一、北京4家医院临床分离的肠球菌株的耐药性分析（论文文献综述）
潘思宇[1]（2021）在《猫源肠球菌药物敏感性检测及多重耐药株Jay1全基因组测序分析》文中提出肠球菌广泛分布于人和动物的胃肠道及自然环境中,是一种重要的条件致病菌,该菌已对常用抗菌药物呈现不同程度耐药性,不但为兽医临床的抗感染治疗造成了困难,还严重威胁公共卫生安全。研究表明,粪肠球菌和屎肠球菌可作为耐药基因的储存库,有利于耐药基因水平传播,但有关猫源肠球菌的耐药性及其耐药菌基因环境的研究还鲜有报告。为此,本研究拟对长春市部分宠物医院猫源肠球菌进行耐药表型及耐药基因型研究,以期为猫源肠球菌耐药机制的深入研究及兽医临床科学合理使用抗菌药物奠定基础。主要研究内容如下:1.猫源肠球菌的分离鉴定与药物敏感性检测针对长春市部分动物医院采集的240份猫粪便样本进行肠球菌的分离鉴定,通过革兰染色、16S r DNA测序分析等方法共分离获得46株肠球菌（28株粪肠球菌和18株屎肠球菌）。对分离菌进行药物敏感性检测,结果显示分离菌对庆大霉素、四环素、红霉素耐药率较高,分别为89.1%、71.7%和73.9%;同时分离菌对青霉素G、环丙沙星,诺氟沙星,左氧氟沙星、氟苯尼考也呈不同程度耐药性,耐药率分别为34.8%、23.9%、23.9%、23.9%和8.7%;部分分离菌具有多重耐药性,其中以三重、四重耐药性最多;分离菌仅对利奈唑胺、万古霉素敏感。2.猫源肠球菌耐药基因及靶位检测分析耐药基因检测结果显示,分离菌均携带bla TEM、aad D耐药基因,可介导对β-内酰胺类、氨基糖苷类药物耐药;部分分离菌携带vat E、mex I、tet（O）等耐药基因,可介导对大环内酯、四环素类等药物耐药;对11株耐氟喹诺酮类药物菌株的药物靶位进行检测,结果显示分离菌存在三种不同突变类型,其中10株菌存在gyr A位点氨基酸突变（V85I）;同时筛选获得一株多重耐药株Jay1,其携带的耐药基因盒含bla P1b、dfr A16、aad A1、aac（6’）Ib-cr、cat B3、cml A1和aar-3等多种耐药基因,可介导对甲氧苄啶、β-内酰胺类、氨基糖苷类等药物耐药。3.多重耐药菌株Jay1全基因组测序及耐药环境分析采用ONT测序平台对筛选获得的多重耐药菌株Jay1进行全基因组测序及分析,结果显示Jay1株基因组携带25个耐药基因,13个基因岛和3个质粒。其中质粒Contig00003存在一个15kb的多药耐药基因簇及一个新型可转移元件IME,该元件携带3种耐药基因（erm B、Aph（3’）-IIIa、dfr G）,可分别介导对大环内酯类、氨基糖苷类和甲氧苄啶药物耐药,同时该可移动元件可借助T4SS进行水平转移,存在耐药基因传播的风险。综上,本研究从猫粪便中成功分离得到46株肠球菌,分离菌对庆大霉素、四环素、红霉素、青霉素G、环丙沙星,诺氟沙星和左氧氟沙星等抗菌药物耐药率较高。此外,多重耐药株Jay1全基因组测序结果表明,质粒携带的可移动元件对于介导临床常用抗生素耐药及耐药基因水平转移具有重要意义,应引起足够重视,上述研究结果可为防治宠物肠球菌感染和指导临床用药提供实验依据。
商艳红[2]（2019）在《耐药基因optrA和lsa（E）在猪源肠球菌和链球菌中流行及传播机制的研究》文中认为随着抗生素在兽医临床的广泛应用,一些滥用现象也开始频繁出现,细菌的耐药性正在朝着高耐药率、多重耐药的方向发展。食品动物源耐药细菌可能通过食物链传递给人类,从而影响人类健康。恶唑烷酮类药物利奈唑胺是治疗MRSA和CoNS感染的特效抗菌药物,被誉为继万古霉素后抗菌药物的“最后一道防线”。2006年发现cfr基因可介导利奈唑胺耐药。尽管新批准的恶唑烷酮类药物泰地唑利可有效治疗cfr阳性菌株引起的感染,但是新型耐药基因optrA可对包括泰地唑利在内的恶唑烷酮类（医学临床用）和酰胺醇类药物（兽医临床用）耐药。lsa（E）基因通过编码ABC转运蛋白介导对林可霉素、截短侧耳素、链阳菌素A耐药。革兰氏阳性菌如肠球菌和链球菌,一方面是多种耐药基因的重要贮库,另一方面也可引起人和动物的多种感染。因此,研究optrA和lsa（E）基因在猪源肠球菌和链球菌中的流行和传播机制具有重要意义。本研究以241株猪源肠球菌和237株猪源链球菌为研究对象,对其所携带optrA和lsa（E）的情况进行调查。通过药物敏感性检测、接合试验,电转化试验、全基因组学测序及分析等对猪源肠球菌和链球菌中的optrA和lsa（E）基因进行定位及传播机制研究。取得的主要结果如下:一、共分离鉴定241株猪源肠球菌。所有菌株可分四个种,其中粪肠球菌最多,其余依次为屎肠球菌、铅黄肠球菌和鹑鸡肠球菌。对所有肠球菌进行PCR扩增,检测其携带optrA和lsa（E）基因的情况。optrA基因阳性菌株为61株,检出率为25.3%（61/241）;lsa（E）基因阳性菌株为34株,检出率为14.1%（34/241）;optrA和lsa（E）共阳性的菌株的菌株共有15株,占比6.2%（15/241）。对阳性菌株进行药敏试验,所有菌株对万古霉素敏感,但对氯霉素,氟苯尼考和红霉素呈现高水平耐药。二、共分离鉴定237株猪源链球菌,检测其携带optrA和lsa（E）基因的情况。PCR检测结果显示,optrA基因阳性菌株共28株,检出率为11.8%（28/237）,lsa（E）基因阳性菌株共34株,检出率为14.3%（34/237）。optrA和lsa（E）共阳性的菌株6株,占比2.5%（6/237）。对阳性菌株进行药敏试验,所有菌株均对万古霉素均敏感,但对氯霉素,氟苯尼考,红霉素,庆大霉素,大观霉素等呈现高水平耐药。三、为进一步明确质粒和转座子在猪源肠球菌optrA和lsa（E）基因水平传播中的作用,全基因组学测序成功地在2株猪源肠球菌（E508、E211）中获得了3个optrA基因阳性质粒的全序列,分别命名为pE508-1,pE211-1和pE211-2。在2株猪源肠球菌（E508、E211）中分别获得了2个lsa（E）基因阳性质粒的全序列,分别命名为pE508-2和pE211-2。其中,pE211-2中optrA和lsa（E）共阳性。optrA基因的遗传环境分析显示,该基因位于一个两端含有同向重复序列的IS1216组成的一个复合转座子内。lsa（E）基因的遗传环境分析显示,该基因位于一个两端含有同向重复序列的的非常规环状结构（unconventional circularizable structure,UCS）内。接合试验显示,optrA和lsa（E）基因可以单独发生转移,也可发生共转移。共转移的机制存在两种:（1）optrA和lsa（E）基因共同位于一个接合质粒上;（2）optrA和lsa（E）基因分别位于两个不同接合质粒上,但这两个质粒可同时发生水平转移。四、为进一步明确ICESa2603型转座子和噬菌体在猪源链球菌optrA和lsa（E）基因水平传播中的作用,全基因组学测序成功地获得2株猪源链球菌的全基因组序列（SC181和SC216）,全基因组学分析表明,SC181中optrA基因位于一个约50Kb的新型噬菌体上,其侧翼区由两端含有同向重复序列的IS1216组成,推测optrA基因可能通过IS1216介导的重组,插入到噬菌体上。环状中间体分析进一步证实了该假设。lsa（E）基因位于约79Kb的ICESa2603型转座子上。这也是首次发现lsa（E）基因可由链球菌ICESa2603型转座子携带。SC216中optrA位于ICESa2603型转座子ICESsuSC216（53.020kb）,lsa（E）位于一个约70Kb的新型噬菌体上。综上所述,optrA和lsa（E）基因在猪肠球菌和链球菌中已存在着一定程度的流行,这些耐药基因的出现和流行必然限制了恶唑烷酮类、链阳霉素A类（医学临床用）、酰胺醇类、截短侧耳素类（兽医临床用）和林可胺类（医学和兽医临床用）等药物的使用效果。接合型质粒可能是optrA基因和lsa（E）基因在猪肠球菌中流行的主要因素,而ICESa2603型转座子和噬菌体是optrA和lsa（E）基因在猪链球菌中流行的主要因素。因此,鉴于optrA和lsa（E）基因对人和动物具有的重大公共卫生意义,有必要从接合质粒、转座子和噬菌体的角度,监控和监视这些元件在optrA和lsa（E）基因的水平传播中发挥的作用,为采取有效的防控措施提供科学依据。
高懿[3]（2019）在《江苏猪源肠球菌的耐药性调查及其酰胺醇类/恶唑烷酮类和磷霉素耐药基因的水平传播机制分析》文中研究表明肠球菌（Enterococcus）广泛栖居在人和动物的肠道中,是重要的机会致病菌。研究显示菌株的多重耐药现象普遍,因此给临床抗感染治疗带来极大挑战。本研究分析了江苏地区分离的135株猪源屎肠球菌和230株猪源粪肠球菌的耐药表型,对其携带的酰胺醇类/恶唑烷酮类耐药基因fexA、fexB、floR、cfr、optrA和磷霉素耐药基因fosA、fosB、fosC进行检测,并结合多位点序列分型（MLST）、质粒接合试验及耐药基因遗传环境分析,以期了解猪源屎肠球菌和粪肠球菌的耐药现状及其对酰胺醇类/恶唑烷酮类和磷霉素的耐药机制和耐药性水平传播的机制。该研究结果可为抗菌药物的合理使用提供参考。主要研究内容如下。一、猪源屎肠球菌和粪肠球菌的耐药性分析采用微量肉汤稀释法检测了 2016年至2017年从江苏部分猪场分离到的135株猪源屎肠球菌和230株猪源粪肠球菌对12种药物的耐药性,结果显示135株屎肠球菌对红霉素、四环素和氟苯尼考的耐药率最高,分别为99.26%（134/135）、98.52%（133/135）和82.22%（111/135）,对利奈唑胺的耐药率最低,为2.96%（4/135）,对其他药物的耐药率由高到低分别为氨苄西林75.56%（102/135）、链霉素74.07%（100/135）、庆大霉素 71.11%（96/135）、麻保沙星 69.63%（94/135）、青霉素 G 45.19%（61/135）、利福平34.07%（46/135）和磷霉素20%（27/135）。230株猪源粪肠球菌对四环素、红霉素、氟苯尼考的耐药率最高,分别为100%（230/230）、98.26%（226/230）、96.96%（223/230）,对青霉素G的耐药率最低,为0.43%（1/230）,对其他药物的耐药率由高到低分别为庆大霉素78.70%（181/230）、链霉素75.22%（173/230）、麻保沙星70.87%（163/230）、利奈唑胺 54.78%（126/230）、利福平 30.43%（70/230）、磷霉素 12.17%（28/230）、氨苄西林1.74%（4/230）。此次分离的屎肠球菌和粪肠球菌中均未发现万古霉素耐药菌株。结果还显示多数菌株都为多药耐药菌株,屎肠球菌以7耐为主（39株）,有3株表现为最高10耐;粪肠球菌以6耐为主（64株）,有1株表现为最高10耐。二、猪源屎肠球菌和粪肠球菌的酰胺醇类/恶唑烷酮类和磷霉素耐药基因检测采用PCR方法检测酰胺醇类/恶唑烷酮类耐药基因fexA、fexC、floR、cfr、optrA及磷霉素耐药基因fosA、fosB、fosC在屎肠球菌和粪肠球菌中的分布情况。结果显示,135株屎肠球菌中,酰胺醇类耐药基因fexA、fexB和floR的阳性率分别为22.22%（30）、50.37%（68）和19.26%（26）,而在230株粪肠球菌中,上述耐药基因的阳性率分别为89.13%（205）、1.74%（4）和64.35%（148）,与菌株表现的氟苯尼考耐药表型基本一致。赋予细菌对酰胺醇类和恶唑烷酮类两类药物耐药表型的耐药基因cfr和optrA,在屎肠球菌中的阳性率分别为0.74%（1）和17.04%（23）,在粪肠球菌中的阳性率分别为1.30%（3）和20.87%（48）,携带这些基因的菌株主要以对利奈唑胺中介或耐药为主。磷霉素耐药基因fosB在屎肠球菌和粪肠球菌中分别有1株和2株为阳性,磷霉素对这3株菌的MIC均大于或等于1024 μg/mL,但未检测到磷霉素耐药基因fosA和fosC。三、耐药基因cfr、optrA和fosB的水平传播机制分析通过对携带cfr和optr A的氟苯尼考/利奈唑胺耐药菌株及携带fosB的磷霉素耐药菌株进行分子分型、接合试验及测序分析,探究耐药基因cfr、optrA和fosB水平传播的可能性。结果显示optrA 阳性的氟苯尼考和利奈唑胺耐药粪肠球菌分型主要以ST690为主,还有部分为ST32、ST69、ST86、ST22等和新发现的ST910-ST914。两株cfr阳性的氟苯尼考和利奈唑胺耐药粪肠球菌中,一株ST型为已知的ST21,另一株为新发现的ST915。fosB 阳性的磷霉素耐药粪肠球菌均为新发现的ST916,fosB 阳性的磷霉素耐药屎肠球菌则为ST908,属CC17。进一步发现2株fosB 阳性的磷霉素耐药粪肠球菌、2株cfr 阳性的氟苯尼考和利奈唑胺耐药粪肠球菌及18株optrA 阳性的酰胺醇类耐药粪肠球菌均可发生接合,而3株optrA 阳性的氟苯尼考和利奈唑胺耐药粪肠球菌和1株fosB 阳性的磷霉素耐药屎肠球菌均未能发生接合。测序结果显示,fosB阳性的菌株ZKB11还携带大环内酯类抗生素的耐药基因ermB、结合性转座子Tn916样结构及相关的编码接合或转移蛋白的基因片段。菌株ZKB11和GM57的optrA和fexA基因也存在于Tn554转座子中。菌株GM57含有携带cfr的ISEnfa5复合元件,该元件已被证实在人和动物分离的多种细菌中广泛存在。综上所述,江苏省内分离的猪源屎肠球菌和粪肠球菌具有很严重的多药耐药性,且对氟苯尼考的耐药率分别为82.22%和96.96%,高于以往研究的数据。多数氟苯尼考耐药菌株均含有酰胺醇类耐药基因fexA、fexB、floR、cfr和optrA中的一种或多种。且在此次分离的菌株中,也发现了对多重耐药革兰阳性菌感染有效的利奈唑胺和磷霉素的耐药株,且部分菌株在质粒上含有恶唑烷酮类耐药基因cfr、optrA或磷霉素耐药基因fosB。MLST分型表明菌株在人和猪之间可能存在克隆传播。fosB基因首次在粪肠球菌中报道,其携带的Tn916样结构有助于fosB基因的转移传播。optrA和cfr阳性菌株中同时检测到可转移的Tn554和ISEnfa5结构,推测其为介导恶唑烷酮类耐药基因广泛传播的主要元件。
杨承霖[4]（2019）在《四川省食品动物源大肠杆菌质粒介导mcr-1以及ESBLs基因的检测》文中研究表明大肠杆菌（Escherichia coli）是兽医临床最常见的致病菌之一,随着抗菌药不断使用,多重耐药菌发展迅速。近年来,质粒介导耐多粘菌素基因mcr-1流行,甚至是在产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）大肠杆菌中流行已成为公共健康及兽医领域的威胁。因此,对食品动物源大肠杆菌耐药性检测以及对耐药基因分子流行病学、传播机制研究已成为迫切需要完成的工作。本次研究以20082017年从四川部分地区畜牧兽医临床上获得621株食品动物源大肠杆菌为检测对象,采用微量肉汤稀释法测定了其对10种抗菌药物最小抑菌浓度（MIC）。结果显示,受试菌对不同抗菌药物表现出不同水平耐药性（耐药率范围27.595.2%）,2017年分离菌株相比于2008年菌株耐药率增长幅度为12.249.5%。受试菌株对5种及以上抗菌药有耐药性的菌株占60%以上。禽源菌对大多数药物耐药率（20.394.9%）显着高于猪源菌（18.595.8%）;受试大肠杆菌对各类交叉耐药情况严重,交叉耐药率在21.0100%之间,特别是β-内酰胺类药物相互之间（28.9100%）,以及多粘菌素与β-内酰胺类之间的交叉耐药率（47.8%99.4%）较高于其他药物。621株食品动物源大肠杆菌mcr-1、ESBLs基因PCR-测序检测结果显示,22.1%（137/621株）携带mcr-1基因,42.5%（264/621株）携带ESBLs基因,分别为blaTEM（60.6%,160/264株）、blaCTX-M-1组（50.0%,132/264株）、blaCTX-M-9组（17.0%,45/621株）和blaOXA（3.4%,9/264株）基因,主要亚型为blaTEM-1、blaCTX-M-55、blaCTX-M-65以及blaCTX-M-14。未检测到blaCTX-M-2组、blaCTX-M-8/25组及blaSHV基因。鸡源菌mcr-1以及ESBLs基因的分离率最高,分别为27.3%及51.3%,且检测到更多blaCTX-M基因亚型。携带mcr-1大肠杆菌有66.4%（91/137株）同时携带ESBLs基因,显着高于mcr-1阴性菌ESBLs基因的携带率35.7%（173/484株）。采用接合转移试验和ERIC-PCR法分别检测了mcr-1阳性菌株耐药基因水平传播能力及菌株的遗传背景。接合转移试验结果显示,携带mcr-1基因质粒可以通过接合方式发生转移至受体菌,接合率为47.1%（65/137株）,并且表现对多粘菌素及其他受试药物耐药（耐药率33.8100%）,88.5%接合子携带至少一个>15kb质粒,且41.5%（27/65）接合子携带blaTEM或blaCTX-M基因。ERIC-PCR结果显示,选取的mcr-1阳性菌具有22种基因型,且携带有相同耐药基因的大肠杆菌具有不同的亲缘关系。mcr-1阳性菌遗传背景具有多样性。以上显示,本次检测的四川省食品动物源大肠杆菌菌株耐药情况严重,且不同抗生素间呈明显的交叉耐药性;mcr-1基因呈低水平流行,而ESBLs基因呈高水平流行,耐药基因的流行随时间延长呈上升趋势;耐药性及其基因型的检出与菌株来源有关,禽源菌株具有更复杂的耐药表型与基因型;携带mcr-1菌株ESBLs基因的检出更高,且呈更严重的耐药表型;携带耐药基因的菌株遗传背景复杂,本次检测的mcr-1和ESBLs基因主要以水平传播的方式在不同来源菌株间广泛传播。
殷琳,喻华,黄湘宁,季萍,贾伟,徐修礼,张华,郭素芳,单斌,鲁卫平,阿祥仁,魏莲花[5]（2018）在《2016—2017中国西部地区多重耐药肠球菌的耐药及分布特点》文中研究表明目的总结2016—2017年中国西部地区10家综合型三甲医院临床分离肠球菌属的分布及多重耐药菌的耐药情况。方法采用标准纸片扩散法或自动化仪器检测法,依据美国临床实验室标准化委员会（CLSI）2017年标准,用WHONET 5.6软件对2016—2017年中国西部地区10家医院分离的肠球菌属对常用抗菌药物的耐药性进行分析。结果 2016—2017年共分离到8817株非重复肠球菌属细菌,分离率前5位的肠球菌为屎肠球菌（56.0%）、粪肠球菌（37.4%）、鸟肠球菌（1.9%）、鹑鸡肠球菌（1.4%）、铅黄肠球菌（1.2%）。肠球菌属细菌的检出率在2年内呈上升波动趋势,肠球菌属对利奈唑胺、万古霉素、替考拉宁和替加环素仍高度敏感,耐药率<3%,屎肠球菌耐药率明显高于粪肠球菌,对氨苄西林、莫西沙星和左氧氟沙星耐药率>80%,尿液标本分离肠球菌属和非尿液标本分离株对抗菌药物差异明显,不同年龄段人群分离的肠球菌对抗菌药敏感性也有明显差异。2016—2017年共分离出肠球菌8817株,其中氨基糖苷类高水平耐药肠球菌（HLARE）菌株4937株,分离率为56.0%。分离出万古霉素耐药肠球菌（VRE）菌株86株,分离率为1.0%,其中万古霉素耐药粪肠球菌和屎肠球菌分别检出7株和64株,VRE菌株检出以ICU科室为主,占28.0%,主要来自尿液标本,占44.2%。除贵州、青海医院外,其他8家医院2017年分离出的肠球菌株数量均高于2016年,新疆医院肠球菌2年间分离株数量最多为1459株。2017年中国西部地区10家医院VRE菌株数量与2016年相比略有下降,但耐万古霉素粪肠球菌的数量比2017年有所增加。重庆、贵州、新疆医院最近两年VRE检出有所上升,而青海、四川、陕西、云南医院有所下降,四川医院2年间万古霉素耐药肠球菌分离率最高,为3.1%。结论中国西部VRE检出有地区差异,多重耐药情况突出,肠球菌对利奈唑胺、万古霉素、替考拉宁和替加环素依然保持较好的敏感性,但粪肠球菌万古霉素耐药株2年内有所增加,应引起重视。
陈莎燕,高雪,白景瑞,孙兰菊,陈明慧,房杰,常艳敏[6]（2018）在《急性胰腺炎血液和胆汁培养的病原菌分布及耐药性分析》文中进行了进一步梳理目的:对急性胰腺炎患者感染的病原菌种类分布及其耐药情况进行分析。方法:利用Bec T/Alert3D全自动血培养仪培养及监测急性胰腺炎患者血液和胆汁标本,待血液和胆汁培养呈阳性结果后及时转种平板培养基分离出病原菌,Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统鉴定病原菌,分析药敏实验。结果:从1603例急性胰腺炎患者的血（1195例）和胆汁（408例）培养标本中,有196例病例共分离出245株病原菌。血液和胆汁培养检出率分别为9.2%和20.8%,血液培养检出菌由多到少的是凝固酶阴性葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、近平滑假丝酵母菌、鲍曼不动杆菌和屎肠球菌。胆汁培养检出菌由多到少的是大肠埃希菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、粪肠球菌、凝固酶阴性葡萄球菌和鲍曼不动杆菌。其中血液和胆汁中耐甲氧西林的凝固酶阴性葡萄球菌检出率为91.1%和60.0%。产ESBLs的大肠埃希菌分别为52.0%和66.7%;产ESBLs的肺炎克雷伯菌检出率分别为45.5%和70.0%,鲍曼不动杆菌对碳氢酶烯类的耐药率分别为80.0%和50.0%;结论:急性胰腺炎患者病原菌检出率最高的是胆汁培养。血流和胆汁培养分离的病原菌分别以凝固酶阴性葡萄球菌和大肠埃希菌为主,有各自的耐药性特点,并且差异较大。
郭林,谢豪,刘光明,杨水平[7]（2018）在《惠州地区3家综合医院2015～2016年细菌耐药情况分析》文中进行了进一步梳理目的:了解20152016年惠州地区三家综合医院临床分离菌的分布和耐药特征,指导临床合理使用抗菌药物。方法:收集惠州地区3家综合医院临床分离菌及其药敏试验结果,对细菌类型分布、菌株来源分布、细菌耐药结果等数据采用WHONET 5.6软件进行统计分析。结果:20152016年3家医院临床分离株共25 193株,革兰阳性菌和格兰阴性菌分别占25.3%和74.7%。葡萄球菌中耐甲氧西林金葡菌（MRSA）和耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌（MRCNS）的检出率分别为38.4%和80.6%,未检测出对利奈唑胺和万古霉素耐药的葡萄球菌属。肠杆菌科细菌对亚胺培南的敏感率达98.4%。肠球菌中发现0.4%对万古霉素耐药菌株。非发酵菌对9种抗菌药物敏感率均超过60%,其中铜绿假单胞菌对阿米卡星和庆大霉素的敏感率超过了90%;铜绿假单胞菌其对抗菌药物的耐药率明显低于不动杆菌。结论:耐甲氧西林葡萄球菌和耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌仍是革兰阳性茵中所占比例最高的细菌,碳青霉烯类药物对肠杆菌科细菌虽保持较高的活性,但是敏感率已经有所下降。对细菌耐药性进行定期监测,有助于了解惠州地区病原菌构成及细菌耐药性的变迁,从而为临床合理用药提供理论依据。
胡晓丰[8]（2017）在《中国部分地区产NDM耐药菌的流行及耐药特性研究》文中认为产新德里金属β-内酰胺酶（NDM）耐药菌自2010年被传染病领域国际顶级杂志《柳叶刀》报道以来,以惊人的传播速度和超强的耐药性引起人们的广泛关注。目前,在全球范围内已有超过20个国家出现产NDM耐药菌病例,除南美洲西部、非洲中部个别国家未报道外,其他国家和地区均有报道。携带blaNDM基因耐药菌对包括碳青霉烯类的常用抗菌药物均耐药,尚缺乏明确的治疗方案。研究发现,NDM-1有NDM-2到NDM-16共15个突变体,多由不动杆菌属细菌、大肠埃希氏菌和肺炎克雷伯氏菌携带。越来越多的数据表明产NDM耐药菌已在全球范围流行并引发多种类型感染,是威胁人类健康的主要公共卫生问题之一。因此,有效控制和治疗产NDM耐药菌感染具有重要现实意义。细菌耐药监测是防控产NDM耐药菌的重要组成部分,及时准确了解产NDM耐药菌的流行现状和特点,是预防和控制产NDM耐药菌感染的关键所在。既往研究发现,我国主要以携带blaNDM-1基因的不动杆菌为主,而关于其他NDM型别和其他菌属在我国的流行特点,研究报道甚少。为更全面了解产NDM耐药菌在我国的流行现状、流行规律及传播机制,本课题对2010年至2015年期间来自全国11个省市、25家医院的1559株非重复碳青霉烯类耐药菌（含医院污水来源156株）进行分析检测,采用聚合酶链式反应（PCR）法筛查blaNDM基因,运用流行病学及统计分析方法对不同来源、不同菌属、不同型别产NDM耐药菌引起感染性疾病的三间分布进行分析;利用基于全基因组平均核苷酸一致性（ANI）分析法及16sRNA序列分析对产NDM耐药菌进行菌种鉴定,利用核心基因组多位点序列分型（cgMLST）方法,对不同菌属产NDM耐药菌进行聚类分型;VITEK2全自动微生物药敏分析仪对携带blaNDM基因菌株进行耐药性分析;同时,利用Southern blot杂交法、滤膜接合法和细菌全基因组测序分别对其进行blaNDM基因定位及转移特性、blaNDM基因周边结构分析,以期明确中国部分地区产NDM耐药菌的分子特征,从分子水平解释产NDM耐药菌blaNDM基因可能的传播和流行规律。本研究的主要结果和结论如下:1.不同型别、不同菌属产NDM耐药菌已在中国部分地区流行播散。1559株实验菌中筛查出77株携带blaNDM基因菌株,阳性率为4.9%。1)时间分布特点:患者来源耐药菌的blaNDM基因阳性率逐年升高。2)空间分布特点:我国东北、华北、华东、中南四大地区,11个城市均有产NDM耐药菌,其中北京、上海、海口、厦门等一线和沿海城市阳性菌株数量较多、阳性率较高,且产NDM耐药菌在医院污水中广泛存在。3)人群分布及标本来源分布特点:产NDM耐药菌患者来源中,男性显着多于女性,年龄低于10岁的儿童及大于60岁的老人显着多于其他年龄段患者,推测男性儿童和老年人是感染产NDM耐药菌的易感人群;呼吸内科是blaNDM基因阳性菌检出最多的科室,痰液标本显着多于粪便、血液和尿液等其他标本,推测相比其他传播方式,产NDM耐药菌更易通过呼吸道感染和扩散。4)基因型别特点:本研究发现blaNDM的四种基因型,包括blaNDM-1、blaNDM-3、blaNDM-5和bla NDM-13。产NDM-1耐药菌最多,产NDM-5耐药菌次之,NDM-5为第二优势型别,且在北京、沈阳、海口、济南、上海等多个城市均有发现,提示携带blaNDM-5基因菌株也已在中国广泛传播流行。5)菌属类别特点:产NDM耐药菌中,不动杆菌属细菌数量最多,其次是肺炎克雷伯氏菌和大肠埃希氏菌,近年来产NDM肺炎克雷伯氏菌和产NDM大肠埃希氏菌已在中国部分地区流行。首次发现1株产NDM-3耐药大肠埃希氏菌和1株携带blaNDM-13基因肠炎沙门氏菌,且产NDM-1、NDM-3、NDM-5、NDM-13耐药菌已蔓延至肠道病原菌。2.利用ANI分析可成功鉴定不动杆菌属菌种。首次利用ANI分析方法对产NDM耐药不动杆菌属细菌进行菌种鉴定,38株产NDM耐药不动杆菌属细菌中,有5株托尼尔氏不动杆菌被16S rRNA误鉴定为其他菌种,其中3株被鉴定为鲍氏不动杆菌,1株琼氏不动杆菌和1株约氏不动杆菌。3.cgMLST对产NDM耐药菌属内菌株亲缘关系研究具有重要意义。cgMLST聚类分析发现,产NDM肺炎克雷伯氏菌和大肠埃希氏菌可能已在不同地区的人群中传播,且产NDM托尼尔氏不动杆菌和产NDM乙酸钙不动杆菌可能已在不同地区、不同来源中播散。本研究建立产NDM耐药菌亲缘关系研究的cgMLST实验方法,为产NDM耐药菌监测技术平台和分子分型数据库建立打下了坚实基础。4.中国部分地区产NDM耐药菌耐药谱广,且不同型别、不同菌属耐药谱存在差异。1)产NDM耐药菌都是多重耐药菌,多为泛耐药菌,耐药谱广:77株产NDM耐药菌均对3类以上抗生素耐药,为多重耐药菌。所有菌株对氨苄西林、头孢唑林和头孢曲松的耐药率都高达100%,对头孢他啶和头孢吡肟两种抗菌药物的耐药率都达到了98.7%,对哌拉西林亦是高水平耐药,耐药率为93.5%,对氨曲南的耐药率高达97.4%;所有菌株对碳青霉烯类的亚胺培南和美罗培南、硝基呋喃类的呋喃妥英、磺胺类的复方新诺明均表现高水平耐药,只对氨基糖苷类的阿米卡星较为敏感,但耐药率仍为24.7%。2)产NDM-5菌株耐药性高于产NDM-1耐药菌:对不同型别产NDM耐药菌的耐药性进行比较,发现产NDM-5菌株的耐药率显着高于产NDM-1菌株的耐药率。3)不同菌属产NDM耐药菌耐药谱不同:对不同菌属产NDM耐药菌的耐药性进行比较,发现不同菌属产NDM耐药菌耐药谱不同,不动杆菌属细菌对哌拉西林的耐药率显着低于其他菌属,沙门氏菌属细菌对阿米卡星、环丙沙星和左氧氟沙星均敏感,柠檬酸杆菌属细菌仅对四环素敏感;埃希氏菌属细菌仅对阿米卡星表现低水平耐药。提示,产NDM耐药菌感染治疗与防控过程中,抗菌药物的适当调整与合理应用尤为重要。5.相比不动杆菌,携带blaNDM基因的质粒易在肠杆菌科细菌中传播,且耐药性更强。1)blaNDM基因多通过质粒在细菌属内及属间传播:77株产NDM耐药菌株的blaNDM-1基因进行定位分析发现,所有菌株都含有2-5个质粒,67株blaNDM基因定位于质粒上,10株blaNDM基因在染色体上。定位于3050kb大小质粒菌株最多,涵盖多个菌种,可能有优势质粒在肠杆菌科细菌及不动杆菌属细菌间传播。11株菌2个质粒同时含有blaNDM基因,耐药谱相比其他产NDM耐药菌较广,推测多个含耐药基因质粒可能增强了菌株的耐药性。耐药基因在染色体上的产NDM耐药菌多为不动杆菌属细菌。2)肠杆菌科细菌比不动杆菌的blaNDM基因更易发生水平转移:67株blaNDM基因定位于质粒的产NDM耐药菌进行接合转移实验,49株成功将含blaNDM基因质粒转移至受体菌J53中,未发生接合转移菌株中,18株均为不动杆菌属细菌。3)肠杆菌科细菌blaNDM阳性接合子耐药性强于不动杆菌:对含blaNDM-1基因阳性接合菌耐药情况进行评估发现,所有肠杆菌科菌株具备原始供体菌典型的耐药性,均对青霉素类、头孢菌素类和碳青霉烯类抗生素表现出耐药,而多数不动菌属细菌含blaNDM-1基因接合子虽获得了质粒,但却没有获得相应对碳青霉烯类抗菌药物的耐药表型,仅对头孢菌素类表现为耐药,不具备原始供体菌典型的耐药性。6.似Tn125转座结构在blaNDM基因传播过程中起着重要作用,中国存在产NDM耐药菌引发严重公共卫生问题风险。1)blaNDM基因通过似Tn125转座结构,在细菌属内及属间传播:选取17株不同菌属、blaNDM-1基因不同位置（质粒及染色体）代表菌株,利用菌株二代全基因组测序方法,对其blaNDM-1基因周边结构进行分析发现,17株产NDM耐药菌分7种不同型别似Tn125转座结构,均与pNDM-BJ01的完整Tn125结构不同。2)ISAba125转座酶不是blaNDM基因传播的必需酶:首次发现2株Tn125上下游ISAba125转座酶同时发生丢失的菌株,分别为鲁氏不动杆菌和托尼尔氏不动杆菌;之前报道在blaNDM-1基因传播过程中发挥重要作用的ISAba125转座酶发生丢失,由此推断,ISAba125转座酶不是blaNDM基因传播的必需酶。3)中国携带blaNDM基因菌株源于不动杆菌:结合上述研究和国内外相关报道,及blaNDM-1基因定位于染色体多为不动杆菌属细菌这一现象,推测blaNDM-1基因在中国最早来源于不动杆菌,blaNDM-1基因多嵌合于不动杆菌属细菌染色体上,Tn125或似Tn125转座结构在介导blaNDM-1在不动杆菌属细菌属内传播的同时,转移至克雷伯氏菌、埃希氏菌、沙门氏菌等肠杆菌科细菌中。4)中国存在产NDM耐药菌引发严重公共卫生问题风险:结合接合转移及阳性接合子耐药实验发现,不动杆菌的blaNDM-1基因相比肠杆菌科细菌,不易通过基因水平转移至其他菌株,这可能也是中国到目前为止,未发生产NDM耐药菌引发严重公共卫生问题的原因。但肠杆菌科细菌的blaNDM-1基因基本都位于质粒上,且接合转移后对碳青霉烯类高水平耐药。随着产NDM肠杆菌科细菌逐年增多,中国有产NDM耐药菌引发严重公共卫生问题的风险,而blaNDM基因传播过程所需关键调控因子有待深入研究。综上所述,本研究通过细菌耐药监测研究,获得产NDM耐药菌感染发生率和耐药现状,发现不同型别、不同菌属产NDM耐药菌在中国部分地区流行播散;我国产NDM耐药菌耐药谱广,且不同型别、不同菌属耐药谱存在差异,这些结果为临床治疗产NDM耐药菌引起的重症感染,制订科学、有效的预防和控制措施提供了重要的实验依据。进一步对中国部分地区产NDM耐药细菌进行遗传多态性、基因定位及转移特性、blaNDM基因周边结构等研究,初步阐明了blaNDM-1基因在中国最早来源于不动杆菌,在属内传播的同时,转移至克雷伯氏菌、埃希氏菌、沙门氏菌等肠杆菌科细菌中。而产NDM耐药肠杆菌科细菌比产NDM耐药不动杆菌的blaNDM基因更易发生基因水平转移,且转移后具备供体菌典型的碳青霉烯类抗菌药物耐药性。随着被报道产NDM肠杆菌科细菌数目逐年增加,推测中国存在产NDM耐药菌引发严重公共卫生问题的风险。因此,提高对产NDM耐药菌的检测、监测和感染控制意识,加强对中国产NDM耐药菌的流行病学监测,警惕其流行变迁、毒力和耐药的变化,对于科学防控产NDM耐药菌感染性疾病在中国甚至全世界的广泛传播有重要意义。
王子伟[9]（2016）在《2009年～2014年文登整骨医院主要病原菌分布及耐药性变迁分析》文中研究说明目的了解2009年1月2014年12月山东省文登整骨医院临床分离的主要病原菌分布、耐药性及其变迁情况,为临床合理选择抗生素提供科学依据,以减缓细菌耐药性的产生。方法回顾性调查山东省文登整骨医院检验科2009年1月2014年12月期间临床分离的病原菌,剔除同一患者相同结果。将2009年1月2011年12月分离菌株设为A组,2012年1月2014年12月分离菌株设为B组。使用VITEX 2 Compact System检测系统进行病原菌的鉴定及药敏试验,数据分析采用SPSS 12.0软件进行数据统计分析。结果（1）六年内共分离菌株3392株,其中革兰阳性菌占33.05%（1121/3392）,革兰阴性菌占62.88%（2133/3392）,真菌占4.07%（138/3392）。检测出的革兰阳性病原菌主要是金黄色葡萄球菌49.15%（555/1121）、表皮葡萄球菌19.45%（218/1121）及粪肠球菌7.85%（88/1121）。检测出的革兰阴性病原菌病主要是肺炎克雷伯菌肺炎亚种15.56%（332/2133）、阴沟肠杆菌15.00%（320/2133）及大肠埃希菌14.39%（307/2133）。（2）与A组相比,B组主要病原菌数量均有不同程度的增多,而革兰阳性主要病原菌的构成比变化不大。革兰阴性主要病原菌的构成比发生变化,由A组的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌肺炎亚种、铜绿假单胞菌变为B组的阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌肺炎亚种、大肠埃希菌,其比例也有不同程度变化。（3）革兰阳性主要病原菌中,以金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌耐药率较低,可供选择使用的抗生素较多。粪肠球菌耐药情况十分严重,可供选择使用的抗生素较少。主要抗生素中只有替考拉宁、万古霉素和呋喃妥因三种抗生素对三种主要革兰阳性病原菌保持较高的敏感性。未发现耐万古霉素的金黄色葡萄球菌株。（4）革兰阴性主要病原菌中,阴沟杆菌的耐药率较低,80%以上的抗生素可以选择使用。大肠埃希菌的耐药情况最严重,可供选择的抗生素很少。同时对五种主要革兰阴性病原菌保持较高敏感性的有阿米卡星、哌拉西林/他唑巴坦和亚胺培南三种抗生素。结论我院2009年1月2014年12月分离的病原菌以革兰阴性菌为主,大部分病原菌耐药性虽然有所下降,但耐药情况仍比较严重。临床应重视病原菌的鉴定、培养与药敏结果,合理选择使用抗生素。
王建[10]（2016）在《我国宋内志贺菌流行特征、耐药性及变异研究》文中认为志贺菌（Shigella spp.）属于革兰氏阴性兼性厌氧肠杆菌,是引起细菌性痢疾的一种重要的肠道致病菌。据WHO统计数据显示,全球每年由志贺菌引起的细菌性痢疾的病例约为1.65亿,其中1.63亿发生在卫生条件较差的发展中国家,并且志贺菌感染导致的死亡人数高达110万,其中61%的死亡病例为5岁以下的儿童。近年来,尽管由细菌性痢疾导致的儿童死亡率已经下降,但是细菌性痢疾仍然是导致儿童死亡的主要原因之一。根据O抗原不同的结构,志贺菌属分4个血清群,分别是福氏志贺菌（Shigella flexneri）、痢疾志贺菌（Shigella dysenteriae）、鲍氏志贺菌（Shigella boydii）和宋内志贺菌（Shigella sonnei）。就志贺菌流行状况而言,发达国家的细菌性痢疾主要是宋内志贺菌引起,而在发展中国家长期以来以福氏志贺菌流行为主。但近年来,这一流行趋势正在逐渐改变,在亚洲的一些国家,宋内志贺菌正逐渐取代福氏志贺菌成为引起细菌性痢疾的主要病原菌。在我国,多年来志贺菌导致的细菌性痢疾亦主要由福氏志贺菌引起,尤以F2a亚型为主。但值得关注的是,近年来宋内志贺菌的流行比例逐年上升,同时在我国东部、北部等一些发达地区,宋内志贺菌甚至已超越福氏志贺菌成为主要的流行菌群。基于我国志贺菌流行变化的新趋势,本研究开展了对志贺菌的病原监测及相关的研究。本研究收集了全国14个省市不同年代的志贺菌3758株,并对其血清型进行了鉴定,其中福氏志贺菌2084株,宋内志贺菌1630株。结果发现宋内志贺菌的感染率呈逐年上升的趋势,尤其是近十年来,宋内志贺菌流行快速上升,并且正在逐渐超越福氏志贺菌成为主要的流行菌群。这一趋势在东南部、北部和中部一些经济发达的地区尤为明显。此外,我们首次发现不产β-半乳糖苷酶的宋内志贺菌即ONPG阴性宋内志贺菌在我国的流行,其在部分地区已超过ONPG阳性宋内志贺菌成为优势菌型。宋内志贺菌这一表型的改变使目前常用的商品化的鉴定产品梅里埃API 20E和VITEK2的鉴定率从99%分别降至50%和47%,临床上极易导致误诊。因此,宋内志贺菌这种新的流行变异趋势及其对公共健康的威胁不容忽视。在全部1630株宋内志贺菌中,ONPG阴性宋内志贺菌451株,占全部宋内志贺菌的27.7%。ONPG阴性宋内志贺菌在2005年首次监测到,其在2009年开始大量出现,在之后的时间呈流行状态,并在2011年首次超越ONPG阳性宋内志贺菌成为主要的流行菌型。为了进一步了解我国宋内志贺菌的遗传多态性及亲缘关系,本研究利用PFGE方法对不同地区宋内志贺菌,尤其是ONPG阴性宋内志贺菌进行了聚类分析。结果显示,onpg阴性与阳性宋内志贺菌的pfge图谱存在明显的差异,并且在聚类分析时,两种表型处在不同的流行簇中。在对上海、北京、甘肃、河南地区宋内志贺菌pfge的聚类分析中发现,上述各地区均存在具有相同带型onpg阴性宋内志贺菌的流行。对宋内志贺菌的遗传相关性分析发现,阴性菌形成了3个主要的克隆群,在3个克隆群中,主要以上海、甘肃和北京地区的阴性菌为主,还包括来自其他地区onpg阴性菌。研究结果显示,onpg阴性宋内志贺菌已经在我国很多地区出现并流行。为了解我国志贺菌的耐药特点,本研究对福氏和宋内志贺菌进行了抗生素敏感性检测。结果显示,这两种志贺菌对传统的抗生素具有很强的耐药性,耐药率从高到低依次为氨苄西林88.1%、替卡西林87.8%、四环素87.5%、复方新诺明73.2%和氯霉素49.2%。值得关注的是,福氏与宋内志贺菌对一些头孢类抗生素具有较强的耐药性,其中对头孢曲松、头孢唑林和头孢哌酮的耐药率分别达到了31.1%,32.4%和27.5%。对比宋内志贺菌与福氏志贺菌的抗生素耐药情况,结果发现,宋内志贺菌对传统抗生素也均具有很高耐药性,并且其对头孢类抗生素的耐药性强于福氏志贺菌,其中对头孢曲松、头孢唑林和头孢哌酮的耐药率分别达到了或超过35%。但宋内志贺菌对喹诺酮药物耐药性一直维持在较低水平。就临床常用的头孢类及喹诺酮类抗生素,本研究对不同地区和时间分离的菌株的耐药性进行了比较。结果发现,不同地区间抗生素耐药性存在差别:在东南、西北、中部和北部地区,宋内志贺菌对头孢类抗生素耐药性较高。从耐药性随时间的变化来看,宋内志贺菌对头孢曲松、头孢唑林和头孢哌酮的耐药性从2004年之后开始迅速上升,到2007-08年达到最大值,耐药率分别是62.2%、61.7%和59.6%,之后耐药性均下降,但仍然都维持在30%到40%之间。同时,本研究对两种不同onpg表型的宋内志贺菌的耐药性进行了比较,结果发现,onpg阳性菌的耐药性高于阴性菌,但onpg阴性宋内志贺菌耐药性随时间总体呈上升趋势,并且在2012年间出现过耐药性的一个短期的高点,这一情况的出现应该引起重视。上述研究结果对于宋内志贺菌临床诊断及抗生素的合理使用具有重要的参考价值。为了研究耐药性产生的分子机制,本研究对所有耐头孢类抗生素的宋内志贺菌中常见的耐药基因进行了pcr检测。结果发现,在所有耐头孢类抗生素是宋内志贺菌中普遍存在β-内酰胺酶（esbls）相关的耐药基因,其中blactx-m和blatem的阳性率分别为82.8%和70.5%。对blactx-m基因测序比对发现,blactx-m-14、blactx-m-79和blactx-m-15是最主要的型别,并且还发现两种不同型别的blactx-m基因同时存在于一个耐药菌中情况。在整合子基因的检测过程中发现,2类整合酶及其基因盒的检出率较高,分别为93.1%和86.0%。研究结果显示,在所有耐头孢类药物的宋内志贺菌中,耐药基因的比例较高,这些耐药基因在细菌间水平转移会加剧耐药菌的蔓延。基于之前的分析结果,本研究选取了67株宋内志贺菌,其中包括58株ONPG阴性宋内志贺菌,进行了全基因组测序。分析发现,ONPG阴性宋内志贺菌与阳性菌相比,在lac operon区域存在较大差异。对此区域设计引物进行PCR扩增后发现,ONPG阴性菌与阳性菌相比主要缺失了mhp operon的mhpB、mhpA和mhpR以及lac operon中的lacI、lacZ和lac基因,同时一个hypothetical protein（假定蛋白）基因,两个插入序列基因（IS1,IS600）也同时缺失。结合Holt等2012年发表文章的基因组数据及方法,本研究对宋内志贺菌的SNP位点进行了检测,并绘制了系统发育树。结果显示,我国的宋内志贺菌与部分国外菌株同处在一个大的分支上。同时,我国全部的67株宋内志贺菌处于都独立在一个分支上,菌株内部又有几个明显的小分支。推测我国的宋内志贺菌可能是来源于国外,并且在国内的进化上有着自己独立的特点。为了探究lac operon缺失对宋内志贺菌的影响,本研究采用λ-RED同源重组方法,成功构建了lac operon缺失的宋内志贺菌。对敲除株各种生化表型进行验证的结果发现,敲除株除ONPG表型变为阴性外还有6种表型发生变化,其中5种物质的代谢加强,分别是松二糖、龙胆二糖、D-鼠李糖、D-密二糖,D-丝氨酸。还有1种物质代谢变弱,为甲酸。对比不同温度下敲除株与野生株的生长情况,结果显示敲除株与野生株在不同温度下生长无差异。死亡率比较分析的结果显示,注射敲除株小鼠的死亡率没有升高。以上结果说明,lac operon缺失是导致ONPG阴性宋内志贺菌出现的原因,但本部分未能明确是何种优势导致ONPG阴性宋内志贺菌出现和流行,这部分内容需要之后更深入的研究。综上所述,本研究开展了我国宋内志贺菌特别是ONPG阴性菌的流行与分布规律研究;对不同地区宋内志贺菌的抗生素耐药性及耐药机制进行了分析;通过代表性菌株的全基因组测序,揭示ONPG阴性菌基因组的特点及其出现的分子机制。这些结果可以为宋内志贺菌引起的细菌性痢疾的监测、抗生素的合理使用、传染源的追溯、传播关系的调查以及防控策略的制订提供科学依据。
二、北京4家医院临床分离的肠球菌株的耐药性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、北京4家医院临床分离的肠球菌株的耐药性分析（论文提纲范文）
（1）猫源肠球菌药物敏感性检测及多重耐药株Jay1全基因组测序分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 肠球菌流行现状及其主要毒力因子研究进展 |
| 1.1 肠球菌概述 |
| 1.2 肠球菌的危害 |
| 1.3 肠球菌主要毒力因子的研究进展 |
| 第二章 动物源肠球菌耐药机制研究进展 |
| 2.1 肠球菌耐药现状 |
| 2.2 可移动原件介导肠球菌耐药研究进展 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 猫源肠球菌的分离鉴定与药物敏感性检测 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 实验结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 猫源肠球菌耐药基因及靶位检测分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 多重耐药菌株Jay1全基因组测序及耐药环境分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 中英文缩略词表 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（2）耐药基因optrA和lsa（E）在猪源肠球菌和链球菌中流行及传播机制的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词和中英文对照表(Abbreviation Index) |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 细菌耐药基因的产生和传播机制 |
| 1.2 肠球菌及其耐药机制研究进展 |
| 1.2.1 肠球菌的概述 |
| 1.2.2 肠球菌耐药机制的研究进展 |
| 1.3 链球菌及其耐药机制研究进展 |
| 1.3.1 链球菌概述 |
| 1.3.2 猪链球菌耐药机制研究进展 |
| 1.4 恶唑烷酮类药物耐药研究现状 |
| 1.5 多重耐药基因optrA的研究进展 |
| 1.6 截短侧耳素耐药研究现状 |
| 1.7 耐药基因lsa(E)的研究进展 |
| 1.8 本文研究目的、意义和研究内容 |
| 1.8.1 本研究目的和意义 |
| 1.8.2 研究内容 |
| 第二章 猪源肠球菌鉴定及耐药性和多重耐药基因optrA和 lsa(E)的检测 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 肠球菌的鉴定 |
| 2.2.2 肠球菌菌种的鉴定 |
| 2.2.3 optrA的检测结果 |
| 2.2.4 lsa(E)的检测结果 |
| 2.2.5 药敏试验结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 肠球菌的鉴定方法 |
| 2.3.2 猪源肠球菌携带optrA基因的情况 |
| 2.3.3 猪源肠球菌携带lsa(E)基因的情况 |
| 2.3.4 猪源肠球菌耐药性的情况 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 猪源链球菌鉴定及耐药性和多重耐药基因optrA和 lsa(E)的检测 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 链球菌的分离和鉴定 |
| 3.2.2 猪链球菌的PCR鉴定 |
| 3.2.3 猪链球菌中optr A检测的结果 |
| 3.2.4 猪链球菌中lsa(E)检测的结果 |
| 3.2.5 药敏试验的结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 链球菌的分离和鉴定 |
| 3.3.2 猪链球菌携带optrA基因的情况 |
| 3.3.3 猪链球菌携带lsa(E)基因的情况 |
| 3.3.4 猪链球菌耐药性的检测 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 猪源肠球菌中optrA和 lsa(E)基因传播机制的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 粪肠球菌MLST分型 |
| 4.2.2 其他耐药基因检测 |
| 4.2.3 接合试验 |
| 4.2.4 肠球菌质粒电转化试验 |
| 4.2.5 optrA和 lsa(E)共阳性肠球菌及其接合子的药物敏感性 |
| 4.2.6 肠球菌PFGE分型 |
| 4.2.7 肠球菌optrA基因环境分析 |
| 4.2.8 肠球菌lsa(E)基因的遗传环境分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 耐药基因的可转移性 |
| 4.3.2 PFGE分型 |
| 4.3.3 不同肠球菌菌株中optrA基因的传播机制 |
| 4.3.4 不同肠球菌菌株中lsa(E)基因的传播机制 |
| 4.3.5 猪源肠球菌中其他耐药基因的分析 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 猪源链球菌中optrA和 lsa(E)基因传播机制的研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 链球菌MLST分型 |
| 5.2.2 链球菌中其他酰胺醇类耐药基因检测 |
| 5.2.3 接合试验 |
| 5.2.4 链球菌PFGE结果 |
| 5.2.5 链球菌中optrA和 lsa(E)基因遗传环境分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 链球菌中optrA基因的传播机制 |
| 5.3.2 链球菌中lsa(E)基因的传播机制 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（3）江苏猪源肠球菌的耐药性调查及其酰胺醇类/恶唑烷酮类和磷霉素耐药基因的水平传播机制分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 肠球菌概述 |
| 2 肠球菌对常用抗菌药物的耐药机制 |
| 2.1 β-内酰胺类抗生素 |
| 2.2 氨基糖甙类抗生素 |
| 2.3 MLS_B类 |
| 2.4 杆菌肽 |
| 2.5 糖肽类 |
| 2.6 酰胺醇类/恶唑烷酮类 |
| 2.7 四环素类 |
| 2.8 脂肽类 |
| 2.9 氟喹诺酮类 |
| 2.10 磷霉素 |
| 2.11 截短侧耳素类 |
| 2.12 喹恶啉类 |
| 参考文献 |
| 第二章 猪源屎肠球菌和粪肠球菌的耐药性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 样品中屎肠球菌和粪肠球菌的分离情况 |
| 2.2 屎肠球菌和粪肠球菌的耐药表型 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 猪源屎肠球菌和粪肠球菌酰胺醇类/恶唑烷酮类和磷霉素耐药基因检测 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 分离菌株的耐药基因检出率 |
| 2.2 酰胺醇类耐药菌株基因型分析 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 耐药基因cfr、optrA和fosB的水平传播机制分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 菌株多位点序列分型和接合试验结果 |
| 2.2 菌株耐药基因环境分析 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 攻读硕士期间发表的文章 |
| 参加会议论文 |
| 待投稿论文 |
| 致谢 |
（4）四川省食品动物源大肠杆菌质粒介导mcr-1以及ESBLs基因的检测（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文献综述及目的意义 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 大肠杆菌概述 |
| 1.2 耐药大肠杆菌流行情况 |
| 1.3 耐多粘菌素大肠杆菌概述 |
| 1.4 产ESBLs大肠杆菌概述 |
| 2 选题目的及意义 |
| 第二部分 试验研究 |
| 第一章 食品动物源大肠杆菌耐药性检测 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 食品动物源大肠杆菌耐药情况 |
| 2.2 不同年份食品动物源大肠杆菌耐药性流行规律 |
| 2.3 不同食品动物源大肠杆菌菌株耐药情况 |
| 2.4 食品动物源大肠杆菌交叉耐药情况 |
| 3 讨论 |
| 3.1 621 株食品动物源大肠杆菌耐药情况 |
| 3.2 不同年份大肠杆菌对抗菌药耐药性分析 |
| 3.3 不同动物源分离大肠杆菌耐药性比较 |
| 3.4 食品动物源大肠杆菌交叉耐药分析 |
| 4 小结 |
| 第二章 食品动物源大肠杆菌mcr-1 以及ESBLs基因检测 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 食品动物源大肠杆菌mcr-1 基因的检测 |
| 2.2 mcr-1 阳性大肠杆菌耐药表型特点 |
| 2.3 食品动物源大肠杆菌ESBL基因的检测 |
| 2.4 ESBLs基因阳性大肠杆菌耐药表型特点 |
| 2.5 mcr-1 阳性大肠杆菌ESBLs基因流行情况 |
| 3 讨论 |
| 3.1 食品动物源大肠杆菌mcr-1 基因流行及耐药表型特点 |
| 3.2 食品动物源大肠杆菌ESBLs基因流行及耐药表型特点 |
| 3.3 食品动物源mcr-1 阳性菌ESBLs基因流行特点 |
| 4 小结 |
| 第三章 mcr-1 阳性菌接合试验及亲缘性研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 质粒接合转移试验 |
| 2.2 接合子耐药表型的检测 |
| 2.3 接合子mcr-1及ESBL基因的检测 |
| 2.4 mcr-1 阳性大肠杆菌ERIC-PCR检测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 接合子的耐药表型特点 |
| 3.2 接合子的基因检测 |
| 3.3 mcr-1 阳性大肠杆菌亲缘性分析 |
| 4 小结 |
| 第三部分 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简历 |
（5）2016—2017中国西部地区多重耐药肠球菌的耐药及分布特点（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 细菌来源 |
| 1.2 仪器试剂及培养基 |
| 1.3 药敏试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 肠球菌属菌种分布 |
| 2.2 主要肠球菌属细菌对各种抗菌药物的敏感性 |
| 2.3 肠球菌、氨基糖苷类高水平耐药肠球菌 (HLARE) 、VRE菌株对抗菌药物的敏感性 |
| 2.4 屎肠球菌和粪肠球菌对抗菌药物的敏感性变化 |
| 2.5 分离自尿液和非尿液标本的肠球菌属细菌的敏感性及分布 |
| 2.6 不同年龄人群分离肠球菌对抗菌药物的敏感性 |
| 2.7 VRE菌株分布情况 |
| 2.8 不同地区医院菌株分离情况及肠球菌对抗菌药物的耐药率 |
| 3 讨论 |
（6）急性胰腺炎血液和胆汁培养的病原菌分布及耐药性分析（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 1.3 质控菌株 |
| 1.4标本采集 |
| 1.5 细菌培养及分离 |
| 1.6 菌株鉴定及药敏实验 |
| 1.7 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 血和胆汁培养分离出病原菌的阳性率及其分布 |
| 2.2 对革兰阴性杆菌的耐药性 |
| 2.3 对革兰阳性球菌的耐药性 |
| 2.4 真菌的耐药性 |
| 2.5 革兰阳性杆菌的耐药性 |
| 3 讨论 |
（7）惠州地区3家综合医院2015～2016年细菌耐药情况分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 药敏试验 |
| 1.3 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 细菌及其分布 |
| 2.2 主要革兰阳性菌对抗菌药物的耐药率 |
| 2.2.1 葡萄球菌属 |
| 2.2.2 肠球菌属 |
| 2.3 主要革兰阴性菌对抗菌药物的耐药率 |
| 2.3.1 肠杆菌科细菌 |
| 2.3.2 非发酵革兰阴性杆菌 |
| 3 讨论 |
（8）中国部分地区产NDM耐药菌的流行及耐药特性研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 1 细菌耐药产生原因与国内外形势 |
| 2 产NDM 耐药菌的威胁与国内外研究现状 |
| 3 本研究拟解决的科学问题与其理论意义和实用价值 |
| 4 本研究的指导思想与研究思路 |
| 第一章 中国部分地区产NDM耐药细菌的流行现状研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 bla_(NDM)基因筛查 |
| 2.2 bla_(NDM)基因型别确定 |
| 2.3 产NDM耐药菌菌属鉴定 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 bla_(NDM)基因筛查结果 |
| 3.1.1 产NDM耐药菌时间分布 |
| 3.1.2 产NDM耐药菌地区分布 |
| 3.1.3 产NDM耐药菌人群分布 |
| 3.1.4 产NDM耐药菌标本来源分布 |
| 3.2 bla_(NDM)基因型别鉴定结果 |
| 3.3 产NDM耐药菌菌属鉴定结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二章 产NDM耐药菌遗传多态性分析 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 产NDM耐药菌 16S rRNA序列分析菌种鉴定 |
| 2.2 产NDM耐药菌全基因组提取 |
| 2.3 产NDM耐药菌二代全基因组测序 |
| 2.4 产NDM耐药菌ANI分析菌种鉴定 |
| 2.5 产NDM耐药菌分子分型 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 产NDM耐药菌菌种鉴定结果 |
| 3.2 产NDM耐药菌分子分型结果 |
| 3.2.1 产NDM克雷伯氏菌属细菌分子分型结果 |
| 3.2.2 产NDM沙门氏菌属细菌分子分型结果 |
| 3.2.3 产NDM不动杆菌属细菌分子分型结果 |
| 3.2.4 产NDM大肠埃希氏菌分子分型结果 |
| 3.2.5 产NDM阴沟肠杆菌分子分型结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 产NDM耐药菌耐药性分析 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 药敏试验 |
| 2.2 统计学处理 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 产NDM耐药菌药敏结果 |
| 3.2 各菌属属内及属间产NDM耐药菌耐药性分析 |
| 3.2.1 克雷伯氏菌属细菌药敏结果 |
| 3.2.2 沙门氏菌属细菌药敏结果 |
| 3.2.3 不动杆菌属细菌药敏结果 |
| 3.2.4 大肠埃希氏菌药敏结果 |
| 3.2.5 阴沟肠杆菌和弗氏柠檬酸杆菌药敏结果 |
| 3.2.6 不同菌属属间产NDM耐药菌耐药性比较 |
| 3.3 各NDM型别内及型别间产NDM耐药菌耐药性分析 |
| 3.3.1 bla_(NDM-1)阳性菌药敏结果 |
| 3.3.2 bla_(NDM-5)阳性菌药敏结果 |
| 3.3.3 bla_(NDM-3)及bla_(NDM-13)阳性菌药敏结果 |
| 3.3.4 不同型别间产NDM耐药菌耐药性比较 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第四章 产NDM耐药菌bla_(NDM)基因定位及质粒转移特性研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 Southern blot杂交法对bla_(NDM)基因定位研究 |
| 2.2 滤膜接合法对含bla_(NDM)基因质粒转移特性研究 |
| 2.3 bla_(NDM)阳性接合子药敏实验 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.1 克雷伯氏菌属细菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.2 沙门氏菌属细菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.3 不动杆菌属细菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.4 大肠埃希氏菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.5 阴沟肠杆菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.6 弗氏柠檬酸杆菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.1.7 所有产NDM耐药菌bla_(NDM)基因定位结果 |
| 3.2 含bla_(NDM)基因质粒转移特性分析 |
| 3.3 bla_(NDM-1)阳性接合子药敏结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第五章 产NDM耐药菌bla_(NDM-1)基因周边结构研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 代表菌株的选取 |
| 2.2 细菌全基因组提取及测序分析 |
| 2.3 生物信息学分析 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（9）2009年～2014年文登整骨医院主要病原菌分布及耐药性变迁分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一章 材料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 质控菌株 |
| 1.5 菌株的分离培养和鉴定 |
| 1.6 药物敏感性试验 |
| 1.7 统计学处理 |
| 第二章 结果 |
| 2.1 病原菌的种类及构成比 |
| 2.2 主要病原菌的耐药性分析 |
| 2.3 主要革兰阳性菌对常用抗生素的耐药情况 |
| 2.4 主要革兰阴性菌对常用抗生素的耐药情况 |
| 第三章 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 致谢 |
（10）我国宋内志贺菌流行特征、耐药性及变异研究（论文提纲范文）
| 缩略词 中文摘要 ABSTRACT 前言 |
| 1. 志贺菌生物学特征 |
| 2. 国内外研究现状 |
| 2.1 流行现状研究 |
| 2.2 耐药性研究 |
| 2.3 宋内志贺菌进化研究 |
| 3. 立题背景 |
| 4. 研究内容及思路 |
| 4.1 宋内志贺菌的流行特征分析 |
| 4.2 遗传多态性分析 |
| 4.3 宋内志贺菌耐药性和耐药机制分析 |
| 4.4 宋内志贺菌全基因组测序及表型变异的分子机制研究 |
| 4.5 lac operon基因缺失突变株的构建及其相关功能的验证 第一章 志贺菌的鉴定及流行分布分析 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 菌株的复苏与保存 |
| 2.2 菌株血清型鉴定 |
| 2.3 宋内志贺菌生化表型的鉴定 |
| 2.3.1 API 20E生化试剂条法 |
| 2.3.2 沙门氏菌显色培养基鉴定ONPG表型 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 血清学鉴定结果 |
| 3.1.1 宋内与福氏志贺菌的地区分布 |
| 3.1.2 宋内与福氏志贺菌的时间分布 |
| 3.2 宋内志贺菌ONPG表型鉴定结果 |
| 3.2.1 不同表型宋内志贺菌的地区分布 |
| 3.2.2 不同表型宋内志贺菌的时间分布 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 第二章 宋内志贺菌遗传多态性分析 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂以耗材 |
| 1.3 仪器 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 各类缓冲液 |
| 2.2 PFGE流程 |
| 2.2.1 胶块的制备 |
| 2.2.2 胶块中细菌的裂解 |
| 2.2.3 洗胶块 |
| 2.2.4 胶块的酶切 |
| 2.2.5 加样与制胶 |
| 2.2.6 电泳 |
| 2.2.7 染色、脱色与拍照 |
| 2.2.8 结果分析 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 PFGE图谱 |
| 3.2 部分地区 PFGE 聚类分析 |
| 3.2.1 北京地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.2 上海地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.3 沈阳地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.4 甘肃地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.5 河南地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.3 ONPG阴性宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.4 最小生成树分析 |
| 4. 讨论 |
| 5 小结 第三章 宋内志贺菌耐药性分析 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 细菌的复苏与传代培养 |
| 2.2 菌株的接种 |
| 2.3 孵育 |
| 2.4 读取测试结果 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 宋内志贺菌与福氏志贺菌耐药耐药结果 |
| 3.2 所有宋内志贺菌的耐药结果 |
| 3.3 所有福氏志贺菌志贺菌的耐药结果 |
| 3.4 宋内志贺菌与福氏志贺菌耐药性比较 |
| 3.5 宋内志贺菌耐药性随时间的变化情况 |
| 3.6 宋内志贺菌地区间耐药性比较 |
| 3.7 ONPG阴阳性宋内志贺菌耐药性比较 |
| 3.8 ONPG阴阳性宋内志贺菌耐药性随年代的变化情况 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 第四章 宋内志贺菌耐药机制分析 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 试剂 |
| 2. 方法 |
| 2.1 细菌模板的提取 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 耐药基因的扩增 |
| 2.4 产物电泳、测序及比对 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 广谱 β-内酰胺酶（ESBLs）耐药基因结果 |
| 3.2 整合子相关耐药基因结果 |
| 3.3 喹诺酮类相关耐药基因结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 第五章 宋内志贺菌全基因组测序及表型变异的分子机制研究 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 主要试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 1.2.3 引物序列 |
| 2 实验方法 |
| 2.1.细菌的复苏培养 |
| 2.2 细菌基因组提取 |
| 2.3 细菌全基因组测序及分析 |
| 2.3.1 全基因组测序 |
| 2.3.2 比较基因组分析 |
| 2.3.3 进化树构建 |
| 2.4 缺失基因的PCR验证 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 宋内志贺菌基因组测序结果及初步分析 |
| 3.1.1 测序菌株的基因组组装结果 |
| 3.1.2 宋内志贺菌基因组初步分析 |
| 3.1.3 乳糖操纵子基因元件序列比对结果 |
| 3.1.4 ONPG阴性菌lac operon区域全基因组比对结果 |
| 3.2 ONPG阴性菌lac operon区域基因缺失结果 |
| 3.3 SNP位点检测及相关的初步分析 |
| 3.3.1 SNP位点的检测及分布情况 |
| 3.3.2 系统发育树构建结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 第六章 lac operon基因敲除株的构建及其相关功能的验证 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株及质粒 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 主要试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 线性打靶DNA序列的构建 |
| 2.1.1 上下游同源臂的构建 |
| 2.1.2 带有FRT标签的卡那霉素抗性片段的扩增 |
| 2.1.3 产物回收 |
| 2.1.4 上下游同源臂及带有FRT标签的卡那霉素抗性片段的融合 |
| 2.1.5 测序验证 |
| 2.2 宋内志贺菌感受态的制备及 PKD46 质粒的导入 |
| 2.2.1 宋内志贺菌感受态的制备 |
| 2.2.2 PKD46质粒的导入 |
| 2.3 线性融合片段的导入与重组菌株的筛选 |
| 2.3.1 线性片段的导入 |
| 2.3.2 重组菌株的筛选 |
| 2.3.3 卡那霉素抗性基因片段的去除 |
| 2.4 突变株与野生株生化表型验证 |
| 2.4.1 API 20E生化表型鉴定 |
| 2.4.2 API 50CH生化表型鉴定 |
| 2.4.3 Biolog GNⅢ生化鉴定结果 |
| 2.5 敲除株与野生株生长曲线 |
| 2.6 毒力比较分析 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 敲除株构建结果 |
| 3.1.1 线性同源臂融合结果 |
| 3.1.2 突变株测序验证 |
| 3.2 敲除株与野生株生化特性比较 |
| 3.2.1 API 20E结果 |
| 3.2.2 API 50CH结果 |
| 3.2.3 Biolog GNⅢ微生物鉴定板生化鉴定 |
| 3.3 生长曲线结果 |
| 3.4 毒力比较结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 总结 参考文献 个人简历 致谢 |
四、北京4家医院临床分离的肠球菌株的耐药性分析（论文参考文献）
- [1]猫源肠球菌药物敏感性检测及多重耐药株Jay1全基因组测序分析[D]. 潘思宇. 吉林农业大学, 2021
- [2]耐药基因optrA和lsa（E）在猪源肠球菌和链球菌中流行及传播机制的研究[D]. 商艳红. 西北农林科技大学, 2019(02)
- [3]江苏猪源肠球菌的耐药性调查及其酰胺醇类/恶唑烷酮类和磷霉素耐药基因的水平传播机制分析[D]. 高懿. 南京农业大学, 2019
- [4]四川省食品动物源大肠杆菌质粒介导mcr-1以及ESBLs基因的检测[D]. 杨承霖. 四川农业大学, 2019(01)
- [5]2016—2017中国西部地区多重耐药肠球菌的耐药及分布特点[J]. 殷琳,喻华,黄湘宁,季萍,贾伟,徐修礼,张华,郭素芳,单斌,鲁卫平,阿祥仁,魏莲花. 中国抗生素杂志, 2018(09)
- [6]急性胰腺炎血液和胆汁培养的病原菌分布及耐药性分析[J]. 陈莎燕,高雪,白景瑞,孙兰菊,陈明慧,房杰,常艳敏. 中国中西医结合外科杂志, 2018(02)
- [7]惠州地区3家综合医院2015～2016年细菌耐药情况分析[J]. 郭林,谢豪,刘光明,杨水平. 药物流行病学杂志, 2018(02)
- [8]中国部分地区产NDM耐药菌的流行及耐药特性研究[D]. 胡晓丰. 中国人民解放军军事医学科学院, 2017(11)
- [9]2009年～2014年文登整骨医院主要病原菌分布及耐药性变迁分析[D]. 王子伟. 青岛大学, 2016(04)
- [10]我国宋内志贺菌流行特征、耐药性及变异研究[D]. 王建. 中国人民解放军军事医学科学院, 2016(11)