一、NCBI的Entrez系统检索技巧（论文文献综述）
宋杨[1]（2021）在《Linkanno：整合的生物分子映射关系网络及组学数据注释的应用界面与接口》文中提出基因、转录本或蛋白质等生物分子的列表是组学数据分析的初步结果。然而对列表中生物分子的性质或特征的解读（例如分子结构、理化性质、生物学功能及其在疾病中的变异,以及不同生物分子之间的关系等）则依赖于积累和存储在分布式公共数据库中的生物医学知识。数据注释是将相关的知识/信息映射到列表中的生物分子上的过程,它已经成了组学数据分析流程中不可或缺的步骤。由于数据源的分散性和异质性的特征,导致了对现有知识/信息进行整合的迫切需求,以便解决数据冗余、语义歧义、冲突或内容不完整,以及目标数据库之间的标识符不兼容等数据问题。本研究构建了一个生物信息学工具Linkanno,该工具由后端知识库,前端Web界面和用于客户端应用程序的Restful API组成。本研究选取具有代表性的权威公共数据库,通过标识符交叉引用信息构建了生物分子映射关系网络。我们分别整合了HUGO Gene Nomenclature（HGNC）、Entrez Gene和Ensembl数据库中的基因注释信息,Ensembl和RefSeq数据库中的转录本注释信息,以及Ensembl、RefSeq和Swiss-Prot数据库中的蛋白质注释信息。通过使用图形数据库和HBase数据库技术优化了整合后的知识库的数据获取和存储性能。Linkanno（http://106.38.63.155:8013/）主要实现了两个功能,即通过标识符映射进行信息整合和数据注释,可以帮助用户搜索、浏览和下载他们感兴趣的分子注释和分子网络关系。
周泳屹[2]（2021）在《生命语言处理：基于深度学习与自然语言处理的基因序列拼接方法探究》文中研究表明目前主流的基因测序拼接技术是基于Overlap进行的,其中可能会引入一些简单的纠错方案,但这些简单地信息解读与基因序列所蕴含的复杂信息比起来,依然略显不足。而在合成基因方面,由于设计者需要把控整个转录、翻译的流程,复杂度更是不容小觑。与此同时,自然语言处理领域近年来受益于深度学习的影响,在语义理解、对话系统、机器翻译等方面均有了较为明显的进步。由于自然语言与基因序列的处理在特征提取、数学模型上存在着一些相似的地方,受此启发,我们尝试将深度学习与自然语言处理领域的一些算法提取出来,复用到基因序列的处理中,为生命语言的处理提供一个新的思路。在生物信息领域,现有基于深度学习的研究主题多为依托图像或者蛋白质序列信息进行的,而基于基因序列信息的研究较少。究其原因,基因序列信息较为底层,且序列信息相对于蛋白质序列而言,因长度原因难以使用类似多肽结构这样简洁的方式提取序列数据中的特征。本论文以基因拼接为切入点,从数据集设计、特征工程、建模分析、建立神经网络模型方面进行了尝试,从零到一地完成了整个算法流程。该工作中我们使用NCBI的基因数据进行了实验,并针对基因序列的特性进行了探讨、适配和优化,使得算法模型能在不依赖基因片段overlap的情况下,仅仅凭借语义信息就达到了 90%以上的拼接位点准确率,并且确定了算法的作用域为同属内相似的分类簇。
赵会敏[3]（2021）在《优雅蝈螽myosin 7a基因克隆及其功能分析》文中提出肌球蛋白（Myosin）是一类依赖于微丝的马达蛋白超家族,由N端的马达头部、颈部和C端尾部三部分组成。Myosin ⅦA是肌球蛋白Ⅶ家族的成员,在多种器官中表达,是一种“货物”转运蛋白。Myosin ⅦA也是纤毛和微绒毛的共同组成部分。优雅蝈螽（Gampsocleis gratiosa）在我国北方分布广泛,易于饲养,取材方便,是研究直翅目分子细胞生物学机制的良好材料。对优雅蝈螽Myosin ⅦA的功能分析不仅可以补充昆虫细胞发育研究的资料,还可以为直翅目昆虫生殖和消化排泄功能的研究及直翅目害虫的防治奠定分子基础。首先整理优雅蝈螽成虫转录组数据库,分析数据库中的肌球蛋白家族成员。以实验室前期测得的优雅蝈螽成虫转录组数据库为研究基础,从中检索肌球蛋白家族,利用NCBI Blastp在线比对,鉴定检索到的肌球蛋白。最终在转录组中鉴定出七种肌球蛋白基因,分别为:GgMyo1b、GgMyo5a、GgMyo6、GgMyo7a、GgMyo9a、GgMyo18a和GgMyo19。克隆GgMyo7a基因并对其进行生物信息学鉴定。GgMyo7a基因序列全长为8938 bp,含有1个编码1865个氨基酸的开放阅读框,分子量为216.18k D;GgMyosin ⅦA结构域:1个头部马达后紧随4个IQ基序的颈部;尾部结构域复杂,由2个重复的My TH4-FERM结构域串联构成,中间由SH3结构间开。GgMyosin ⅦA结构也与已知物种Myosin ⅦA结构一致。然后使用RNA干扰技术,对Myo7a进行mRNA水平的敲低。不同器官q PCR结果表明,Myo7a在精巢、消化器官（胃盲囊、中肠）及排泄器官（马氏管）的表达量较高。设计GgMyo7a目的片段对应的干扰片段,利用RNA干扰技术,将合成的Myo7a双链干扰RNA（dsmyo7a）进行体外注射。qPCR定量检测结果表明,dsmyo7a最适注射量为50μg;且注射dsmyo7a后,mRNA水平上,Myo7a的表达均下调,在第五天时Myo7a表达量最低,约下调80%。最后体外注射dsmyo7a,在细胞水平,通过石蜡切片H&E染色和PAS染色、冰冻切片免疫荧光染色、超薄切片铀-铅双染技术,观察分析RNA干扰后,敲低Myo7a目的片段后优雅蝈螽精子形成的影响,以及对消化道和马氏管上皮细胞微绒毛的影响。结果表明,优雅蝈螽精子形成八个时期中,干扰后的精细胞的细胞核、含有多糖类物质的顶体、微丝与微管均未观察到明显变化;干扰后的胃盲囊、中肠及马氏管上皮细胞微绒毛排布松散,边缘界限不连续;微绒毛单体的形态发生改变,膜也明显松散。同时,中肠的围食膜结构也遭到破坏。综合分析RNA干扰结果:RNA干扰后的消化道胃盲囊、中肠及马氏管上皮细胞微绒毛排布松散,边缘界限不连续,微绒毛单体形态发生改变。这表明Myosin ⅦA对消化道和马氏管上皮细胞微绒毛指状突起结构的维持有重要作用;透射电镜观察干扰后中肠上皮细胞微绒毛的横切面,发现微绒毛单体膜明显松散,进一步推测MYO7A可能是在微绒毛单体微丝与膜之间发挥作用。
黄沁梅[4]（2021）在《野菊镉响应基因CibZIP43及启动子的克隆与表达分析》文中进行了进一步梳理野菊（Chrysanthemum indicum）是菊科多年生草本植物,具有较高的药用、观赏及文化价值,具有较强耐寒耐旱性,对重金属污染土壤具有一定的修复能力。目前对于野菊的研究主要集中在其药用价值、挥发性物质成分、化学成分等方面,而对于通过基因工程及分子育种技术挖掘野菊的优良基因,以改良园林植物的抗逆性的研究还很少见。bZIP转录因子为植物中最大的转录因子调控家族之一,在植物生长发育、生物和非生物胁迫应答以及次生代谢产物合成等过程中发挥着重要作用。本研究对野菊镉胁迫转录组进行分析,挖掘野菊镉胁迫响应基因,对其抗性功能进行初步探索,主要研究结果如下:1.对野菊镉胁迫转录组进行分析,共筛选出41个CibZIP基因,构建野菊与拟南芥bZIP基因的系统进化树,41个野菊bZIP基因被划分为12个亚家族,与拟南芥的分类相似。对镉胁迫下的bZIP差异表达基因进行分析,发现有4个基因在根中上调表达,2个基因在根中下调表达,1个基因在叶中下调表达。综合对转录组的分析结果,选择TRINITYDN155816c0g1 进行克隆,并命名为CibZIP43。2.通过RT-PCR技术克隆得到CibZIP43。对CibZIP43进行生物信息学分析,结果表明其ORF全长为516 bp,编码171个氨基酸,属于不稳定蛋白,为亲水性蛋白,无跨膜结构,无信号肽,为非分泌蛋白。其蛋白结构以α螺旋及无规则卷曲为主,具有4个糖基化位点和19个磷酸化位点。将CibZIP43蛋白与其他同源物种进行多序列对比,并构建系统进化树,发现其与青蒿亲缘关系最近。在20 mg/L CdCl2处理下,CibZIP43基因表达量呈下降趋势,1 h时在叶片中表达量最低,8 h时在根中表达量最低。3.构建pBI121-CibZIP43-GFP植物表达载体,利用花序浸染法转化拟南芥。收获T1代种子播种于筛选培养基中筛选,获得阳性植株,进一步通过DNA鉴定获得转基因植株。4.通过染色体步移技术克隆得到CibZIP43基因上游启动子序列1900bp,顺式作用元件分析表明该基因启动子区域具有植物激素类响应元件、响应逆境胁迫的顺式作用元件、光响应元件以及植物生长发育调控元件。5.根据顺式作用元件位置,将启动子1900bp分为5段5’端缺失片段,分别命名为P（1900bp）、P1（1504bp）、P2（1046bp）、P3（585bp）、P4（246bp）,并替换PBI121-GUS载体上原有CaMV35s启动子。将构建好的5个载体及空载用注射法转化本氏烟草,并进行GUS染色。结果发现空载、P及P3染色较深,P1、P2、P4染色较浅,说明该启动子5段5’端缺失片段均有活性,且P和P3活性较强。
张婷[5]（2021）在《人单极纺锤体1（MPS1/TTK）在卵巢癌中的临床意义及生物学功能的研究》文中研究指明目的据2020年全球癌症统计报告显示,卵巢癌（ovarian cancer,0C）是世界范围内妇科恶性肿瘤的第二大死亡原因。虽然人们已经做了大量的工作来阐明其病因,但分子机制仍不清楚。为了鉴定卵巢癌发生和进展过程中的候选基因,利用生物信息学方法,筛选差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。其中人单级纺锤体 1（human monopolar spindle 1,MPS1）,也称丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸激酶（threonine and tyrosine kinase,TTK）表达情况与卵巢浆液性癌患者生存预后之间的关系及生物学功能并不明确。本课题旨在研究TTK表达与卵巢癌患者预后的关系及其在卵巢癌中的生物学功能。方法利用R语言从肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库获取362个卵巢癌病人和组织基因型表达（Genotype-Tissue Expression,GTEx）数据库中获取180个正常人的mRNA转录组数据。通过R语言中tidyverse软件包筛选差异表达基因（differentially expressed genes DEGs）,ggplot2 软件包对DEGs进行可视化,利用clusterProfiler软件包对筛选出的DEGs进行基因本体论（Gene Ontology,G0）功能注释和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析。利用检索相互作用基因的搜索工具（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING）构建蛋白-蛋白相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）。利用 Cytoscape 的分子复合物检测（Molecular Complex Detection,MC0DE）插件识别PPI网络的关键基因。通过对各关键基因的背景调查,最后确定所研究的目的基因TTK。通过基因表达谱分析（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA2）和Kaplan-Meier Plotter绘制目的基因TTK在各种肿瘤组织中的基因表达谱和在肺腺癌、食管癌、甲状腺癌、乳腺癌、宫颈鳞癌、子宫内膜癌病人中的生存曲线。使用GEPIA2分析TTK在卵巢癌和正常卵巢组织中的表达情况。通过Kaplan-Meier Plotter分析TTK与卵巢高级别浆液性癌（high grade serous ovarian cancer,HGS0C）患者预后的相关性。进一步以HGSOC为研究对象,收集山东大学齐鲁医院妇产科术前未进行先期化疗的HGS0C患者的肿瘤组织标本及临床病理学信息。采用免疫组化检测TTK蛋白在HGS0C中的表达水平,采用免疫组化染色结果的中位数为截断值,作为判定TTK高、低表达水平的界值。通过Fisher精确检验、Spearman相关系数、非参数秩和检验和Cox风险回归模型分析TTK表达水平与临床特征的关系以及TTK表达水平与患者生存预后的关系,从而研究TTK是否是卵巢浆液性癌的预后相关因子。通过定量逆转录 PCR（Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR）、Western Blot检测卵巢癌细胞系中TTK mRNA、蛋白质的表达情况。通过慢病毒转染HEY细胞系,构建过表达细胞系,小干扰RNA（Small interfering RNA,siRNA）转染SK0V3细胞系,从mRNA、蛋白质水平验证其转染效率后进行细胞增殖检测CCK-8实验、单克隆形成实验、EdU细胞增殖实验。所有实验均进行3次独立重复。数据使用均值±标准差来表示。应用GraphPad Prism 9.0.0,对于两组独立样本,使用独立样本t检验,多组样本符合正态分布,则采用方差分析,不符合正态分布采用非参数检验。结果1.共鉴定出996个DEGs基因,其中587个基因表达上调,409个基因表达下调。GO富集分析中细胞定位显示DEGs主要位于细胞间连接、含胶原的细胞外基质、紧密连接、角质套膜、高尔基顺面膜囊;分子功能主要集中在信号受体激活剂的活性、受体配体活性、丝氨酸水解酶活性、丝氨酸型内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性等;生物学过程中多调控表皮发育、核分裂、皮肤发育、染色体分离、角质化等。通路分析表明这些基因主要富集于介导钙信号通路、细胞周期、神经活动配体受体相互作用、胰腺分泌、PI3K-Akt信号通路等。选择PPI评分最高的第一组关键基因（hub gene）进行分析,共18个,通过国内外文献检索,分别进行背景调查,最终确定了所要研究的目的基因TTK。基于对数据库的分析显示TTK在绝大多数肿瘤中存在表达差异,且在肺腺癌、食管癌、甲状腺癌、乳腺癌、宫颈鳞癌、子宫内膜癌等肿瘤中表达情况与患者预后相关,高表达预后差,低表达预后好,而TTK在卵巢癌组织和正常卵巢组织中表达也具有差异。鉴于TTK在其他恶性肿瘤中与患者预后明显相关,且其抑制剂的开发及Ⅰ期临床实验的效果,显示了部分对抗肿瘤细胞微管形成药物增敏的作用以及肿瘤疫苗的研发,也更加速了 TTK在卵巢癌中研究的迫切需要,即TTK在卵巢癌中的表达情况、生物学功能以及与卵巢癌患者预后的具体情况还有待后续进一步验证。2.数据库中显示,在HGSOC的患者中,TTK表达量与患者的总生存期（overall survival,OS）无显着相关性（p=0.39）,风险比（hazard ratio,HR）为 1.07,95%置信区间（confidence interval,CI）为 0.92-1.25。免疫组化实验显示TTK蛋白染色范围为细胞浆和细胞核,但主要集中于细胞浆,高表达比例为42%（13/31）。TTK在HGSOC组织中蛋白表达明显高于对侧正常卵巢组织,Fisher精确检验结果表明TTK高表达和低表达两组在患者年龄、CA125水平、肿瘤最大直径、国际妇产科联合会（Federation International of Gynecology and Obstetrics,FIGO）分期、腹水、残留病灶、盆腔淋巴结状态、患者生存状态方面的差异不具有统计学意义（p均>0.05）。Spearman相关性分析示,TTK表达水平与患者年龄、肿瘤最大直径、残留病灶呈现负相关,与CA125水平、FIGO分期呈现正相关,但均不具有统计学意义（p均>0.05）。单因素Kaplan-Meier分析结果显示,TTK表达量（p=0.036）和FIGO分期（p=0.008）与HGSOC患者的OS显着相关。单因素COX回归分析同样显示,TTK表达量（p=0.044）、FIGO分期（p=0.030）与患者OS显着相关。而与患者年龄、CA125表达水平、肿瘤大小、是否伴有腹水,残余病灶、淋巴结转移和患者OS的相关性无统计学意义（p>0.05）。多因素COX回归分析结果示,FIGO分期对HGSOC患者的OS存在显着性影响（p=0.035）,HGSOC患者Ⅲ-Ⅳ期的死亡风险是Ⅰ-Ⅱ期的8.904倍,是其独立影响因素,TTK表达量不是HGSOC患者OS的独立影响因素。3.通过RT-PCR、Western Blot实验验证TTK在卵巢癌细胞系中mRNA、蛋白质的表达情况。慢病毒转染细胞,构建过表达细胞系,瞬时转染细胞来沉默基因TTK。在细胞增殖检测CCK-8实验、单克隆形成实验、EdU细胞增殖实验中可见:过表达TTK可明显促进细胞增殖,而沉默TTK对细胞增殖有显着的抑制作用。结论1.卵巢癌组织与正常卵巢组织表达的差异基因中,BIRC5、CDC20、TPX2、UBE2C、KIAA0101、TTK、MELK、TOP2A、DLGAP5、RRM2、AURKB、NEK2、HJURP、CEP55、PBK、MKI67、KIF18B、DEPDC1共18个基因是卵巢癌潜在的生物标志物。2.TTK基因在卵巢癌组织较正常组织中高表达。3.TTK高表达与患者不良预后相关。4.TTK高表达促进细胞增殖,低表达抑制细胞增殖。5.TTK可能参与了卵巢癌的癌变,极有可能成为卵巢癌诊断和治疗的候选靶点。
吴雅威[6]（2021）在《面向智库需求的智慧数据服务模式及服务能力评价研究》文中指出近年来,作为决策咨询机构的智库,一直受到政府机构和决策者的高度重视,一系列相关政策法规的出台与实施,更为智库的建设与发展指明了道路和方向。然而,由于缺少多源数据、智慧化技术手段和专业人才支持在一定程度上制约了智库的快速发展,迫切需要图书情报机构（以下简称图情机构）提供智慧数据服务以满足智库复杂需求。目前,大数据时代持续推动着图情机构服务模式发生重大变化,正在促使其由传统信息服务向智慧数据服务转型。因此,当前智库到底存在哪些智慧数据服务需求,图情机构面向智库需求应该采取何种智慧数据服务模式,以及如何提升智慧数据服务水平和服务能力已经成为目前图情机构亟需研究的重要问题。本文以数据管理理论、用户场景理论和质性研究理论等为基础,探讨了面向智库需求的智慧数据服务要素、服务模式、模式实现及服务能力评价体系问题。首先,分析并构建了智库的智慧数据服务需求及其模型,结合实际案例对面向智库需求的智慧数据服务要素及其特征进行分析,进而提出了面向智库需求的两类智慧数据服务模式,详细阐述了智慧数据服务模式的实现路径,并构建了面向智库需求的智慧数据服务能力评价体系,最终针对智慧数据服务模式与服务能力评价体系给予相应对策及建议。本文的主要研究内容包括以下6个方面:（1）我国智库的智慧数据服务需求分析。主要通过混合式研究方法分析了智库的数据资源管理现状与问题、智慧数据服务需求以及需求驱动因素。明确了智库的两个主要需求:多源数据服务需求（包括多源数据采集与处理等）、创新发展环境服务需求（包括图情机构职能与服务及技术工具与人才等）。智库的数据需求、场景环境和应用过程的变化,对图情机构的智慧数据服务提出了更高期望与要求。本章为后文分析并提出针对性的面向智库需求的智慧数据服务要素、服务模式、模式实现以及服务能力评价体系奠定了需求基础和研究框架。（2）面向智库需求的智慧数据服务要素及其特征。基于智库需求,通过文献调研、案例分析以及借鉴智慧数据服务相关实践经验,分析了面向智库需求的智慧数据服务关键要素及其特征,阐述各要素在智慧数据服务中的定位和作用。明确了以图情机构、智慧数据、智能化技术方法、智慧化平台、服务环境为5大关键要素,以及服务场景化、技术智能化和数据多源化3大特征。引用生态系统及其相关发展理论构建模型来剖析服务主体、客体、环境间的能量流动及关系,最终以南京师范大学图书馆为例,通过分析其面向智库需求的智慧数据服务过程及其服务要素与特征,验证前文所明确的关键要素,为后文研究奠定要素基础。（3）面向智库需求的智慧数据服务模式。基于智库需求,结合模式构建法提出了面向智库需求的两类智慧数据服务模式:其一,个性化推荐模式,主要探讨图情机构通过感知智库需求,融合多源数据、专家智慧、智能技术及用户需求精准识别等资源与服务,通过智慧数据服务平台与新媒体技术,最终实现场景化、精准化与个性化推送;其二,嵌入式服务模式,主要探讨以图情机构为主体,通过分散、兼职和旋转门等途径嵌入智库内部及其活动过程,将智慧数据服务与智库的数据采集、综合处理、成果传播推广等环节相融合,精准定位智库需求,提供多源数据采集、融合处理、人才支持和影响力塑造等针对性服务。（4）面向智库需求的智慧数据服务模式实现。根据智库需求和图情机构智慧数据服务模式的具体内容与流程,面向智库需求的智慧数据服务模式实现主要包括以下6个方面:智库的特征识别与需求确定;基于Data Commons的智慧数据服务平台构建;多源数据融合;智能化技术与工具融合与协同治理;基于专家系统的多源数据分析与应用;基于向量空间模型的场景化服务推荐,以此来实现面向智库需求的智慧数据服务模式,体现了智慧数据服务的新路径与新思想。（5）面向智库需求的智慧数据服务能力评价体系。以智库需求、智慧数据服务过程和智慧数据服务内容为评价依据,初步构建了包括多源数据、智能化技术与工具、智慧数据服务人员三个维度的智慧数据服务能力评价体系。再利用专家调查法、灰色系统理论和层次分析法完成指标优化和赋权,以验证指标的合理性、有效性和可行性,最终确定智慧数据服务能力评价体系。最终以天津社科院图书馆为案例进行实证研究,论证服务能力评价体系中各指标的有效性、科学性和应用性,以此为图情机构提升智慧数据服务能力与质量提供适当参考。（6）面向智库需求的智慧数据服务保障策略。以智慧数据服务要素、服务模式及服务能力评价为依据,考量涵盖智慧数据服务关键要素、优化智慧数据服务流程、改善智慧数据服务能力评价体系等方面制定保障策略。智慧数据服务保障策略具有明显的层次化特征,涵盖政策保障、数据保障、技术保障与人才保障等层次。其中,政策保障涵盖建立健全相关法律法规等;数据保障涵盖完善多源数据建设、融合、安全与开放保障机制等;技术保障涵盖完备智能化数据管理技术、方法与工具集体系构建等;人才保障涵盖智慧数据服务人才队伍建设等。通过构建面向智库需求的智慧数据服务模式,可以优化智库活动流程,提升智库的课题研究能力、决策支持服务质量和可持续发展动力,还可保障面向智库需求的智慧数据服务质量和水平,也为大数据时代下图情机构智慧数据服务研究体系提供理论启发与借鉴,拓展智慧数据服务的理论与应用范畴,推动智慧数据服务可持续性发展。此外,通过建立面向智库需求的智慧数据服务能力评价体系,可以评价图情机构的智慧数据服务能力,帮助其更清楚的认识优势与缺陷,根据评价体系优化服务流程,更好的服务智库。同时,为图情机构系统认知大数据时代下面向智库需求的智慧数据服务实现路径提供参考,继而有效引导图情机构从智库需求感知到服务模式构建再到服务能力评价的流程化视角来看待面向智库需求的智慧数据服务工作。
鄢宇芳[7]（2021）在《帕金森病相关的microRNAs与动脉粥样硬化的关联研究》文中提出目的:本项目拟通过高通量测序,生物信息学和体外实验等方法研究帕金森病（Parkinson Disease,PD）患者通过miRNA/m RNA发挥抗动脉粥样硬化（atherosclerosis,AS）作用,为PD和动脉粥样硬化的发病机制研究提供新视角。方法:以PD患者（n=6）与健康对照者（n=3）为研究对象,应用高通量测序技术检测两组外周静脉血的miRNAs表达谱,分析挑选显着差异表达的miRNAs,通过RT-PCR验证其表达结果后进行GO和KEGG功能富集分析。同时根据miRNA-m RNA的靶向结合关系,绘制显着差异表达的miRNAs与调控动脉粥样硬化的m RNAs的miRNA-m RNA调控网络图,选取调控靶基因数量最多的miRNA为Hub miRNA,对Hub miRNA调控的靶基因进行文献检索,从中选择与动脉粥样硬化密切相关的靶基因进行双荧光素酶报告基因检测实验。进一步进行体外实验,以PD细胞模型和动脉粥样硬化细胞模型（泡沫细胞）共培养为实验组（PD+AS组）,SH-SY5Y细胞与泡沫细胞模型共培养为对照组（AS组）,检测两组Hub miRNA和靶基因的表达量以及泡沫细胞中胆固醇酯的含量和泡沫细胞的活性,明确PD对Hub miRNA和其靶基因表达量的影响以及对泡沫细胞的调控作用。结果:与对照组相比,发现PD组存在9个表达量较高且显着差异表达的miRNA（Padj﹤0.05,∣log2Fold Change∣>1.5）,其中表达上调的有4个,分别是hsa-miR-550a-5p,hsa-miR-1294,hsa-miR-625-5p,hsa-miR-574-5p,表达下调的有5个,分别是hsa-miR-106a-5p,hsa-miR-193b-3p,hsa-miR-17-5p,hsa-miR-15a-5p,hsa-miR-16-5p。RT-PCR实验显示上述9个miRNA的表达量结果与测序结果趋势一致。GO功能富集分析结果表明,上调的miRNAs靶基因参与的生物功能主要集中在神经细胞,间质细胞,干细胞的发育和分化。下调的miRNAs靶基因主要集中在细胞周期阻滞,有丝分裂DNA及腺体发育。KEGG通路分析结果表明,上调的miRNAs主要涉及肾素分泌,P53信号通路,下调的miRNAs主要涉及PI3K-Akt信号通路,自噬,线粒体,内分泌抵抗和Hippo信号通路。PD显着差异表达的miRNAs和调控动脉硬化疾病的基因的miRNA-m RNA靶向调控网络分析结果显示,共有7个miRNA靶向31个m RNA,其中miR-106a-5p调控的靶基因最多,共22个,其次为miR-16-5p,共21个,接着为miR-17-5p,共19个。选取调控的靶基因最多的miR-106a-5p为Hub-miRNA,通过文献检索,发现miR-106a-5p调控的靶基因ABCA1与动脉粥样硬化密切相关。通过双荧光素酶报告基因检测实验明确miR-106a-5p与ABCA1具有靶向结合关系,进一步细胞共培养后的RT-PCR结果显示,PD+AS组的PD细胞中miR-106a-5p表达量较AS组低（P<0.05）,泡沫细胞中的miR-106a-5p表达量与AS组相比无统计学差异（P>0.05）,PD+AS组的PD细胞的ABCA1基因表达量较AS组高（P<0.05）。Western blot实验结果显示PD+AS组的PD细胞和泡沫细胞内的ABCA1蛋白表达量均较AS组高（P<0.05）。此外PD+AS组的泡沫细胞活性较AS组高（P<0.05）,而胆固醇酯含量较AS组低（P<0.05）。结论:PD可能通过miR-106a-5p/ABCA1发挥抗动脉粥样硬化作用。
卢贝[8]（2021）在《不同光质对草莓生长发育影响及FaHY5在品质形成中的作用》文中进行了进一步梳理草莓（Fragaria × anaanassa Duch.）属于蔷薇科草莓属,在世界小浆果生产中居首位。草莓植株体积小、果实生长周期短、遗传转化效率高等优势也使其成为水果中果实研究的模式植物。光环境是设施栽培中最重要的环境因子,光信号转导后引起内源激素变化而影响植物养分吸收、抗病抗逆性和新陈代谢等生命活动。目前我国草莓的种植主要以温室、大棚等设施栽培为主,设施栽培在我国仍处于早期发展阶段,存在很多限制因素,光照不足就是其中最显着的问题之一,影响草莓的光形态建成,果实的生长发育,易造成草莓果实品质差,产量低等严重问题。因此,探究设施栽培中不同光质对草莓生长发育的影响,以及光信号转导因子在草莓果实品质形成过程中的作用具有重要意义。本研究利用不同光质对设施栽培草莓进行补光,研究不同光质对草莓形态建成,果实品质形成的影响,并通过生物信息学分析,筛选光信号转导因子FaHY5,通过瞬时转化技术手段,探究其对草莓果实品质的影响。1.利用LED光源作为补光设备,设置红光、蓝光、紫外光、白光（对照）、红:蓝（3:1,不同颜色灯的数量比）、红:蓝（5:1）以及红:蓝（7:1）七个处理,以“红颜”草莓（‘Benihoppe’）品种为试验材料,对处理后的草莓形态指标、品质以及抗氧化酶活性等指标进行测定。结果表明:蓝光处理下草莓叶片数、光合色素合成、果实中维生素C及可溶性蛋白含量均为最高,但在一定程度上蓝光抑制了植物株高的伸长及CAT酶活性;红光更利于草莓株高、叶柄长、茎粗显着增长,果实可溶性固形物、可溶性糖的积累,及SOD、POD、APX等抗氧化酶活性的提升;紫外光处理下草莓形态指标、果实品质指标及抗氧化酶活性都不能达到理想的提升效果;红蓝组合光处理下,草莓植株形态指标有所优化,红:蓝（3:1）时,对叶柄长、茎粗的促进效果虽小于红光,但在株高、叶片数方面能达到最高水平,而当红光比例越高时,即红:蓝（7:1）下叶面积最大。经过对光质处理下果实相关各类指标的测定发现,红蓝复合光较单色光更有利于果实的生长发育及品质形成,红:蓝（7:1）时草莓果实单果重量最大,红:蓝（3:1）处理对可溶性糖、可溶性固形物等含量的提升作用最佳。综合研究结果,补光确实能够影响草莓生长发育情况以及草莓果实品质的形成,且利用红:蓝（3:1）对设施栽培草莓进行补光效果较好。2.进化树聚类分析结果显示FvHY5基因与拟南芥AtHY5高度同源,且基因结构相似,基因ID为LOC101314818。利用Plancare进行了顺式作用元件分析发现,FvHY5启动子上含有G-box、GT-1-box、I-box等多个光响应的作用元件。通过同源克隆,从八倍体草莓“红颜”中获得该基因cDNA序列长度为501 bp,命名为FaHY5,与FvHY5同源度高达99%。FaHY5在草莓各组织均有表达,花中表达水平最高,根部和果实中表达水平较低。FaHY5在草莓果实生长发育前期逐渐积累,后期表达水平规律降低,表明草莓果实生长发育前期是光形态建成的重要时期。对不同光质处理下FaHY5表达水平进行分析,结果显示FaHY5能够被蓝光、紫外光及红蓝组合光诱导,而红光对FaHY5表达影响较小。3.采用同源克隆方法克隆了光信号转导因子FaHY5基因,构建带有e-GFP报告基因的植物表达载体,通过瞬时转基因方法转化草莓果实,采用观察绿色荧光和检测目的基因表达量的方法鉴定转基因植物,并分析FaHY5基因过表达后草莓果实的生长发育、品质以及与成熟相关的基因表达量变化。结果显示:与空载对照和非转基因果实相比,FaHY5基因过表达可促进草莓果实成熟,果实中蔗糖、果糖、维生素C及花青素含量显着升高。草莓果实成熟相关基因的表达量受到不同程度调控,其中糖代谢基因FaSUS1/2、FaSPS2、FaSUT1,果实软化和色素相关基因FaEXP1、FaEXP3、FaXYL1、FaCHS,以及激素代谢基因FaJAZ1、FaJAZ2、FaJAZ8、FaMYC2、FaOPR3和FaPYL1、FaPYL8、FaPYL9表达量变化最明显。综合研究结果推测,FaHY5基因可能通过影响草莓果实中和成熟相关的糖代谢基因、果实软化基因以及激素代谢基因来调控草莓果实成熟及品质形成。
李婉婷[9]（2021）在《Hox基因Abd-B负调控家蚕脂肪体自噬的研究》文中研究表明Hox基因是动物中最古老和高度保守的基因之一,包含一个保守的DNA结构域Homeodomain,在控制形态和器官发生方面发挥重要的作用。Hox基因的功能与其表达模式密切相关,表达模式的破坏导致了发育缺陷和生理疾病。在家蚕的发育过程中,有30多个Hox基因突变体表现出明显的形态变化,如多腿或缺腿、丝腺异常、翅缺陷和触角发育异常。除了控制转录因子或信号分子外,Hox基因还抑制或促进基本的细胞过程。自噬（Autophagy）或称自体吞噬,是生物体通过溶酶体将自身结构分解的过程。该过程受到一系列基因的紧密调控,帮助有机体在有机物合成、降解以及内环境循环中保持动态平衡。细胞自噬对维持机体生长发育、控制疾病发生和调控机体其他的生理活动发挥着关键的作用。家蚕是一种具有较高经济价值的完全变态昆虫,其变态发育受到蜕皮激素（20E）、保幼激素（JH）和营养等多个信号通路的共同调控。在家蚕变态发育过程中,自噬发挥了重要的作用。在果蝇中过表达Hox基因Abd-A、Abd-B、Ubx和Dfd,有效地抑制了脂肪体发育性自噬,但是其具体的调控机制仍不清楚。本研究以家蚕脂肪体为研究对象,利用多种研究手段,分别在细胞水平、组织水平和个体水平深入揭示家蚕Hox基因Abd-B负调控脂肪体自噬的机制,从而为昆虫脂肪体发育调控提供理论指导。本文的主要研究结果如下:1.Hox基因Abd-A、Abd-B、Ubx和Antp在家蚕脂肪体的时空表达谱分析qPCR显示,家蚕Hox基因Abd-A、Abd-B,、Ubx和Antp在5龄3天不同的组织中表达,Abd-A和Abd-B在脂肪体中的表达量相对较高。四龄至蛾期脂肪体表达谱显示:Abd-A和Abd-B的表达呈现食桑期高而眠期和上簇期较低,其表达趋势与自噬相关基因的表达趋势相反。这些结果暗示了Abd-A和Abd-B可能参与调控脂肪体自噬相关基因的表达。2.注射20E导致Abd-A和Abd-B表达量下降,家蚕脂肪体自噬对5龄2天的家蚕注射20E,分别在注射后3小时、6小时、12小时和24小时检测20E下游基因、Abd-A和Abd-B的表达以及脂肪体自噬的情况。结果显示,注射20E后,Abd-A和Abd-B在mRNA和蛋白水平的表达下调,而自噬相关基因、Atg8的蛋白表达、酸性磷酸酶活性和溶酶体含量均有不同程度的上调。这些结果表明Abd-A和Abd-B可能参与调控自噬相关基因的表达。3.Abd-B抑制Atg5和Atg8基因的转录在线预测发现自噬关键基因Atg5和Atg8启动子区域包含多个Abd-A和AbdB结合的顺式调控元件。克隆Atg5和Atg8的启动子并连接到pGL3载体,与AbdA或Abd-B共转染BmE细胞。双荧光素酶活性分析显示,Abd-A对Atg5和Atg8启动子的活性没有影响,而Abd-B抑制了Atg5和Atg8启动子活性。进一步,构建Atg5和Atg8基因不同截短的启动子荧光素酶报告载体,与Abd-B共转染BmE细胞。双荧光素酶活显示,Abd-B显着抑制了Atg5启动子活性。当去除Atg5启动子-1542元件后,荧光素酶活性没有明显差异。与Atg5不同,Abd-B可以抑制不同Atg8启动子截短的活性。EMSA实验证明Abd-B分别与Atg5启动子上游的-1542元件和Atg8启动子上游的-267元件结合。总之,这些结果表明,Abd-B直接与Atg5启动子上游的-1542元件以及Atg8启动子上游的-267元件结合,抑制Atg5和Atg8基因的转录。4.βftz-F1抑制Abd-B基因的转录分析发现,Abd-B的时期表达谱与20E滴度呈相反的趋势。利用Jaspar数据库在线预测发现Abd-B基因启动子区域包含多个βftz-F1的结合元件。将Abd-B启动子的不同截短连接到双荧光素酶报告载体上,与βftz-F1的1180过表达载体共转染家蚕BmE细胞。双荧光素酶活显示,βftz-F1抑制了Abd-B启动子活性;当去除Abd-B启动子上游-2410元件后,荧光素酶活性没有明显差异。EMSA实验进一步证明βftz-F1与Abd-B启动子上游-2410元件直接结合,从而抑制Abd-B基因的转录。5.Hox基因Abd-B参与了饥饿诱导的家蚕脂肪体自噬已知饥饿处理诱导了家蚕脂肪体发生自噬。对5龄3天的家蚕进行饥饿处理,qPCR显示Atg等自噬相关基因的表达上调;饥饿处理组家蚕的脂肪体中溶酶体含量明显增多;9小时后,脂肪体中酸性磷酸酶活性以及Atg8表达明显增加,表明饥饿处理诱导了家蚕脂肪体自噬发生。同时,Abd-B在mRNA水平和蛋白水平的表达均下降。在Bm N细胞过表达Abd-B,饥饿处理显示,与对照相比,过表达AbdB导致自噬相关基因的表达下降,表明Abd-B参与了饥饿诱导的脂肪体自噬。
乔刚[10]（2021）在《灰霉菌胁迫下小立碗藓脂氧合酶基因家族抗病功能的初步探究》文中研究表明氧脂类化合物是一大类结构多样的氧化脂肪酸,其通过直接杀菌作用或产生防御信号物质参与植物抗病过程。氧脂类化合物通过脂肪酸氧化途径中的脂氧合酶（LOXs）途径催化产生。基于前期转录组数据发现小立碗藓感染灰霉菌的过程中LOX表达增强,由此推测其可能参与小立碗藓对灰霉菌的防御反应当中,目前关于小立碗藓中LOX在植物与病原菌互作中的作用机制相关研究尚未报道,本文以小立碗藓为研究材料,对LOX在小立碗藓与灰霉菌互作中的可能机制进行初步探究,得到以下结论:1.通过生物信息学分析发现小立碗藓含有脂氧合酶基因8个,蛋白氨基酸长度在640-840 aa之间;亚细胞定位显示:除了Pp Lox7定位在叶绿体,其它全部定位在细胞质;脂氧合酶大部分成员具有7-8个内含子,蛋白质的二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主要构成元件;小立碗藓脂氧合酶基因家族成员分散的分布在7条染色体上,并且进化关系显示脂氧合酶基因家族在进化过程中数目与功能不断发生进化。2.通过RT-PCR分析灰霉菌感染下小立碗藓脂氧合酶相关基因的转录水平发现:其中Pp Lox1、Pp Lox3分别在24h、6h与对照比较出现显着差异;PpLox2在48h、72h差异极显着;Pp Lox8在72h差异极显着,其它相关基因并未出现显着差异。3.去甲二氢愈创木酸（NDGA）在浓度5×10-3m M、浸泡时间3h时,对小立碗藓脂氧合酶活性的抑制效果约为50%。用其处理小立碗藓植株并接种灰霉菌3d后用台盼蓝染色,发现NDGA处理后细胞侵入菌丝数量相对野生型较多,通过菌丝相对定量也证实在接种第3d侵入菌丝数量约为野生型的3.5倍;通过番红对酚类物质染色发现经NDGA浸泡后植株叶片细胞壁间隙和叶脉染色程度相对野生型较深,说明在NDGA处理后植株体内酚类物质积累更多,推测LOX可能通过影响酚类物质的积累参与小立碗藓对灰霉菌的防御反应。4.检测两种植株（NDGA、WT）在接种灰霉菌（0h、6h、12h、24h、48h、72h）内的苯丙氨酸解氨酶（PAL）、查尔酮合酶（CHS）、肉桂醇脱氢酶（CAD）活性,结果显示:WT型植株在接种后PAL酶活先升高后,在12h最高,为186（OD290/min/g FW）;72h最低,为15（OD290/min/g FW）;经NDGA处理后小立碗藓植株PAL酶活在0～24h相对对照组显着降低。CHS酶活在NDGA处理后与对照组比较6～72h内显着降低,接种72h时降低了约40%。CAD酶活在NDGA处理后6～24h与对照组存在差异性。通过以上酶活的变化说明LOX可能通过影响苯丙烷类、黄酮类等物质合成参与小立碗藓对灰霉菌的防御反应。5.高效液相色谱分别测定两种材料在接种灰霉菌后SA与ABA含量的变化,结果表明经NDGA处理后小立碗藓体内SA、ABA含量在0～72h内相对对照组出现降低的趋势,而野生型相对对照组均有所增加。同时用上述两种激素分别处理经NDGA浸泡后的植株,植株表型有所恢复,菌丝数量减少、与野生型相似。ELISA检测ET的结果同样显示经NDGA处理后ET的释放量与对照组比较在6～48h差异极显着。说明LOX可能通过合成SA、ABA、ET三种信号物质来参与小立碗藓对灰霉菌的胁迫反应,增加植株对病原菌的抗性。6.构建PpLox2基因敲除载体,通过聚乙二醇介导的原生质体转化将基因敲除载体分别转化到小立碗藓原生质体中,得到PpLox2-PTN182突变体。综上,对小立碗藓LOX基因家族抗病机制的初步研究,为后续深入研究植物的抗病机制奠定基础。
二、NCBI的Entrez系统检索技巧（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、NCBI的Entrez系统检索技巧（论文提纲范文）
（1）Linkanno：整合的生物分子映射关系网络及组学数据注释的应用界面与接口（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 生物组学简介 |
| 1.2 数据注释 |
| 1.3 生物信息数据库简介 |
| 1.4 不同数据库标识符转换方法 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 系统设计与构建 |
| 2.1 研究方案 |
| 2.2 数据库筛选与下载 |
| 2.3 原始数据解析与本地化 |
| 2.4 构建含有注释数据的生物分子映射关系网络图 |
| 2.4.1 根据交叉引用信息构建标识符映射关系网络图 |
| 2.4.2 构建整合后的标识符映射关系网络图 |
| 2.4.3 含有注释数据的生物分子映射关系网络图的形成 |
| 2.5 构建web service |
| 2.6 构建RESTful API接口 |
| 第三章 结果与展示 |
| 3.1 数据库版本 |
| 3.2 数据统计 |
| 3.3 网页展示 |
| 3.4 通过RESTful API接口进行数据注释 |
| 3.5 预测结果比较 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介及攻读学位期间取得的研究成果 |
（2）生命语言处理：基于深度学习与自然语言处理的基因序列拼接方法探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 研究背景与意义 |
| 1.2 研究现状与存在的问题 |
| 1.3 主要贡献 |
| 1.4 本章小结 |
| 第2章 基因序列的特征工程 |
| 2.1 数据集描述与选取 |
| 2.1.1 NCBI与Genome数据 |
| 2.1.2 RefSeq Category |
| 2.2 自然语言处理中的特征工程 |
| 2.2.1 词语划分 |
| 2.2.2 词包模型 |
| 2.2.3 词嵌入 |
| 2.2.4 自然语言的语法 |
| 2.2.5 词语、语法在生命语言中的推广和难点 |
| 2.3 基于k-mer提取基因序列特征 |
| 2.3.1 引入k-mer的意义 |
| 2.3.2 K-mer在生命语言处理中的作用 |
| 2.4 基于annotation提取基因序列特征 |
| 2.4.1 Annotation的概念 |
| 2.4.2 Annotation在生命语言处理中的作用 |
| 2.5 基于n-gram划分基因序列片段 |
| 2.5.1 N-gram的概念 |
| 2.5.2 N-gram在生命语言处理中的作用 |
| 2.6 基于滑动窗口/固定间隔进行采样 |
| 2.6.1 K-mer分词的采样策略 |
| 2.6.2 N-gram分句的采样策略 |
| 2.7 本章小结 |
| 第3章 算法模型的结构及策略 |
| 3.1 建模分析与流程概述 |
| 3.2 词嵌入层(embedding layer) |
| 3.3 序列到序列的映射(seq2seq) |
| 3.3.1 总体架构 |
| 3.3.2 编码器、解码器与损失函数 |
| 3.3.3 注意力机制(attention mechanism) |
| 3.3.4 其他优化技巧 |
| 3.4 单对序列映射代价表 |
| 3.5 完整序列拼接策略 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 实验结果及分析 |
| 4.1 实验配置及技术方案选型 |
| 4.2 算法效果评价指标 |
| 4.2.1 单对序列片段顺序准确率 |
| 4.2.2 完整序列拼接位点准确率 |
| 4.3 基因序列特征工程和参数调优 |
| 4.3.1 K-mer特征划分及参数调优 |
| 4.3.2 注释信息特征划分及参数调优 |
| 4.4 Refseq分类对算法效果的影响 |
| 4.4.1 高质量数据之间的正交性 |
| 4.4.2 高质量数据的代表性与标注质量 |
| 4.5 算法的适用范围 |
| 4.5.1 算法在纲和属层级的效果 |
| 4.5.2 模型的跨属训练 |
| 4.6 小数据集下的算法调优 |
| 4.7 本章小结 |
| 第5章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.1.1 通用场景成果:对于生物信息序列的特征工程方法 |
| 5.1.2 特殊场景成果:基于深度学习的测序和合成基因方法 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
| 致谢 |
（3）优雅蝈螽myosin 7a基因克隆及其功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 肌球蛋白家族 |
| 1.1.1 肌球蛋白家族概述 |
| 1.1.2 肌球蛋白结构 |
| 1.1.3 肌球蛋白作用 |
| 1.2 Myosin ⅦA |
| 1.2.1 Myosin ⅦA概述 |
| 1.2.2 Myosin ⅦA研究进展 |
| 1.3 微丝与微管 |
| 1.4 RNA干扰 |
| 1.4.1 RNA干扰概述 |
| 1.4.2 RNA干扰机制 |
| 1.5 昆虫精子形成 |
| 1.6 昆虫消化及排泄器官 |
| 1.6.1 昆虫消化器官 |
| 1.6.2 昆虫排泄器官马氏管 |
| 1.6.3 上皮细胞微绒毛 |
| 1.7 研究目的及意义 |
| 第二章 优雅蝈螽成体转录组中肌球蛋白家族整理 |
| 2.1 优雅蝈螽成体转录组中肌球蛋白家族基因鉴定 |
| 2.1.1 检索优雅蝈螽成体转录组数据库肌球蛋白家族 |
| 2.1.2 差异转录组数据库中检索肌球蛋白家族表达量 |
| 2.2 优雅蝈螽成体转录组中肌球蛋白家族生物信息学分析 |
| 2.2.1 已经鉴定的肌球蛋白家族理化性质分析 |
| 2.2.2 优雅蝈螽转录组中肌球蛋白结构域预测 |
| 2.2.3 优雅蝈螽成体转录组中肌球蛋白的系统发育分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 优雅蝈螽myosin 7a基因克隆及序列分析 |
| 3.1 实验材料、仪器及试剂 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 仪器及试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 检索Myo7a基因序列 |
| 3.2.2 克隆Myo7a基因 |
| 3.2.3 序列分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 检索Myo7a基因序列 |
| 3.3.2 克隆GgMyo7a基因 |
| 3.3.3 序列分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 优雅蝈螽myosin7a基因的RNA干扰及其功能研究 |
| 4.1 实验材料、试剂及仪器 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 仪器与试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 qPCR检测Myo7a在不同器官中的表达 |
| 4.2.2 设计dsRNA目的片段 |
| 4.2.3 扩增目的片段 |
| 4.2.4 构建克隆载体 |
| 4.2.5 双酶切反应 |
| 4.2.6 构建干扰载体 |
| 4.2.7 合成及纯化ds RNA |
| 4.2.8 RNA干扰实验 |
| 4.2.9 RNA干扰对精子形成的影响 |
| 4.2.10 RNA干扰对消化排泄器官上皮细胞微绒毛的影响 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 qPCR检测Myo7a在不同器官中的表达 |
| 4.3.2 扩增目的片段 |
| 4.3.3 构建克隆载体及双酶切反应结果 |
| 4.3.4 构建干扰载体结果 |
| 4.3.5 dsRNA的合成与纯化 |
| 4.3.6 RNA干扰实验qPCR结果 |
| 4.3.7 RNA干扰对精子形成的影响 |
| 4.3.8 RNA干扰对消化排泄器官上皮细胞微绒毛的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介及攻读学位期间取得的研究成果 |
（4）野菊镉响应基因CibZIP43及启动子的克隆与表达分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 bZIP转录因子家族研究进展 |
| 1.1.1 bZIP转录因子结构及分类 |
| 1.1.2 bZIP转录因子的功能 |
| 1.2 植物启动子研究进展 |
| 1.2.1 启动子的结构 |
| 1.2.2 启动子的分类及功能 |
| 1.3 研究的目的与意义 |
| 1.4 技术路线 |
| 2 野菊镉胁迫下bZIP转录因子分析 |
| 2.1 试验方法 |
| 2.1.1 野菊bZIP转录因子筛选 |
| 2.1.2 野菊bZIP转录因子保守序列分析 |
| 2.1.3 野菊bZIP转录因子家族进化分析 |
| 2.1.4 野菊bZIP转录因子表达模式分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 野菊bZIP转录因子筛选 |
| 2.2.2 野菊bZIP转录因子保守序列分析 |
| 2.2.3 野菊bZIP转录因子家族进化分析 |
| 2.2.4 野菊bZIP转录因子表达模式分析 |
| 2.3 本章小结 |
| 3 野菊CibZIP43基因克隆与生物信息学分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 主要试剂及菌株 |
| 3.1.3 相关培养基及试剂配置 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 野菊总RNA的提取 |
| 3.2.2 cDNA合成 |
| 3.2.3 目的片段扩增反应 |
| 3.2.4 目的片段胶回收 |
| 3.2.5 中间表达载体的构建 |
| 3.2.6 转化大肠杆菌 |
| 3.2.7 阳性克隆筛选与鉴定 |
| 3.2.8 质粒提取 |
| 3.2.9 野菊CibZIP43基因生物信息学分析 |
| 3.2.10 野菊CibZIP43基因表达模式分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 野菊CibZIP43基因克隆 |
| 3.3.2 目的片段菌液PCR验证 |
| 3.3.3 野菊CibZIP43基因序列分析 |
| 3.3.4 野菊CibZIP43基因生物信息学分析 |
| 3.3.5 野菊CibZIP43基因表达模式分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 野菊CibZIP43基因对拟南芥的遗传转化 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 主要试剂及菌株 |
| 4.1.3 相关培养基及试剂配制 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 中间表达载体的构建 |
| 4.2.2 植物表达载体的构建 |
| 4.2.3 植物表达载体转化农杆菌 |
| 4.2.4 拟南芥的培养及对拟南芥的遗传转化 |
| 4.2.5 转基因拟南芥种子筛选 |
| 4.2.6 转基因拟南芥DNA鉴定 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 中间表达载体的构建 |
| 4.3.2 植物表达载体的构建 |
| 4.3.3 植物表达载体转化农杆菌 |
| 4.3.4 转基因拟南芥的筛选 |
| 4.3.5 转基因拟南芥分子水平检测 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 野菊CibZIP43基因启动子克隆及瞬时表达分析 |
| 5.1 试验材料 |
| 5.1.1 植物材料 |
| 5.1.2 主要试剂及菌株 |
| 5.1.3 相关培养基及试剂配制 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.2.1 野菊总DNA提取 |
| 5.2.2 引物设计与合成 |
| 5.2.3 CibZIP43基因上游调控序列克隆 |
| 5.2.4 CibZIP43基因启动子生物信息学分析 |
| 5.2.5 CibZIP43启动子及5'端缺失片段的瞬时表达载体的构建 |
| 5.2.6 植物瞬时表达载体转化本氏烟草 |
| 5.2.7 启动子活性检测 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 野菊CibZIP43启动子克隆 |
| 5.3.2 野菊CibZIP43启动子顺式作用元件分析 |
| 5.3.3 启动子5'端缺失片段的克隆及中间表达载体的构建 |
| 5.3.4 启动子5'端缺失片段植物瞬时表达载体的构建 |
| 5.3.5 植物瞬时表达载体转化农杆菌 |
| 5.3.6 植物瞬时表达载体对烟草的转化 |
| 5.4 本章小结 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学硕士学位论文修改情况确认表 |
（5）人单极纺锤体1（MPS1/TTK）在卵巢癌中的临床意义及生物学功能的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一部分 卵巢癌相关生物信息学分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 基本概念、生物信息学数据库及分析工具 |
| 2.2 生物信息学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 筛选卵巢癌和正常人卵巢组织中DEGs |
| 3.2 筛选出的DEGs进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析 |
| 3.3 筛选出的DEGs构建PPI网络 |
| 3.4 文献检索发现目的基因 |
| 3.5 GEPIA2绘制基因表达谱,Kaplan-Meier Plotter绘制生存曲线 |
| 3.6 TTK在卵巢癌中的表达 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分 TTK表达情况对浆液性卵巢癌患者预后的影响 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 Kaplan-Meier Plotter数据库获取资料 |
| 2.2 临床资料获取 |
| 2.3 免疫组化 |
| 2.4 结局指标 |
| 2.5 统计学方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三部分 TTK对卵巢癌细胞增殖功能的影响 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 TTK在卵巢癌细胞系中具有表达差异 |
| 3.2 对mRNA和蛋白水平进行细胞转染效果检测 |
| 3.3 TTK对卵巢癌细胞增殖能力的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 人单级纺锤体1在恶性肿瘤中的临床意义及研究进展 |
| 引言 |
| 1 TTK在肺癌中的研究进展 |
| 2 TTK在乳腺癌中的研究进展 |
| 3 TTK在结直肠癌中的研究进展 |
| 4 TTK在前列腺癌中的研究进展 |
| 5 TTK在胃癌中的研究进展 |
| 6 TTK在甲状腺癌中的研究进展 |
| 7 TTK在膀胱癌中的研究进展 |
| 8 TTK在脑胶质细胞瘤中的研究进展 |
| 9 TTK在子宫内膜癌中的研究进展 |
| 10 TTK在胆囊癌中的研究进展 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（6）面向智库需求的智慧数据服务模式及服务能力评价研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景与目的意义 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 研究目的 |
| 1.1.3 研究意义 |
| 1.2 国内外相关研究综述 |
| 1.2.1 图情机构智慧化资源管理与服务转型 |
| 1.2.2 图情机构智慧数据服务模式与服务体系 |
| 1.2.3 智慧数据服务能力及其评价 |
| 1.2.4 评述与分析 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.4 研究方法和技术路线 |
| 1.4.1 研究方法 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 1.5 创新点 |
| 第2章 相关概念与理论基础 |
| 2.1 相关概念 |
| 2.1.1 智库 |
| 2.1.2 智慧服务 |
| 2.1.3 智慧数据服务 |
| 2.1.4 面向智库需求的智慧数据服务 |
| 2.2 理论基础 |
| 2.2.1 数据管理理论 |
| 2.2.2 扎根理论 |
| 2.2.3 用户场景理论 |
| 2.2.4 灰色系统理论 |
| 第3章 我国智库的智慧数据服务需求分析 |
| 3.1 基于问卷调查的智库数据资源管理分析 |
| 3.1.1 调查问卷设计 |
| 3.1.2 调查对象与数据收集 |
| 3.1.3 结果分析 |
| 3.2 基于扎根理论的智库服务需求分析 |
| 3.2.1 研究对象与数据收集 |
| 3.2.2 范畴编码与检验 |
| 3.2.3 模型构建及分析 |
| 3.3 本章小结 |
| 第4章 面向智库需求的智慧数据服务要素与特征 |
| 4.1 面向智库需求的智慧数据服务过程 |
| 4.1.1 智库活动过程分析 |
| 4.1.2 面向智库需求的智慧数据服务过程分析 |
| 4.2 面向智库需求的智慧数据服务要素 |
| 4.2.1 图情机构主体 |
| 4.2.2 智慧数据 |
| 4.2.3 智慧化技术工具与方法 |
| 4.2.4 智慧数据服务平台 |
| 4.2.5 智慧数据服务环境 |
| 4.2.6 智慧数据服务要素之间关系 |
| 4.3 面向智库需求的智慧数据服务特征 |
| 4.3.1 数据多源性 |
| 4.3.2 技术智能性 |
| 4.3.3 服务场景化 |
| 4.4 案例分析 |
| 4.4.1 南京师范大学图书馆发展现状 |
| 4.4.2 南师大图书馆智慧数据服务分析 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 面向智库需求的智慧数据服务模式 |
| 5.1 面向智库需求的智慧数据服务模式概念和类型 |
| 5.1.1 面向智库需求的智慧数据服务模式的概念 |
| 5.1.2 面向智库需求的智慧数据服务模式的类型 |
| 5.2 面向智库需求的个性化推荐智慧数据服务模式 |
| 5.2.1 智库活动过程分析 |
| 5.2.2 智库需求感知 |
| 5.2.3 资源融合及服务集成 |
| 5.2.4 智能化推荐 |
| 5.2.5 案例分析 |
| 5.3 面向智库需求的嵌入式智慧数据服务模式 |
| 5.3.1 智库活动层 |
| 5.3.2 嵌入层 |
| 5.3.3 融合层 |
| 5.3.4 服务层 |
| 5.3.5 案例分析 |
| 5.4 本章小结 |
| 第6章 面向智库需求的智慧数据服务模式实现 |
| 6.1 智库特征识别与需求确定 |
| 6.1.1 智库特征识别 |
| 6.1.2 智库需求确定 |
| 6.2 基于Data Commons的智慧数据服务平台构建 |
| 6.2.1 Data Commons平台的概念和特点 |
| 6.2.2 Data Commons平台的目标与功能 |
| 6.2.3 Data Commons平台的架构设计 |
| 6.3 多源数据融合 |
| 6.3.1 多源数据融合架构 |
| 6.3.2 多源数据融合方法 |
| 6.4 智能化技术融合与协同治理 |
| 6.4.1 智能化技术融合与协同治理模式 |
| 6.4.2 基于协同治理的智能化技术融合过程 |
| 6.5 基于专家系统的智能情报分析 |
| 6.5.1 专家数据管理模块 |
| 6.5.2 专家在线咨询模块 |
| 6.5.3 专家智能推荐流程 |
| 6.6 基于向量空间模型的场景化服务推荐模型 |
| 6.6.1 场景化服务 |
| 6.6.2 场景化服务接受效用 |
| 6.6.3 场景化服务推荐模型 |
| 6.6.4 场景化服务推荐实验 |
| 6.7 本章小结 |
| 第7章 面向智库需求的智慧数据服务能力评价体系 |
| 7.1 智慧数据服务能力评价体系问题的提出 |
| 7.2 智慧数据服务能力评价体系的构建依据 |
| 7.3 智慧数据服务能力评价指标的选取与修正 |
| 7.4 智慧数据服务能力评价指标的阐释 |
| 7.5 智慧数据服务能力评价指标的优化与赋权 |
| 7.5.1 样本选择及问卷描述 |
| 7.5.2 评价指标的重要性和易获得性计算 |
| 7.5.3 评价指标优化 |
| 7.5.4 评价指标赋权 |
| 7.6 实证研究 |
| 7.6.1 研究方法 |
| 7.6.2 数据分析 |
| 7.6.3 结果分析 |
| 7.7 本章小结 |
| 第8章 面向智库需求的智慧数据服务保障策略 |
| 8.1 政府政策保障方面 |
| 8.2 图书情报机构服务主体保障方面 |
| 8.2.1 强化服务意识并挖掘智库需求 |
| 8.2.2 优化图情机构的智慧数据服务架构 |
| 8.2.3 建立并完善智慧数据服务能力评价体系 |
| 8.3 多源数据保障方面 |
| 8.3.1 加强智慧数据体系建设 |
| 8.3.2 建立一体化多源数据联动与反馈机制 |
| 8.4 智能化技术方法与工具保障方面 |
| 8.4.1 加强现代化数据技术的融合和应用 |
| 8.4.2 完善智慧数据服务平台功能和服务 |
| 8.5 智慧数据服务人才保障方面 |
| 8.5.1 完善我国图情机构学科馆员制度 |
| 8.5.2 提升智慧数据服务人员的创新服务能力 |
| 8.6 本章小结 |
| 第9章 研究结论与展望 |
| 9.1 研究结论 |
| 9.2 研究局限与展望 |
| 9.2.1 研究局限 |
| 9.2.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 研究成果 |
| 致谢 |
（7）帕金森病相关的microRNAs与动脉粥样硬化的关联研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 资料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.1.1 纳入标准 |
| 2.1.2 排除标准 |
| 2.2 主要实验试剂、器材和分析工具 |
| 2.2.1 主要实验试剂 |
| 2.2.2 主要实验仪器 |
| 2.2.3 主要分析工具 |
| 2.3 研究方法 |
| 2.3.1 基本资料和静脉血采集 |
| 2.3.2 外周血总RNA提取 |
| 2.3.3 总RNA浓度及纯度检测 |
| 2.3.4 文库构建和序列测定 |
| 2.3.5 信息分析 |
| 2.3.6 RT-PCR实验 |
| 2.3.7 双荧光素酶报告基因检测 |
| 2.3.8 动脉粥样硬化细胞模型(泡沫细胞)构建并鉴定 |
| 2.3.9 帕金森病细胞模型构建并鉴定 |
| 2.3.10 帕金森病细胞模型与泡沫细胞模型共培养 |
| 2.3.11 Western Blot实验 |
| 2.3.12 胆固醇含量测定 |
| 2.3.13 CCK-8 测定泡沫细胞活性 |
| 2.3.14 统计学方法 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 病例临床特点 |
| 3.2 样本总RNA质量检测 |
| 3.3 PD患者差异表达的miRNA |
| 3.4 RT-PCR验证测序结果 |
| 3.5 miRNAs的 GO功能富集和KEGG通路分析 |
| 3.6 miRNAs-m RNA靶向调控网络分析 |
| 3.7 体外实验验证PD通过miR-106a-5p/ABCA1 抗动脉粥样硬化 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 第6章 不足与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 综述 调控帕金森病的 microRNA 在动脉粥样硬化中的作用机制 |
| 参考文献 |
（8）不同光质对草莓生长发育影响及FaHY5在品质形成中的作用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 光质对植物生长发育的影响 |
| 1.1 光质对光合作用的影响 |
| 1.2 光质对植物形态建成和生物量的影响 |
| 1.3 光质对植物品质的影响 |
| 1.4 光质对延缓植物衰老的影响 |
| 2 光信号识别物质——光受体 |
| 2.1 光敏色素及其信号转导 |
| 2.2 隐花色素及其信号转导 |
| 2.3 UV-B受体及其信号转导 |
| 3 光信号转导因子HY5 |
| 4 LED光源优势及其在植物上的应用 |
| 5 研究意义 |
| 第二章 不同光质对设施栽培草莓生长发育的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 不同光质对温室草莓光合色素合成的影响 |
| 2.2 不同光质对温室草莓形态建成的影响 |
| 2.3 不同光质对草莓果实形态及品质的影响 |
| 2.4 不同光质对草莓果实抗氧化物质的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 不同光质对温室草莓光合色素合成的影响 |
| 3.2 不同光质对温室草莓形态建成的影响 |
| 3.3 不同光质对草莓果实形态及品质的影响 |
| 3.4 不同光质对延缓草莓衰老的影响 |
| 第三章 草莓光信号转导因子FaHY5的筛选与表达分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 植物材料 |
| 1.1.2 实验仪器 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 草莓FabZIPs基因的获取及理化性质预测 |
| 1.2.2 草莓FabZIPs基因系统进化分析与序列比对分析 |
| 1.2.3 RNA的提取 |
| 1.2.4 反转录以及cDNA检测 |
| 1.2.5 FaHY5 qRT-PCR引物设计 |
| 1.2.6 实时荧光定量分析基因表达 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 草莓光响应基因HY5的筛选 |
| 2.2 草莓HY5光响应顺式元件分析 |
| 2.3 草莓光响应基因FaHY5的序列分析 |
| 2.4 草莓光响应基因FaHY5的组织表达模式 |
| 2.5 草莓光响应基因FaHY5的光响应表达模式分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 草莓光响基因HY5的筛选 |
| 3.2 FaHY5的组织表达模式及光响应表达模式探究 |
| 第四章 光信号转导因子FaHY5基因克隆与瞬时转化验证 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 植物材料 |
| 1.1.2 实验试剂 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 质粒转化大肠杆菌步骤 |
| 1.2.2 冻融法转化农杆菌 |
| 1.2.3 溶液和培养基的配制 |
| 1.2.4 目的基因扩增和载体构建 |
| 1.2.5 瞬时转化菌液的制备 |
| 1.2.6 瞬时转化菌液注射方法 |
| 1.2.7 荧光定量引物设计 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 光响应基因FaHY5的克隆与载体构建结果分析 |
| 2.2 FaHY5在果实中的瞬时转化结果分析 |
| 2.3 过表达果实品质检测 |
| 2.4 草莓成熟、品质相关基因表达量变化分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 FaHY5过表达对草莓果实生长发育及品质的影响 |
| 3.2 过表达FaHY5对草莓果实中成熟相关基因的影响 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（9）Hox基因Abd-B负调控家蚕脂肪体自噬的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 Hox基因的概述 |
| 1.1.1 Hox基因的简介 |
| 1.1.2 Hox基因的结构 |
| 1.1.3 Hox基因的功能 |
| 1.2 细胞自噬概述 |
| 1.2.1 细胞自噬 |
| 1.2.2 自噬信号通路 |
| 1.3 调控自噬的信号通路 |
| 1.3.1 营养信号 |
| 1.3.2 胰岛素/生长因子途径 |
| 1.3.3 能量信号 |
| 1.3.4 其他调控通路 |
| 1.4 家蚕中自噬的研究现状 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究目的与意义 |
| 2.3 研究内容 |
| 2.4 技术路线 |
| 第3章 家蚕Abd-A、Abd-B、Ubx和 Antp的时空表达谱分析 |
| 3.1 实验材料、仪器、试剂及引物 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 使用仪器 |
| 3.1.3 使用试剂 |
| 3.1.4 主要溶液制备 |
| 3.1.5 定量引物 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 RNA抽提 |
| 3.2.2 RNA反转录 |
| 3.2.3 定量PCR |
| 3.2.4 Western blot |
| 3.2.5 Lyso Tracker-Green染色 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 Abd-A、Abd-B、Ubx和 Antp的组织表达谱 |
| 3.3.2 Abd-A、Abd-B、Ubx和 Antp的时期表达谱 |
| 3.3.3 Abd-A和 Abd-B下调的时间与发育性自噬的发生时间一致 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 Hox基因Abd-B调控家蚕脂肪体自噬的机制研究 |
| 4.1 实验材料、仪器、试剂及引物探针 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 使用仪器 |
| 4.1.3 使用试剂 |
| 4.1.4 主要溶液制备 |
| 4.1.5 引物和探针 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 启动子载体的构建 |
| 4.2.2 超纯质粒提取 |
| 4.2.3 质粒双酶切 |
| 4.2.4 细胞培养和传代 |
| 4.2.5 细胞转染 |
| 4.2.6 酶活测定 |
| 4.2.7 RNA抽提 |
| 4.2.8 反转录 |
| 4.2.9 定量PCR |
| 4.2.10 Western blot |
| 4.2.11 核蛋白提取 |
| 4.2.12 EMSA实验 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 L5D2 家蚕注射20E后下游基因的mRNA表达水平 |
| 4.3.2 L5D2 家蚕注射20E后 Abd-A和 Abd-B的蛋白表达情况 |
| 4.3.3 L5D2 家蚕注射20E后的自噬情况 |
| 4.3.4 Atg5和Atg8 基因启动子相关载体的构建 |
| 4.3.5 Abd-A和/或 Abd-B对 Atg5或Atg8 全长启动子活性的影响 |
| 4.3.6 Abd-B对 Atg5 启动子不同截短活性的影响 |
| 4.3.7 Abd-B对 Atg8 启动子不同截短活性的影响 |
| 4.3.8 EMSA |
| 4.4 小结 |
| 第5章 20E下游因子βftz-F1 调控家蚕Abd-B的机制研究 |
| 5.1 实验材料、仪器、试剂及引物探针 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 使用仪器 |
| 5.1.3 使用试剂 |
| 5.1.4 引物和探针 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 载体的构建 |
| 5.2.2 超纯质粒提取 |
| 5.2.3 细胞的培养和传代 |
| 5.2.4 细胞转染 |
| 5.2.5 酶活测定 |
| 5.2.6 核蛋白提取 |
| 5.2.7 EMSA实验 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 Abd-B基因启动子pGL3-Abd-B-2482/+1 载体的构建 |
| 5.3.2 Abd-B基因启动子不同截短载体的构建 |
| 5.3.3 1180-βftz-F1 载体的构建 |
| 5.3.4 βftz-F1对Abd-B启动子不同截短的活性影响 |
| 5.3.5 EMSA |
| 5.4 小结 |
| 第6章 Hox基因Abd-B参与饥饿处理引发的自噬 |
| 6.1 实验材料、仪器及试剂 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 使用仪器 |
| 6.1.3 使用试剂 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 细胞饥饿 |
| 6.2.2 Lyso Tracker-Green染色 |
| 6.2.3 RNA提取 |
| 6.2.4 反转录 |
| 6.2.5 定量PCR |
| 6.2.6 Western blot |
| 6.2.7 酸性磷酸酶活性测定 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.3.1 L5D3 家蚕饥饿处理后脂肪体的自噬情况 |
| 6.3.2 L5D3 饥饿处理后家蚕脂肪体中Abd-B的表达情况 |
| 6.3.3 饥饿处理过表达Abd-B的 Bm N细胞后的自噬情况 |
| 6.4 小结 |
| 第7章 综合与讨论 |
| 7.1 Hox基因Abd-A和 Abd-B与自噬相关基因的表达趋势相反 |
| 7.2 Hox基因Abd-B调控家蚕自噬的机制研究 |
| 7.3 20E下游因子βftz-F1 调控Abd-B的机制研究 |
| 7.4 Hox基因Abd-B参与饥饿处理引发的自噬 |
| 论文创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 英文缩写一览表 |
| 在读期间发表论文及参与课题 |
| 致谢 |
（10）灰霉菌胁迫下小立碗藓脂氧合酶基因家族抗病功能的初步探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1.1 氧脂(oxylipins)类化合物及其抗病功能 |
| 1.1.1 氧脂类化合物具有直接杀菌作用 |
| 1.1.2 氧脂类化合物是与防御有关的信号类分子 |
| 1.2 维管束植物脂氧合酶(LOX)的研究进展 |
| 1.2.1 LOX与植物抗病的关系 |
| 1.2.2 LOX参与植物抗病的机制 |
| 1.2.2.1 LOX的表达与氧脂化合物的产生直接相关 |
| 1.2.2.2 LOX与植物激素的关系 |
| 1.2.2.3 LOX与防御基因表达的关系 |
| 1.3 小立碗藓脂氧合酶的研究现状 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 1.5 技术路线图 |
| 第一章 小立碗藓脂氧合酶基因家族生物信息学分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料及仪器 |
| 1.2 小立碗藓脂氧合酶基因家族成员的确定 |
| 1.3 小立碗藓脂氧合酶基因家族成员的蛋白质理化性质及亚细胞定位 |
| 1.4 小立碗藓脂氧合酶基因家族成员蛋白的二级结构预测 |
| 1.5 小立碗藓脂氧合酶基因家族系统发育树的构建 |
| 1.6 小立碗藓脂氧合酶基因家族成员保守结构域及内外显子分析 |
| 1.7 小立碗藓脂氧合酶基因染色体定位 |
| 1.8 小立碗藓脂氧合酶基因表达量分析 |
| 1.9 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 小立碗藓脂氧合酶基因家族成员蛋白序列的确定 |
| 2.2 小立碗藓脂氧合酶基因家族蛋白质理化性质及亚细胞定位 |
| 2.3 小立碗藓脂氧合酶基因家族蛋白的二级结构预测 |
| 2.4 小立碗藓脂氧合酶基因家族系统进化关系分析 |
| 2.5 小立碗藓脂氧合酶基因保守结构域及内外显子分析 |
| 2.6 小立碗藓脂氧合酶基因基因家族染色体定位 |
| 2.7 小立碗藓脂氧合酶基因表达分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 小立碗藓LOX基因家族生物信息学分析 |
| 3.2 LOX基因家族成员接种灰霉菌后的转录表达 |
| 第二章 小立碗藓脂氧合酶有效抑制剂的筛选 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 材料、仪器及试剂 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 实验试剂及配方 |
| 1.1.3 常用培养基 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 脂氧合酶酶活的测定 |
| 1.2.2 灰霉菌孢子悬浮液制备 |
| 1.2.3 植物总DNA的提取 |
| 1.2.4 植物胞内菌丝相对定量分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 脂氧合酶有效抑制剂的筛选 |
| 2.2 抑制剂处理对灰霉菌感染行为的影响 |
| 3 讨论 |
| 第三章 小立碗藓LOX参与防御反应机制的初步研究 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验仪器与试剂 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 酚类物质的染色 |
| 1.2.2 小立碗藓查尔酮合酶(CHS)酶活的测定 |
| 1.2.3 小立碗藓苯丙氨酸解氨酶(PAL)酶活的测定 |
| 1.2.4 小立碗藓肉桂醇脱氢酶(CAD)酶活的测定 |
| 1.2.5 小立碗藓水杨酸(SA)含量测定 |
| 1.2.6 .小立碗藓脱落酸(ABA)含量测定 |
| 1.2.7 小立碗藓乙烯(ET)含量的测定 |
| 1.2.8 脱落酸(ABA)与水杨酸(SA)对植株的恢复 |
| 2 实验结果分析 |
| 2.1 小立碗藓酚类物质的染色 |
| 2.2 小立碗藓查尔酮合酶(CHS)酶活分析 |
| 2.3 小立碗藓苯丙氨酸解氨酶(PAL)酶活分析 |
| 2.4 小立碗藓肉桂醇脱氢酶(CAD)酶活分析 |
| 2.5 小立碗藓水杨酸(SA)含量的分析 |
| 2.6 小立碗藓脱落酸(ABA)含量的分析 |
| 2.7 脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)对植株表型的恢复 |
| 2.8 小立碗藓乙烯(ET)含量的分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 灰霉菌胁迫下小立碗藓LOX与信号物质的关系 |
| 3.2 灰霉菌胁迫下小立碗藓LOX与其它防御基因的关系 |
| 第四章 小立碗藓PpLox2敲除转化株的构建 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 实验试剂 |
| 1.1.2 实验仪器 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 PpLox2敲除载体的构建 |
| 1.2.1.1 目的基因的获取 |
| 1.2.1.2 PpLox2目的基因的克隆 |
| 1.2.1.3 PpLox2-PTN182敲除载体的构建 |
| 1.2.2 PEG介导小立碗藓原生质体转化 |
| 1.2.2.1 原生质体制备 |
| 1.2.2.2 转基因片段的获取 |
| 1.2.2.3 PEG介导原生质体转化 |
| 1.2.2.4 转化子的筛选 |
| 2 结果分析 |
| 2.1 Pplox2敲除载体的构建 |
| 2.2 PEG介导的原生质体转化 |
| 3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 实验试剂及培养基 |
| 致谢 |
| 攻读博士/硕士学位期间主要研究成果 |
四、NCBI的Entrez系统检索技巧（论文参考文献）
- [1]Linkanno：整合的生物分子映射关系网络及组学数据注释的应用界面与接口[D]. 宋杨. 河北大学, 2021(09)
- [2]生命语言处理：基于深度学习与自然语言处理的基因序列拼接方法探究[D]. 周泳屹. 中国科学院大学(中国科学院深圳先进技术研究院), 2021(09)
- [3]优雅蝈螽myosin 7a基因克隆及其功能分析[D]. 赵会敏. 河北大学, 2021(09)
- [4]野菊镉响应基因CibZIP43及启动子的克隆与表达分析[D]. 黄沁梅. 东北林业大学, 2021(08)
- [5]人单极纺锤体1（MPS1/TTK）在卵巢癌中的临床意义及生物学功能的研究[D]. 张婷. 山东大学, 2021(12)
- [6]面向智库需求的智慧数据服务模式及服务能力评价研究[D]. 吴雅威. 吉林大学, 2021(01)
- [7]帕金森病相关的microRNAs与动脉粥样硬化的关联研究[D]. 鄢宇芳. 南昌大学, 2021(01)
- [8]不同光质对草莓生长发育影响及FaHY5在品质形成中的作用[D]. 卢贝. 扬州大学, 2021(09)
- [9]Hox基因Abd-B负调控家蚕脂肪体自噬的研究[D]. 李婉婷. 西南大学, 2021(01)
- [10]灰霉菌胁迫下小立碗藓脂氧合酶基因家族抗病功能的初步探究[D]. 乔刚. 贵州师范大学, 2021(09)