要晚期启动子（MLP）,将扩增产物克隆测序,并与CELOV的MLP进行了序列比较,两者同源性为99%。在此基础上,将FAVI-JS株MLP片段克隆至pcDNA3.1/zeo（+）,然后再将pFACMV3.1中含有部分L片段和完整R片段的L#-R片段克隆至同一pcDNA3.1/zeo（+）中,随后将含有MLP片段、部分L片段和完整R片段的大片段克隆至pFACMV3.1,将pFACMV3.1中的CMV启动子替换为MLP启动子,而其它部分不变,从而构建了MLP启动子控制的通用转移载体pFAMLP 3.1。在此基础上插入eGFP报告基因,构建了MLP启动子控制表达eGFP的正向转移载体pFAMLP-eGFP,以用于重组病毒的构建。将构建的pFAMLP-eGFP转移载体转染原代鸡胚肾细胞（CEK）细胞,证实所克隆的MLP启动子具有启动子活性。在此研究基础上,将pFAMLP-eGFP转染已被wtFAVI-JS分离株感染的原代鸡胚肾细胞（CEK）,进行细胞内同源重组。转染后的细胞及细胞上清混合物经过冻融和离心处理,取上清进行稀释,感染96孔细胞培养板上的CEK单层,结果连续传了三代后,仍然能观察到绿色荧光蛋白的表达,表明成功构建了表达eGFP的重组禽腺病毒,为探讨晚期启动子在重组病毒中是否可以高效的表达外源蛋白,重组禽腺病毒基因工程疫苗的启动子对疫苗免疫效果的影响提供了条件。
杨用光[7]（2006）在《表达IBDV-VP2蛋白的重组禽Ⅰ型腺病毒（rFAv-VP2）的构建及纯化》文中研究指明禽腺病毒宿主细胞广泛,繁殖后病毒滴度高,大多数呈隐性感染,是构建基因工程疫苗最为理想的载体之一。本实验室何秀苗等早期从健康鸡群中分离到一株无致病性的I型禽腺病毒,并构建了禽腺病毒通用转移载体pFAVI-CMV。本研究在此基础上,用EcoRⅠ、NheⅠ双酶切通用转移载体pFAVI-CMV,通过电泳、回收载体DNA;同时,用同样的酶切pCDNA3.1-VP2,电泳、回收VP2片段。通过连接酶连接构建成插有VP2基因的转移载体,经酶切分析正确,命名为:pFAVI-VP2。以Lipofectin转染试剂将pFAVI-VP2 DNA与野生型禽I型腺病毒在鸡胚肾细胞（CEK）上进行同源重组,通过间接免疫荧光试验（IFA）进行检测,结果获得一株表达传染性法氏囊病病毒（IBDV）VP2基因的重组禽I型腺病毒,命名为:rFAVI-VP2。以梯度稀释和双层琼脂覆盖两种方法对重组病毒进行纯化,通过IFA方法进行检测,结果获得了纯化的rFAVI-VP2。用抗VP2特异性单克隆抗体建立的IFA方法对感染rFAVI-VP2病毒的细胞进行检测,证明该重组病毒能表达VP2蛋白抗原。用ELISA和PCR方法对在体外连续传递13代的重组病毒检测结果显示:该重组病毒能在体外稳定地传代。以上结果为禽I型腺病毒为载体的IBDV基因工程疫苗的开发打下了基础
刘岳龙,秦爱建,金文杰,崔治中,叶建强,王彬,何秀苗[8]（2005）在《鹅源腺病毒基因组E3区的鉴定和分析》文中研究说明在构建鹅源腺病毒Y81G4株Hind文库的基础上,通过特定的引物采用PCR方法从腺病毒文库的A片段中扩增并序列分析鉴定了腺病毒的E3区。E3区二端分别是保守性较强的pⅧ基因和纤维蛋白基因。和人腺病毒E3区相比,鹅源腺病毒E3区具有以下二个显着特征:（1）长度较短,全长仅为238个核苷酸;（2）E3区不具有明显的编码框。本研究也进一步证实了此鹅源腺病毒应归类于Ⅲ型禽腺病毒。
文明[9]（2005）在《DEV基因文库构建、核衣壳蛋白基因的发现及克隆与表达》文中提出鸭病毒性肠炎（Duck virus enteritis,DVE）,俗称鸭瘟（Duck plague,DP）是鸭、鹅和大雁等雁形目水禽的一种急性接触性传染病。感染后,患鸭主要表现为急性败血性过程,其特征是血管损伤、体腔出血、消化道出血（或炎症、坏死）、淋巴器官受损及实质器官退行性变化等,具有较高的发病率和死亡率,是目前水禽养殖业的重要传染病之一。本病病原为鸭病毒性肠炎病毒（Duck enteritis virus,DEV）,俗称鸭瘟病毒（Duck plague virus,DPV）,亦称鸭疱疹病毒1型（Anatid herpesvirus 1,AHV-1）,系疱疹病毒科α-疱疹病毒亚科成员之一,是一种泛嗜性全身性感染的病毒。本研究以DEV CHv株为基本材料,对该毒株进行了提纯研究和基因组酶切分析;构建了DEV基因文库,经比对发现并克隆、鉴定了其核衣壳蛋白基因;利用该基因片段设计引物,建立了基于DEV核衣壳蛋白基因的一种PCR检测方法;同时将该基因克隆到原核表达载体pET32a中,对其进行了表达及其表达产物抗原性的研究。主要内容包括: 1.比较了四种方法对DEV Chv株的提纯效果,并对病毒结构蛋白进行了初步分析:将DEV CHv株经鸭胚和鸭胚成纤维细胞（DEF）进行培养增殖后,收集病毒液,采用沉淀法、层析法、差速离心法和蔗糖密度梯度离心法等4种方法对DEV进行了提纯比较,结果表明:通过DEF增殖、经不连续蔗糖密度梯度法提纯DEV,效果较好,电镜下能观察到纯净、多量的完整病毒粒子;病毒粒子由囊膜、衣壳和核芯等三个部分组成,直径为170nm～190nm;在囊膜与衣壳之间还存在一层较厚的皮层结构。用Bradford法测得纯化病毒液中的病毒含量为0.71mg/mL;经SDS—PAGE电泳发现,DEV结构蛋白主要由11种多肽组成,即VP1（190kD）、VP2（136kD）、VP3（106kD）、VP4（88kD）、VP5（75kD）、VP6（68kD）、VP7（56kD）、VP8（48kD）、VP9（42kD）、VP10（38kD）
何秀苗,张科,秦爱建,金文杰,刘岳龙,陈溥言[10]（2005）在《I群禽腺病毒江苏分离株（FAVI-JS）的分离鉴定》文中研究表明通过形态学、致细胞病变和序列比较等对一株疑为I群禽腺病毒江苏分离株FAVIJS进行了鉴定 ,试验结果表明 :该病毒为球形、无囊膜、二十面体对称 ,直径为 70nm～ 80nm ;不具有凝集鸡、鸭、鹅红细胞的能力但可以凝集大鼠红细胞。在鸡胚肾细胞 （CEK）上可致细胞变圆 ,折光性增强等病变 ;通过PCR方法扩增出的FAVIJSL、R、ITR三个片段 ,经过测序分析并与GenBank上发表的属于血清I型的CELO病毒、FAV1、FAVA和血清 8型的禽腺病毒 （FAV8）全基因组的相应序列比较 ,FAVIJS与I群禽腺病毒各毒株在三个片段上同源性都很高 ,其中与血清I型的同源性高达 96 %以上 ,在根据对遗传上具有重要意义的ITR序列绘制的遗传进行树分析 ,FAVIJS与Ⅲ群禽腺病毒EDS、Y81G4株明显属于不同的分支 ,而与群禽腺病毒 ,特别是与血清I型的禽腺病毒更接近 ,这些结果证明 ,FAVIJS确为I群禽腺病毒
二、鹅源腺病毒基因组DNA物理图谱的构建（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、鹅源腺病毒基因组DNA物理图谱的构建（论文提纲范文）
（1）“矮败鲁麦15”基因组BAC文库的构建与筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 基因组文库的发展历史 |
| 1.2 小麦基因组 BAC 文库的发展现状 |
| 1.3 BAC 文库在小麦基因组研究中的应用 |
| 1.3.1 BAC 文库在小麦基因图位克隆方面的应用 |
| 1.3.2 BAC 文库在小麦基因组物理图谱构建方面的应用 |
| 1.3.3 BAC 文库在小麦基因组测序中的应用 |
| 1.3.4 BAC 文库在小麦比较基因组学研究中的应用 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 矮败鲁麦 15 基因组 BAC 文库的构建 |
| 2.2.2 BAC 文库质量评估 |
| 2.2.3 BAC 文库筛选体系的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 矮败鲁麦 15 基因组 BAC 文库的相关参数 |
| 3.2 矮败鲁麦 15 基因组 BAC 文库筛选体系的建立 |
| 3.3 BAC 文库筛选 |
| 4 讨论 |
| 4.1 矮败鲁麦 15 基因组 BAC 文库相对其他小麦 BAC 文库的优缺点 |
| 4.2 建立高效 BAC 文库筛选体系的重要性 |
| 4.3 矮败鲁麦 15 基因组 BAC 文库的应用前景 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（2）鲤遗传—物理整合图谱的构建及鲤与斑马鱼的比较作图（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 遗传连锁图谱的构建及在鱼类中的研究进展 |
| 1 遗传连锁图谱构建的理论基础 |
| 1.1 染色体遗传理论 |
| 1.2 基因连锁与交换定律 |
| 1.3 遗传连锁图谱构建的统计学原理 |
| 1.3.1 两点测验 |
| 1.3.2 三点测验 |
| 1.3.3 交换干扰与作图函数 |
| 2 遗传标记的分类和特点 |
| 2.1 形态学标记 |
| 2.2 细胞学标记 |
| 2.3 生物化学标记 |
| 2.4 分子标记 |
| 2.4.1 RFLP |
| 2.4.2 RAPD |
| 2.4.3 AFLP |
| 2.4.4 SSR |
| 2.4.5 SNP |
| 3 开发微卫星标记的方法 |
| 3.1 传统法 |
| 3.2 富集法 |
| 3.2.1 引物延伸法 |
| 3.2.2 滤膜及磁珠富集法 |
| 3.3 省略筛库法 |
| 3.4 基因组文库末端测序法 |
| 3.5 文献，数据库搜寻及跨种扩增法 |
| 4 遗传作图群体的选择 |
| 4.1 亲本的选择 |
| 4.2 分离群体类型的选择 |
| 4.2.1 F1 和 F2 群体 |
| 4.2.2 BC1 群体 |
| 4.2.3 RIL 群体 |
| 4.2.4 DH 群体 |
| 4.3 作图群体大小的选择 |
| 5 遗传作图的软件 |
| 6 鱼类遗传连锁图谱研究进展 |
| 6.1 斑马鱼 |
| 6.2 青鳉 |
| 6.3 罗非鱼 |
| 6.4 虹鳟 |
| 6.5 沟鲶 |
| 6.6 鲤 |
| 第二章 物理图谱的构建及在鱼类中的研究进展 |
| 1 物理图谱构建的基本原理 |
| 1.1 物理图谱本质是路标和克隆的顺序排列 |
| 1.2 低分辨率物理图谱是高分辨率物理图谱的基础 |
| 1.3 物理图谱的连续性 |
| 2 物理图谱构建的重要工具—克隆载体 |
| 2.1 质粒克隆载体 |
| 2.2 柯斯质粒克隆载体 |
| 2.3 YAC 克隆载体 |
| 2.4 BAC 克隆载体 |
| 2.5 其他克隆载体 |
| 2.5.1 PAC 克隆载体 |
| 2.5.2 BIBAC 克隆载体 |
| 2.5.3 PBC 克隆载体 |
| 2.5.4 TAC 克隆载体 |
| 3 物理图谱作图技术 |
| 3.1 传统物理作图技术[146] |
| 3.1.1 玉米染色体节状物作图 |
| 3.1.2 缺失体/非整倍体/替换系作图 |
| 3.1.3 果蝇的多线染色体 |
| 3.1.4 染色体带型分析 |
| 3.2 辐射杂交作图 |
| 3.3 限制性作图 |
| 3.4 基于大片段插入克隆文库作图 |
| 3.4.1 染色体步移法 |
| 3.4.2 分子标记法 |
| 3.4.3 克隆指纹法 |
| 3.5 荧光原位杂交作图 |
| 3.6 序列标签位点作图 |
| 4 物理图谱的组装 |
| 5 鱼类物理图谱研究进展 |
| 5.1 斑马鱼 |
| 5.2 青鳉 |
| 5.3 罗非鱼 |
| 5.4 虹鳟 |
| 5.5 沟鲶 |
| 5.6 鲤 |
| 第三章 鲤遗传连锁图谱与物理图谱的整合及鲤与斑马鱼的比较作图 |
| 第一节 鲤遗传连锁图谱与物理图谱的整合 |
| 1.1 引言 |
| 1.1.1 图谱整合的目的 |
| 1.1.2 图谱整合的策略 |
| 1.2 实验材料 |
| 1.2.1 实验用鱼 |
| 1.2.2 主要试剂和仪器 |
| 1.2.3 主要生物学软件、网站 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 基因组 DNA 提取 |
| 1.3.2 BAC-anchored 微卫星引物设计 |
| 1.3.3 筛选多态的 BAC-anchored 微卫星引物 |
| 1.3.4 BAC-anchored 微卫星分型 |
| 1.3.5 其他来源的多态引物 |
| 1.3.6 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.3.7 整合图谱的构建 |
| 1.4 结果与分析 |
| 1.4.1 BAC-anchored 微卫星的开发及多态结果 |
| 1.4.2 微卫星分型结果 |
| 1.4.3 遗传连锁图谱构建结果 |
| 1.4.4 整合图谱的构建结果 |
| 1.5 讨论 |
| 第二节 鲤与斑马鱼的比较作图 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 分析方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文目录 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附录 1 新开发的 629 对微卫星引物信息 |
| 附录 2 同一 contig 上标记间的遗传距离与物理距离的汇总 |
| 附录 3 13 个 Duplication Markers 信息 |
（3）Ⅰ群禽腺病毒纤突knob区域基因序列同源性分析及病毒部分生物学特性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 文献综述一 |
| 文献综述二 |
| 研究一 不同源性I群禽腺病毒纤突knob区域基因序列分析 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 研究二 I群禽腺病毒部分生物学特性研究 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 研究三 鹅源I群禽腺病毒的致病性研究 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 致谢 |
（4）鸭腺病毒1型病毒全基因组感染性BAC克隆的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 文献综述一 |
| 文献综述二 |
| 前言 |
| 第一章 鸭腺病毒1型病毒QU株的DNA酶切分析及对雏鸡致病性的研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 病毒与实验动物 |
| 1.2 主要材料与试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 主要溶液的配制 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 病毒的增殖 |
| 2.2 病毒DNA的提取 |
| 2.3 病毒DNA的酶切 |
| 2.4 攻毒及临床症状的观察 |
| 2.5 血清生化指标的测定与分析 |
| 2.6 肝脏组织切片的制备与染色 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 病毒DNA的提取及鉴定 |
| 3.2 病毒DNA的酶切分析 |
| 3.3 临床症状 |
| 3.4 血清生化指标的测定结果 |
| 3.5 肝脏病理切片观察结果 |
| 4.分析与讨论 |
| 第二章 QU株病毒全基因组感染性BAC克隆的构建 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 病毒与细胞 |
| 1.2 质粒与菌株 |
| 1.3 工具酶与试剂 |
| 1.4 仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 转移载体的构建 |
| 2.2 病毒增殖 |
| 2.3 转移载体与病毒QU共转染鸡胚成纤维细胞 |
| 2.4 表达绿色荧光蛋白的重组病毒Vgfp的筛选 |
| 2.5 病毒Vgfp基因组DNA与Cre酶质粒共转染鸡胚成纤维细胞 |
| 2.6 不表达绿色荧光蛋白的重组病毒Vlox的筛选 |
| 2.7 病毒Vlox基因组、pCre质粒和plndigoBAC-5质粒共转染CEF |
| 2.8 重组病毒Vbac的筛选 |
| 2.9 病毒Vbac的DNA转化细菌DH10B并提取质粒 |
| 2.10 质粒pVbac的感染性 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 转移载体的构建 |
| 3.2 重组病毒Vgfp的构建 |
| 3.3 重组病毒Vlox的构建 |
| 3.4 重组病毒Vbac的构建 |
| 3.5 病毒全基因组感染性BAC克隆的构建 |
| 4.分析与讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（5）Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定及其生物学特性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 综述 |
| 1 分类 |
| 2 形态学及理化特性 |
| 3 基因组结构 |
| 4 蛋白及其功能 |
| 5 病毒复制 |
| 6 腺病毒的流行病学与致病性 |
| 7 肿瘤原性 |
| 8 腺病毒载体 |
| 参考文献 |
| 研究内容 |
| 研究一 I 群禽腺病毒的分离与鉴定 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 3. 讨论 |
| 参考文献 |
| 研究二 禽腺病毒生物学特性研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（6）Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定和生物学特性研究及重组禽腺病毒的构建（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 目录 |
| 符号说明 |
| 第一部分 文献综述禽腺病毒研究进展 |
| 一:禽腺病毒的分类 |
| 二:禽腺病毒的分子生物学特性 |
| 三:禽腺病毒A群 |
| 四:鸭腺病毒A群 |
| 五:致病性和免疫性 |
| 六:禽腺病毒载体 |
| 参考文献 |
| 第二部分 研究内容 |
| 研究一 Ⅰ群禽腺病毒在禽群中的分布及其核酸序列特点 |
| 摘要 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 研究二 禽腺病毒生物学特性研究 |
| 摘要 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 研究三 晚期启动子控制的EGFP基因禽腺病毒转移载体及通用载体的构建 |
| 摘要 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 研究四 表达增强性绿色荧光蛋白基因(EGFP)重组FAVI-JS的构建 |
| 摘要 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 主要研究成果 |
| 致谢 |
（7）表达IBDV-VP2蛋白的重组禽Ⅰ型腺病毒（rFAv-VP2）的构建及纯化（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 符号说明 |
| 综述一 腺病毒载体研究进展 |
| 一、腺病毒分子生物学特性 |
| 二、腺病毒载体的构建基础 |
| 综述二 法氏囊病毒特性及基因工程疫苗研究进展 |
| 一、传染性法氏囊病毒的基因组结构及其编码蛋白的功能 |
| 二、病毒的抗原和毒力变异 |
| 三、传染性法氏囊基因工程疫苗的研究进展 |
| （一） 组活载体疫苗 |
| （二） 基因工程亚单位疫苗 |
| （三） 核酸疫苗 |
| （四） 应用杆状病毒表达系统研制IBDV 疫苗 |
| （五） 我国研究现状及展望 |
| 研究内容 表达IBDV-VP2 蛋白的重组禽1 型腺病毒（rFAVI-VP2）的构建及纯化 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 研究成果 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）DEV基因文库构建、核衣壳蛋白基因的发现及克隆与表达（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 文献综述 |
| 第一章 几种家禽疱疹病毒研究概况 |
| 第二章 病毒结构蛋白的功能及其体外表达优化策略 |
| 实验研究 |
| 第三章 DEV CHv株的增殖、提纯及其结构蛋白初步分析 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 |
| 第四章 DEV CHv株基因组 DNA的限制性内切酶分析 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 |
| 第五章 DEV基因文库构建及核衣壳蛋白基因的发现、克隆与鉴定 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 |
| 第六章 基于DEV核衣壳蛋白基因PCR方法的建立与应用 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 |
| 第七章 DEV核衣壳蛋白基因原核表达载体的构建 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 |
| 第八章 DEV重组核衣壳蛋白在大肠杆菌中的诱导表达及其抗原性初探 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 读书期间发表或参与发表论文情况 |
四、鹅源腺病毒基因组DNA物理图谱的构建（论文参考文献）
- [1]“矮败鲁麦15”基因组BAC文库的构建与筛选[D]. 齐娟. 山东农业大学, 2014(01)
- [2]鲤遗传—物理整合图谱的构建及鲤与斑马鱼的比较作图[D]. 赵兰. 大连海洋大学, 2013(11)
- [3]Ⅰ群禽腺病毒纤突knob区域基因序列同源性分析及病毒部分生物学特性研究[D]. 陈跃. 扬州大学, 2009(01)
- [4]鸭腺病毒1型病毒全基因组感染性BAC克隆的构建[D]. 孙锦. 山东师范大学, 2008(05)
- [5]Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定及其生物学特性研究[D]. 王小辉. 扬州大学, 2008(02)
- [6]Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定和生物学特性研究及重组禽腺病毒的构建[D]. 张明明. 扬州大学, 2008(02)
- [7]表达IBDV-VP2蛋白的重组禽Ⅰ型腺病毒（rFAv-VP2）的构建及纯化[D]. 杨用光. 扬州大学, 2006(03)
- [8]鹅源腺病毒基因组E3区的鉴定和分析[J]. 刘岳龙,秦爱建,金文杰,崔治中,叶建强,王彬,何秀苗. 中国预防兽医学报, 2005(06)
- [9]DEV基因文库构建、核衣壳蛋白基因的发现及克隆与表达[D]. 文明. 四川农业大学, 2005(08)
- [10]I群禽腺病毒江苏分离株（FAVI-JS）的分离鉴定[J]. 何秀苗,张科,秦爱建,金文杰,刘岳龙,陈溥言. 中国预防兽医学报, 2005(01)